Г.Н. Котов описал приезд Муравьева следующим образом: «Он приехал тоже с вескими удостоверениями, да к тому же и был известен нам как командовавший раньше нашими силами на юге, а потому не вызвал у нас никаких подозрений. По своему поведению и приемам он представлял полную противоположность Махину; очень много шумел и горячился. И по случаю его приезда были созваны губсовнарком и наиболее активные товарищи. Если Махин скромно доложил о цели своего приезда и не поставил ни одного вопроса ребром, то Муравьев сразу же заявил: Никаких разговоров о сдаче Уфы быть не может, надо не только готовиться к ее защите, но и к наступлениям. Ведь Уфа со своими окрестностями такая естественная крепость, что смешно говорить о сдаче ее. Такова воля командования, и этому надо подчиняться безоговорочно, а тот, кто не захочет подчиниться и не будет выполнять приказаний, с того полетит голова долой. Иначе нельзя. Мы боремся с врагом, и революция требует таких суровых мер. Так вот давайте приступим со всей энергией к делу. Все для фронта. Таково было содержание речи Муравьева. Конечно, на нас его слова произвели большое впечатление» . По свидетельству Котова, на том же заседании Муравьев представил нового военрука А.И. Харченко.
В Уфе подпольная работа против красных была поставлена на широкую ногу, и не один только Махин был послан туда антибольшевистским подпольем . Секретарь уфимского губкома РКП(б) Г.Н. Котов отмечал, что «постепенно атмосфера все более насыщалась военными событиями, стали появляться белогвардейские офицеры. О цели их появления не надо было догадываться, она была ясна. Новый губисполком бездействовал, так как левые эсеры, чуя приближение грозы во всех делах, умывали руки и, очевидно, больше занимались подготовкой к бегству» .
2 июля Муравьев дал указание командованию 2-й армии не сдавать Уфу без боя и маневрировать к левому флангу 1-й армии М.Н. Тухачевского . Однако этот приказ выполнен не был, тем более что после занятия чехами 26 июня Златоуста участь красной Уфы была по существу предрешена. 3 июля декретом РВС Восточного фронта 10 командующим 2-й армией был назначен А.И. Харченко при политическом комиссаре В.В. Яковлеве .
Вопрос о том, была ли роль Махина в сдаче Уфы противнику ключевой, остается открытым. Дело в том, что город он покинул за несколько дней до его сдачи. По некоторым данным, уже 27 июня после вечернего заседания губисполкома Махин, видимо, понял, что ему не доверяют. Он отдал распоряжение не снимать на ночь артиллерию с укрепленных мест и высот в Уфе и заказал паровоз с вагоном для осмотра позиций. Затем Махин проехал за станцию Чишмы и по Волго-Бугульминской железной дороге вместе с неустановленными советскими частями ушел к линии фронта. Полотно Самаро-Златоустовской дороги, вдоль которой наступали чехословаки, было разрушено за Чишмами. При этом встреча с чехословаками произошла на Самаро-Златоустовской дороге . Впрочем, секретарь уфимского губкома РКП(б) Г.Н. Котов и командующий Поволжской группой чехословацких войск полковник (впоследствии генерал) С. Чечек отмечали, что Махин уехал из Уфы и прибыл к чехословакам на автомобиле, что ставит под сомнение вышеприведенные сведения.
По версии Чечека, Махин со своим адъютантом выехали на автомобиле ему навстречу. При встрече Махин заявил Чечеку примерно следующее: «Я начальник штаба красных войск в Уфе. Зная о вашем приближении, я разослал все части так, что вы можете войти в город беспрепятственно. Дальнейшее мое личное пребывание в городе невозможно. Возвратиться туда мне нельзя Идите на эту крепость смело, не раздумывайте, достаточно одной части, чтобы забрать город» . Таким образом, Махин сдал город чехословакам и Народной армии. На сторону противника перешел и преемник Махина на посту командарма А.И.Харченко.
Накануне падения города в Уфе была паника. Ее усугубляли отсутствие связи со штабом фронта, определенная растерянность, которую повлекли измены Махина и Харченко. Советские работники были заняты сборами. Часть учреждений красные эвакуировали на пароходах по реке Белой, другая группа отступавших из Уфы отходила в горы. 4 июля 1918 г. противники большевиков заняли Уфу без боя, причем некоторые горожане встречали новую власть с цветами .
Видный советский военный работник, член РВС Восточного фронта П.А. Кобозев вспоминал в 1931 г. (постфактум и с учетом последовавшей антитроцкистской конъюнктуры и послезнания об изменах): «В Уфе дезорганизация сильная: т. [Б.М.] Эльцин предисполкома, т. [А.И.] Свидерский ропщут на наркомвоен Подвойского, вздумавшего с согласия наркомвоен Троцким перестраивать партизанские, испытанные красногвардейские боевые рабочие отряды в красноармейские полки, как раз в момент падения Самары, и теперь нет ни отрядов, ни полков. Ропщут на Яковлева, получившего от наркомвоена какие-то всеобъемлющие права командующего Оренбургско-Самаро-Саратовским фронтом и потому сдавшего Самару и разоружившего Уфу, увезя все замки от орудий в Саратов. Скандал полный, защищаться нечем.