Это было как раз то, чего больше всего боялся Иннокентий III, поставивший Фридриху условие, чтобы императорский и сицилийский скипетры не соединялись в одних руках. Фридрих без долгих размышлений согласился на это условие, но после смерти Папы, произошедшей в 1215 году, также не задумавшись, его нарушил. Папские владения оказались зажатыми в клещи. Однако благоприятным для папства обстоятельством оставалось то, что города Северной Италии, хотя и зависели от императора, в большинстве своем ненавидели императорскую власть и готовы были сопротивляться всякой попытке ее усиления. Политика Фридриха II состояла в том, чтобы укрепить свою власть и увеличивать доходы в богатом Сицилийском королевстве, которое он считал главным из своих владений; путем уступок духовным и светским феодалам жить в мире с Германией, используя ее военные ресурсы; принудить к повиновению североитальянские города; окружить Папу со всех сторон и подчинить его себе, до поры до времени держась с ним осторожно.
Новый папа Гонорий III не имел ни честолюбия, ни ума, ни энергии покойного Иннокентия. Он лично был очень расположен к Фридриху, с которым подружился, будучи довольно долго легатом папы в Палермо. Но политика римской курии была твердо определена, и преемник Иннокентия не мог отступить от нее. Он предвидел борьбу с Фридрихом, но как человек мягкого характера, хотел по возможности уклониться от ссоры, притом он считал своей важнейшей обязанностью заботу об освобождении Святой земли от владычества неверных. Ссориться с Фридрихом значило бы давать ему предлог к отсрочке крестового похода, а Гонорию хотелось, чтобы он как можно скорее отправился на Восток.
Время, оставшееся до крестового похода, Фридрих употребил на упрочение своей власти в Сицилийском королевстве: усмирял непокорных баронов, широко привлекал на воинскую службу проживавших там сарацинов, заботился о развитии торговли и промышленности, вводил строгую монархическую систему правления. Следует отметить, что в своей многогранной и кипучей деятельности Фридрих пользовался помощью людей, действительно незаурядных для своего времени, выбившихся из самых низов общества. Он умел не только находить их, но и выдвигать на важнейшие государственные посты, ценя в первую очередь в человеке его ум и таланты.
Ближайшим помощником Фридриха был Петр Винейский. Сын бедного простолюдина, этот замечательный человек родился в Капуе около 1190 года, рано приобрел обширные юридические знания, выбился из бедности, стал известен Фридриху своими талантами. Петр получил сан великого дворского судьи и очень долго оставался самым доверенным из советников императора. Петр занимал эту должность 22 года, но деятельность его не ограничивалась обязанностями судьи. Петр Винейский составлял все важнейшие государственные
акты, был уполномоченным Фридриха на переговорах с другими государями и с Папой. Данте в своей «Божественной комедии» вкладывает в его уста такие слова: «Я держал в руке ключи к сердцу Фридриха, отпирал и запирал его сердце так искусно, что он оказывал доверие исключительно мне одному». Подобно императору, он любил просвещение, поэзию и был человеком фактически неверующим. Помогало ему так долго оставаться рядом с Фридрихом и усердие, с каким он льстил императору, которого называл святым и уверял, что имя его будет жить в памяти народа. Придворные точно так же льстили могущественному советнику императора, называя его вторым Моисеем, вторым Иосифом. Однако папы ненавидели Петра Винейского, как злейшего своего врага.
18 марта 1227 года добродушный папа Гонорий III умер. Последние годы его жизни прошли в столкновениях с Фридрихом, хотя оба старались не допускать проявлений явной вражды: Фридрих распоряжался церковными делами в сицилийском королевстве, не обращая внимания на Папу и раздавая епископские кафедры по собственному усмотрению. Другой причиной их разногласий были притязания обоих на верховную власть в средней Италии. А непосредственным поводом к этому столкновению послужило то, что Фридрих очень долго оставлял вакантными пять епископских кафедр в Апулии, чтобы пользоваться доходами от них. Гонорий потерял терпение и собственной властью назначил епископов на эти кафедры.
Через три дня после смерти Гонория, 21 марта Папой был избран кардинал Уголино Конти, родственник Иннокентия III, проникшийся его идеями и исполнявший при нем важные поручения. Новый Папа принял имя Григория IX. Если Иннокентий III, человек еще не старый, действовал со стариковским спокойствием, то старик Григорий IX с юношеской горячностью. Подобно Иннокентию, он хотел подчинить власть государей римскому престолу. Император Фридрих хотел выйти из-под власти Папы, а Григорий старался удержать его под ней. Так что через полгода после избрания Григория вражда между императором и папским престолом возобновилась.