Мало того, на берегу Балтийского моря учрежденный Иннокентием орден меченосцев поработил и принудил креститься ливонцев и эстов. После завоевания Константинополя на престол патриарха Константинопольского, бывшего ранее соперником Папы, был возведен католический епископ, покорный Риму. Армянский царь Лев также признал над собой и своим царством верховную власть Папы. Оставалось только прогнать мусульман из Святой земли, водрузить крест в Александрии, покорить Малую Азию, тогда папскому Риму были бы подвластны все земли, над которыми владычествовал римский император Август.
Все народы, исповедовавшие католицизм, повиновались
повелениям римского первосвященника, «получившего власть непосредственно от Бога и действующего по внушению Духа Святого». На этом основании Папа Римский требовал, чтобы его решения считались откровениями божественной воли. Сомневающихся же церковь подвергала отлучению и принимала обратно только после унизительного обряда покаяния. Для большей внушительности Рим, не довольствуясь отлучением отдельных людей, изобрел форму наказания в виде наложения интердиктов на целые области и даже страны, где таким образом налагался запрет на богослужение и совершение таинств. Интердикт стал для римских первосвященников средством покорять королей: народный ропот заставлял их смиряться перед церковью. Если же какие-нибудь общины уклонялись от установленных верований или обрядов, папство называло их еретическими, чем обрекало их на физическое истребление. Рим призывал верующих идти против еретиков войной, обещая людям, которые отсекут мечом от христианского общества «гнилые члены», те же духовные награды, как и сражающимся с мусульманами в Святой земле.
Действительно, понтификат Иннокентия III вознес папский престол на небывалую высоту. Но он взрастил также и опаснейшего врага Рима в лице выдвинутого самим папским престолом императора Священной Римской империи Фридриха II Гогенштауфена , одного из умнейших и циничнейших политиков Средневековья. Сын германского императора и сицилийской принцессы, Фридрих вырос на Сицилии, где причудливым образом сочетались итальянская, византийская, арабская и еврейская культуры. В сущности, он был человеком без отечества, национальности и религии. Став в детстве игрушкой в руках бессовестных политиков, он рано созрел и ожесточился сердцем. Безгранично честолюбивый, он верил только в силу и ум.
Фридрих был одним из наиболее образованных людей своего времени: он живо интересовался научными вопросами, поддерживал переписку с рядом выдающихся ученых, как христиан, так и евреев и мусульман. Особенно интересовался он греческими и арабскими писателями, которых читал в подлиннике. В области религии Фридрих проявлял насмешливый скептицизм, равнодушие и терпимость, хотя из политических выгод иногда преследовал еретиков. В дипломатии его силу составляли гибкость и неразборчивость в выборе средств, знание человеческих слабостей, кипучая и стремительная энергия. Но ему часто не хватало выдержки. Излишняя импульсивность нередко преждевременно открывала недругам его хитрости. Врагом Фридриха был также его острый язык, который он не всегда умел держать на привязи . Но его выручало остроумие и скорость реакции, способность быстро изобретать новые комбинации, находить новые политические пути и возможности. Все это сбивало с толку его противников. Фридрих умел быть милостивым, иногда проявлял великодушие, но в то же время способен был и к беспредельному деспотизму, к беспощадной жестокости, к вероломству и необузданной мстительности. Недаром он вызывал недоверие практически у всех, с кем имел дело.
Тяжелая школа жизни, которую Фридриху пришлось пройти в детстве, закалила его ум и волю. Наперекор возражениям Иннокентия III, продолжавшего давать ему советы, он отнял должность канцлера у ненавистного ему Гвальтерио и стал править сицилийским государством умно и твердо. Фридрих усмирил арабов, которые несколько раз против него восставали, привел к покорности могущественных баронов, которые жили как независимые государи в своих замках. Он основал университет в Неаполе и всячески старался привлечь в Неаполь, Палермо, Салерно прославленных ученых. При этом он проявлял такую удивительную веротерпимость,
по крайней мере к приглашаемым ученым , что в его университетах преподавали наряду с христианами и арабы, и евреи. В 1212 году, все еще сохраняя дружбу с папой Иннокентием III и опираясь на его поддержку, Фридрих начал борьбу с императором Оттоном IV, узурпировавшим императорскую корону. В 1215 году Фридрих II стал императором Священной Римской империи, оставаясь королем Сицилии.