Такие происшествия позволили автору статьи с показательным названием «Борьба с пиратизмом
выделенной для этого отдельной железнодорожной ротой.
Руководствуясь этими соображениями и учитывая обстановку на фронтах, Реввоенсовет Республики своим приказом от 9 июля 1919 года 1098/206 потребовал довести число отдельных железнодорожных рот до 48. Кроме того, в этом приказе был еще раз поставлен вопрос о необходимости провести формирование штаба командира Северной группы железнодорожных войск.
В результате упорной работы уже к октябрю 1919 года в состав Железнодорожных войск Республики входило шесть штабов командиров железнодорожных войск фронтов, сорок две отдельные железнодорожные роты, один запасной железнодорожный батальон и два коренных парка. Общая численность личного состава войск достигла 14 254 человек, в числе которых было 602 человека командно-административного состава .
Вместе с тем все отчетливее начинает проявляться проблема несоответствия организационно-штатной структуры Железнодорожных войск Республики и сложившейся в них системы управления требованиям, предъявляемым повседневной боевой практикой.
Прежде всего, основное подразделение войск отдельная железнодорожная рота, предназначенная для обслуживания железнодорожного участка длиной до 50 км, была, как правило, не в состоянии самостоятельно справиться с объемом строительно-восстановительных работ, которые для этого требовалось осуществлять во фронтовых условиях.
Ситуация осложнялось тем, что такое относительно малочисленное подразделение нуждалось в значительном отвлечении личного состава на обслуживание своих нужд в боевой обстановке.
К примеру, в 14-й отдельной железнодорожной роте по штату было 502 человека, по списку 426, а фактически 384 человека, из которых лишь 123 были задействованы на работах (причем 37 из них несли службу в карауле) и 86 на хозяйственных работах по оборудованию вагонов под жилье и ремонт административных помещений .
Обозначилась и еще одна неблагоприятная тенденция. Все чаще на театре военных действий военные железнодорожные подразделения начинают попадать в достаточно тяжелые тактические положения. Зачастую это являлось следствием неудовлетворительно организованного взаимодействия между железнодорожными частями и общевойсковыми соединениями; отсутствия у командиров железнодорожных рот достоверной информации об оперативной обстановке; несвоевременного получения ими приказов от начальников боевых участков на постановку заграждений и отход.
Показательный случай произошел с 7-й отдельной железнодорожной ротой во время отступления от Царицына в июле 1919 года. Утратив 29 июня связь со штабом 10-й армии, командир роты только 1 июля получил от начальника штаба армии приказ на отход. К этому времени противник уже перерезал железную дорогу в тылу наших войск. Личному составу пришлось взорвать железнодорожные вагоны, оборудованные под ротные мастерские, и с боем прорываться на соединение с частями РККА.
Аналогичный эпизод имел место в августе 1919 года на Западном фронте при отходе 13-й отдельной железнодорожной роты от Минска. Четкого взаимодействия с начальником боевого участка, как того требовало «Положение по разрушению железнодорожных линий, оставляемых при отходе противнику», командир роты наладить не смог.
Более того, когда комиссар роты прибыл в штаб 52-й дивизии, то ни данных об оперативной обстановке, ни указаний на производство заградительных работ ему получить не удалось. В результате эшелон роты, отправленный из эвакуированного к тому моменту Минского железнодорожного узла, был перехвачен подразделениями польской армии. В ходе завязавшегося боя личному составу все же удалось пробиться в расположение своих войск, но все тяжелое железнодорожное имущество досталось неприятелю .
В некоторых случаях отсутствие четкого взаимодействия между военными железнодорожными частями и полевыми войсками приводило к еще более тяжким последствиям, в том числе и к захвату противником стратегически важных объектов железнодорожной сети.
Об одном из таких случаев идет речь в рапорте командира 14-й отдельной железнодорожной роты начальнику железнодорожных войск Западного фронта от 11 августа 1919 года: «При поспешном отступлении наших войск мост через реку Лань пролетом в 30 сажень не был взорван ввиду неполучения письменного распоряжении от начальника боевого участка. Лишь когда войска отошли за мост и он был занят противником, последовало устное приказание о взрыве моста, что было уже
данному фронту.
На фронтах, где войска были малочисленны, должность помощника начальника Железнодорожных войск не вводилась, войсками руководил начальник железнодорожной бригады.