Возникновение, организационная структура и специализация этих формирований приспосабливались к решению конкретных задач, поставленных военно-политическим руководством страны перед войсками в определенный исторический момент, и не являлись закономерным и логически обусловленным результатом процесса строительства Железнодорожных войск.
Как правило, после решения поставленной таким частям и соединениям задачи, они либо расформировывались, либо переформировывались в соответствии со структурой и штатами основных подразделений, частей или соединений Железнодорожных войск.
Весьма серьезной проблемой на протяжении всей гражданской войны оставалась организация снабжения железнодорожных частей военно-техническим и железнодорожным имуществом и материалами.
Каким бы ни было основное подразделение Железнодорожных войск, в его штатах всегда был орган, осуществлявший материально-техническое снабжение. Так, в отдельной железнодорожной роте, состоявшей из четырех взводов, имелся взвод материальной службы, в дивизионе существовала парковая рота, в железнодорожных полках был батальон баз и мастерских.
Структура органов, ведавших техническим снабжением, их задачи и численность претерпевали существенные изменения, однако на протяжении всей войны они выполняли приблизительно одни и те же функции:
снабжения (получения, хранения, распределения, доставки к месту работ и т.д.) железнодорожной части военно-техническим имуществом
и материалами;
ремонта и изготовления собственными силами инструмента и инвентаря, а также всевозможных деталей (главным образом металлических), требующихся для восстановления железнодорожных объектов.
По мнению специалистов, изучавших деятельность подвижных парков в Железнодорожных войсках в ходе гражданской войны, имеющийся опыт «наглядно показал, что снабжение железнодорожных частей всем необходимым военно-техническим и железнодорожным имуществом дело весьма и весьма нелегкое и зачастую оказывавшееся не на должной высоте» .
Причина этого заключалась в том, что только военно-техническим имуществом военные железнодорожники снабжались четырьмя довольствующими органами.
«Снабжение специальным железнодорожным инвентарем и материалами производилось коренными парками и несколькими гражданскими учреждениями (управлениями дорог, в лице материальных и соответствующих технических служб, непосредственным распоряжением НПКС из его баз или др. источников, комгосоором ВСНХ и пр.) и собственным попечением, в смысле использования подручных материалов, захваченных у противника или закупленных на рынке.
Создававшееся в результате такой многочисленной опеки положение можно без преувеличения характеризовать поговоркой: «У семи нянек дитя без глаза» .
Кроме того, при производстве крупных эксплуатационных или строительно-восстановительных работ командованию железнодорожных частей, чтобы улучшить организацию снабжения, приходилось создавать нештатные склады начальников эксплуатации или строительно-восстановительных работ, так как штатные склады могли быть использованы лишь для хранения военно-технического имущества.
Как отмечали специалисты: «Подобные импровизации в обстановке военного времени являются совершенно нежелательными» .
Таким образом, рост масштабов боевой деятельности РККА и объемов задач по ее транспортному обеспечению потребовал интенсификации работы Железнодорожных войск. Первоначально этого пытались добиться путем увеличения количества отдельных железнодорожных рот, действовавших на фронтах. Но уже во второй половине 1919 года отчетливо проявилось несоответствие организации Железнодорожных войск Республики и сложившейся в них системы управления требованиям, предъявляемым повседневной боевой практикой.
В связи с этим организационная структура войск и система управления ими в ходе гражданской войны неоднократно перестраивались. Однако проводившиеся реорганизации не обеспечили ожидаемых последствий, и только самоотверженный, героический труд воинов-железнодорожников, смелые и оригинальные инженерно-технические решения задач, стоявших перед войсками на театрах военных действий, позволили им в основном справляться с заданиями командования.
Тем не менее относительно высокие результаты деятельности частей Железнодорожных войск позволили военно-политическому руководству страны привлекать военных железнодорожников к решению ряда задач (борьба с топливным кризисом, организация смешанной военно-гражданской эксплуатации железных дорог Туркестанского фронта, восстановление железнодорожной сети центральных регионов Советской России), имевших, в конкретных исторических условиях, исключительно важное значение.
В то же время присущие основным частям и соединениям Железнодорожных войск недостатки организационной структуры не позволяли эффективно использовать их для выполнения ряда заданий военно-политического руководства. Поэтому для решения таких задач создавались специализированные военно-железнодорожные формирования, имеющие отличную от основных частей и соединений войск организационную структуру и штаты. Эти формирования после выполнения задания либо расформировывались, либо переформировывались в соответствии со структурой и штатами основных частей или соединений.