Благодаря упорству, с которым III корпус продолжал вести арьергардные бои, Карл смог перегруппировать остатки армии и занять позиции севернее и западнее Амберга. Он надеялся задержать преследовавших его армию французов, вступив с ними в оборонительное сражение, тем самым предоставив своему громоздкому обозу возможность уйти через труднопроходимые ущелья в Богемию. Обеспечив безопасность своих обозов, армия могла бы затем с боями выйти из Баварии и, оказавшись по ту сторону гор, восстановить свою мощь. К несчастью для Карла, его планы были сразу же разгаданы. 13 апреля, когда измотанные постоянными арьергардными боями войска Гогенцоллерна уже подходили к Амбергу, бригада генерал-майора Людвига Тьерри сбилась с пути. Авангард Массены застал австрийцев врасплох, и когда на отступающее каре обрушилась баденская и гессенская легкая конница, оборона Тьерри рухнула. В ходе настоящей травли спасавшихся бегством австрийцев был взят в плен сам Тьерри и более тысячи его солдат, затем была рассеяна и значительная часть бригады генерал-майора Николаса фон Кайзера. Погоня продолжалось вплоть до Кармензольдена (это всего в пяти километрах западнее Амберга), где II корпус австрийской армии остановил увлекшиеся погоней и уже не соблюдавшие боевого порядка отряды преследователей.
Тем временем остальные подразделения армии Наполеона подошли к полю битвы. В сумерках французские войска выстроились в виде полукруга, охватив Амберг с севера и запада: Удино в районе Уллерсберга, вюртембергцы Вандамма южнее Аммерталя, Массена в районe Зибенайхена, а корпус Даву в лесном массиве севернее и северо-восточнее Трасслберга. Тем же вечером, составляя распоряжения, Наполеон написал: «Я намерен окончательно уничтожить армию принца Карла сегодня или самое позднее завтра» .
повел ее вперед. Этот спонтанный удар пехоты и кавалерии невозможно было отразить. Гренадеры были отброшены в Амберг, а французская кавалерия и баденская пехота следовали за ними по пятам .
Центральный участок обороны Карла рухнул баденцы мчались по улицам города, а французская тяжелая кавалерия заполнила его окраины. Еще оставшиеся в распоряжении Карла боевые порядки также находились в ужасном состоянии. На левом фланге II корпус, напрягая последние силы, пытался вырваться из-под пресса войск Массены и Вандамма, давление которого все больше усиливалось. На правом фланге 4-я дивизия Даву взяла Ашах, и французские вольтижеры уже двигались навстречу противнику, выходя из лесистой местности близ Крумбаха. Эрцгерцог приказал начать общее отступление и дал указание командующему резервом генералу кавалерии Йоганну Флирсту Лихтенштейну, прикрыть отход войск. Бросив своих драгун и кирасиров на французские войска, которые продвигались в районе Амберга, Лихтенштейн выиграл время, необходимое для того, чтобы оставшиеся в его распоряжении гренадеры могли занять позицию на небольшой возвышенности к югу от Гармерсдорфа. Здесь они образовали заслон, который удерживал преследователей достаточно долго для того, чтобы остатки армии могли уйти с поля боя. К этому времени 1-я и 4-я дивизии Даву уже были готовы нанести концентрированный удар по позиции Лихтенштейна. Наступала ночь, когда колонны деморализованной армии Габсбургов направились к мостам через реку Нааб.
Победа и поражение
Однако переправа через Нааб едва ли могла спасти австрийцев от окончательного разгрома. Армия, которая уже не могла оказывать серьезного сопротивления, под командованием упавшего духом Карла отступала в Богемию, по дороге теряя обозы, понтонные средства и тысячи людей, которые из солдат становились военнопленными. Войдя в горные ущелья, подразделения разбитой армии оказались в ловушке и были рассеяны, а затем и уничтожены французами и их германскими союзниками. Обстановка на других театрах военных действий была аналогичной. Южнее Дуная Гиллер, получив невразумительные сведения о бедствиях, постигших основные силы армии, отступал к Инну со всей быстротой, на какую только был способен. Еще южнее IX корпус был атакован превосходящими силами французов и итальянцев, которые нанесли удары из Италии и Далмации. И наконец, VII корпус, который действовал в Польше, оказался в оперативном тупике. Взяв Варшаву, он оказался не в состоянии выполнить возложенную на него задачу по уничтожению польской армии.
В то же время Наполеон продолжал вести очередную победоносную войну. К 17 апреля он сосредоточил свою измотанную боями, но ликующую армию в районе Вальдмюнхена, у самой границы с Богемией, а его легкая кавалерия совершила рейд по приграничным районам Богемии, дойдя до Бишофтайница. В течение двух предыдущих недель Наполеон сумел перехватить инициативу и наголову разбить главные силы армии Габсбургов. Теперь он готовился к вторжению в пределы монархии, чтобы завершить уничтожение австрийской армии и взять Вену. 22 апреля, в Будвайзе Наполеон получил от австрийцев первое мирное предложение, а 1 мая, уже в Вене, он диктовал свои условия мира.