Поэтому в начале сентября в Петрограде созывается совещание представителей Всероссийского главного штаба, Центрального управления военных сообщений, Главного военно-инженерного управления и Комиссариата путей сообщения. Цель совещания состояла в выработке общих принципов применения Железнодорожных войск РККА на театрах военных действий, разработке их оптимальной организации и структуры.
Совещание пришло к выводу о целесообразности принятия в качестве основной организационной единицы войск отдельной железнодорожной роты.
Предполагалось, что организация и состав такого подразделения должны были обеспечить возможность эксплуатации и восстановления отдельного железнодорожного участка как узкой, так и широкой колеи, а также его разрушение в случае необходимости.
Основываясь на выработанных к тому времени общих принципах строительства Красной Армии, совещание рекомендовало всю работу по формированию и управлению создаваемыми железнодорожными частями осуществлять на основе жесткой централизации, организовав для этого специальный орган штаб Железнодорожных войск Республики. Поэтому было признано необходимым изъять Железнодорожные войска из ведения Народного комиссариата путей сообщения и передать Народному комиссариату по военным делам.
21 сентября 1918 года итоговые документы совещания поступили на рассмотрение Реввоенсовета Республики, который уже 27 сентября принимает постановление 5712 о создании Железнодорожных войск. Еще через несколько дней 5 октября Главнокомандующий всеми вооруженными силами Республики своим приказом 41 официально объявил об утверждении Железнодорожных войск. Эту дату принято считать днем их воссоздания в составе Рабоче-Крестьянской Красной Армии.
Железнодорожные войска сразу же создавались как регулярные военно-специальные формирования, имеющие единую организацию, жестко централизованную систему управления и строго определенное место в структуре Красной Армии. Поэтому тем же приказом Главкома предусматривалось введение должности начальника Железнодорожных войск Республики, а также образование штаба войск и 16 отдельных железнодорожных рот. На фронтах вводились должности командиров железнодорожных войск фронтов, при которых создавались штабы.
Принципиальное значение для строительства Железнодорожных войск, определения их роли и места в структуре Вооруженных сил имело утвержденное Реввоенсоветом 25 октября 1918 года Положение о начальнике Железнодорожных войск Республики (см. приложение 12).
В соответствии с ним начальник Железнодорожных войск Республики
года 378. Им были утверждены штаты и организационная структура штабов начальника Железнодорожных войск Республики и фронта, а также отдельной железнодорожной роты.
Так, в соответствии с приказом общая численность штаба начальника Железнодорожных войск Республики составляла 67 человек. Его основными подразделениями были административно организационное (10 человек), техническое (11), счетное (20) отделения, отделение корпарков и снабжения (8), канцелярия (9 человек) (см. приложение 13).
В штаб командира железнодорожных войск фронта входило всего 17 человек (см. приложение 14). Основную их часть 14 человек составлял технический персонал (чертежники, переписчики, шоферы).
Численный состав отдельной железнодорожной роты был установлен в 502 человека (см. приложение 15). Рота имела четыре взвода: 1-й взвод служба пути (161 человек) в составе изыскательской (11), мостовой (59) и двух восстановительных (89) команд; 2-й взвод служба движения и телеграфа (107 человек) в составе службы движения (75) и службы телеграфа (30); 3-й взвод служба тяги и подвижных мастерских (164 человека, в том числе 20 паровозных бригад) и, наконец, 4-й взвод материальная служба (22 человека). Кроме того, в роте должно было быть 3 автомобиля, 19 повозок и 2 мотоцикла. На вооружении роты состояли карабины и пистолеты системы «Маузер». Паровозные бригады вооружались револьверами.
Считалось, что подразделение такого состава способно обеспечить обслуживание эксплуатируемого железнодорожного участка протяженностью до 50 километров.
Одновременно с созданием Железнодорожных войск им были определены задачи как на военное, так и на мирное время и их место в структуре Красной Армии.
Так, на театре военных действий Железнодорожные войска предназначались:
для восстановления разрушенных железнодорожных линий как на занятой у противника территории, так и в тылу на участках железных дорог, пострадавших от налета неприятельских воздушных сил и других каких-либо причин;
для военной эксплуатации головных участков железных дорог, находящихся в сфере боевых действий;
для смешанной эксплуатации как в ближнем, так и (в исключительных случаях), глубоком тылу тех участков железных дорог, где ощущается недостаток гражданских агентов или где необходимость в таковых может быть вызвана в силу соображений как политического, так и военного характера;