На другой день наши войска, увидя приближающихся к Чишмам чехословаков, стали разбегаться из Чишмов и прибывать в Уфу. Все перемешалось. Губисполком предлагает перейти к выполнению плана организованного отступления: часть в горы,
часть по реке, и в ту же ночь (с 3 на 4 июля) вместе с военными властями оставляет Уфу. Харченко скрывается неизвестно как и куда. Мы успеваем вывезти все ценности, денежные знаки, все хлебные запасы, всю мануфактуру, портим телеграфный аппарат, снимаем с паровозов наиболее важные части, без которых затруднено передвижение, уводим все пароходы, баржи, снимаем конторки. Прибываем в Бирск» .
Бывший председатель Комуча В.К. Вольский в докладе на заседании IX Совета партии эсеров в июне 1919 г. отмечал, что «Уфа была взята при помощи с.-р. военной организации ([под]полковник Махин), и немедленно объявлена в ней власть Комитета» . Генерал С.А. Щепихин впоследствии отмечал: «Удача улыбнулась эсэрам: член партии [под] полковник Махин (кадровый офицер русской армии) удачно организовал безболезненную сдачу Уфы чехам» .
О подпольной работе Махина сообщил в своих показаниях белым 25 января 1919 г. военный летчик штабс-капитан П.Ф. Петров, служивший в июне 1918 г. у красных в Уфе: «Из Чуваши каждый день приходилось ездить в Уфу в штаб Красной армии, где вместо Подвойского, который уехал из Уфы в Казань, остался его заместителем Генерального штаба [под]полковник Махин, который также был подослан из Москвы [от] центрально-офицерских организаций, и с ним мы друг друга стали понимать без слов. Дня за 34 до занятия Уфы чехами [под]полковник Махин должен был скрыться, что он и сделал поехал осматривать фронт и перешел к чехам. После его побега в Уфу приехал главковерх, знаменитый большевистский полковник Муравьев, который тотчас же потребовал меня к себе» . Муравьев потребовал от Петрова сбросить на чехословаков бомбы. Последний же не собирался этого делать и отправил к чехословакам летчика, а затем 4 июля, в день падения Уфы, сумел перебросить к ним 33-й корпусной авиаотряд в составе 11 аэропланов. Отряд вошел в состав Народной армии Комуча. Возможно, это несколько преувеличенные показания заинтересованного лица. Тем не менее Петров тоже примкнул к белым, а приведенные им сведения о подпольной работе Махина подтверждаются другими документами. Свидетельство Петрова крайне важно еще и потому, что, по-видимому, проливает свет на обстоятельства перелета к чехословакам преемника Махина командарма Харченко. Скорее всего, он перелетел к противнику вместе с этими летчиками.
Сдача Уфы повлияла на стратегическую обстановку на Восточном фронте. Уже через день, 6 июля, на станции Миньяр в 110 километрах к востоку от Уфы произошло соединение челябинской (полковник С.Н. Войцеховский) и самаро-златоустовской (полковник С. Чечек) групп чехословаков, в результате чего под контроль антибольшевистских сил практически полностью перешла огромная территория от Волги до Тихого океана. Товарищ управляющего военным ведомством Комуча В.И. Лебедев вспоминал позднее, что Махин «удачно расстроил дело большевистской обороны гор[ода] Уфы» .
Оставление Уфы повлияло и на обстановку на Среднем Урале. Командующий Северо-Урало-Сибирским фронтом Р.И. Берзин сообщал 11 июля 1918 г. в Наркомат по военным делам, что «с занятием противником Уфы вся железная дорога Самара Уфа Челябинск Омск оказалась в руках противника, вследствие чего он может свободно перебрасывать свои силы вдоль всего фронта и во всякое время может сосредоточить значительные силы для активных действий в любом пункте. Благодаря этому обстоятельству правый фланг моего фронта очутился под серьезной угрозой глубокого обхода противником из уфимского района в направлении на Бирск Сарапул Пермь или Бирск Красноуфимск Кунгур Пермь, потому что части 2[-й] армии, действовавшей в районе Уфы, отошли в неизвестном направлении и связь с ними потеряна. В случае осуществления противником этого обхода, мой фронт окажется в крайне тяжелом положении, ибо с занятием Перми будет прервана ее коммуникационная линия, каковое обстоятельство крайне отрицательно отразится на духе войск и на настроении местного населения Принять какие-либо серьезные меры для обеспечения правого фланга моего фронта от этого обхода я не в состоянии, ибо не имею ни сил, ни средств для удлинения фронта на такое большое расстояние. принятые мной меры считаю совершенно недостаточными для обеспечения своего правого фланга и поэтому ни в коем случае не могу быть спокойным и уверенным в его прочности, каковое обстоятельство много вредит делу, ибо отвлекает
мое внимание от других не менее важных направлений. Ввиду этого прошу вас сделать распоряжение 2[-й] армии войти в самую тесную связь с отрядами красноуфимского направления, дабы на моем правом фланге не было той пустоты, в которую противник в любое время может двинуть значительные силы» .