СОЕ являлся структурой военного времени, поскольку проведение специальных операций в мирных условиях нарушает принципы международного права и теоретически не допускается. В связи с этим после окончания боевых действий в Европе необходимо было решить дальнейшую судьбу как самой организации, так и тысяч ее сотрудников. С этой целью в июне 1945 года правительство сформировало комитет в составе председателя ОКР Кавендиш-Бентинка, представителей начальников генеральных штабов трех видов вооруженных сил, казначейства, а также руководителей МИ-6 Мензиса и СОЕ Габбинса. Принять решение было довольно трудно. Здравый смысл и экономические соображения диктовали требование просто распустить Исполнительный орган специальных операций,
но неясные политические перспективы удерживали от такого шага. Кавендиш-Бентинк рекомендовал: СОЕ должен стать частью СИС, и одновременно необходимо приложить все возможные усилия в интересах эффективности и экономии в объединении деятельности СИС и СОЕ . Однако сказать это было легче, чем сделать. Прежде всего, СОЕ многократно превосходил разведку как по численности, так и по бюджетному финансированию, поэтому перспектива его присоединения к СИС выглядела довольно странно и напоминала ситуацию принятия полком в свой состав дивизии. Поэтому даже при условии принципиального согласия на такое решение диверсионные и партизанские подразделения следовало радикально сократить. Позиция Габбинса была иной. Он не мыслил общественной жизни в послевоенный период без специальных операций и полагал, что они должны превалировать над классической разведкой. Генерал предлагал включить группу офицеров-специалистов по подрывным операциям в каждую из контрольных комиссий с перспективой разворачивания боевой деятельности немедленно после получения команды. Однако это было уже слишком даже для начала холодной войны, когда британцы совершенно не исключали итоговвариант возврата разоруженным дивизиям вермахта их вооружения и нанесения совместного с западными союзниками удара по Красной Армии. Поэтому, не отрицая возможности и необходимости проведения специальных операций против СССР, СОЕ был все же значительно сокращен и включен в СИС в очень урезанном виде. Юридически это произошло 15 января 1946 года, однако некоторые его станции, в особенности на Дальнем Востоке, продолжали параллельное с резидентурами СИС существование вплоть до 1947 года. На Средиземном море И САД тоже был заменен Объединенной организацией по исследованию и планированию (КРПО) с точками в Аммане, Багдаде, Басре, Бейруте, Дамаске, Порт-Саиде и Тегеране. Возглавил ее ветеран британской Индийской армии Джон Тич.
В этот период Габбинс проводил основное время не на службе, а в клубе специальных сил в Кенсингтоне, который представлял из себя не просто место встреч и времяпровождения, а являлся точкой, где можно было быстро набрать и мобилизовать офицеров и солдат со специальной подготовкой для проведения иррегулярных операций и диверсий. В дальнейшем именно в этом клубе набирались бойцы для контрпартизанских действий в Палестине и Малайе, где им зачастую приходилось противостоять местным бойцам, подготовленным и вооруженным самим же СОЕ.
Еще одним органом подрывных операций военного времени являлся ПВЕ. Ввиду окончания боевых действий в Европе и отсутствия там противника он также подлежал роспуску, о чем его сотрудники и были уведомлены в мае 1945 года. На период расформирования организацию перевели под министерский контроль Форин офис, а Габбинс в прощальном письме последнему исполнительному директору Исполнительного органа политической войны Роберту Брюсу Аоккарту выразил убежденность в необходимости продолжать ведение черной пропаганды на Европу и Дальний Восток. Однако в Аондоне все яснее осознавали, что настоящий противник Великобритании вовсе не повержен, и в борьбе с ним пропагандистские методы могут оказаться наиболее полезными. Поэтому в итоге подлинного расформирования ПВЕ не произошло, просто его подразделения после соответственного сокращения включили в Департамент политической разведки (ПИД) министерства иностранных дел, временным руководителем которого был генерал-майор Кеннет Стронг.
Возвращаясь к МИ-6, следует отметить, что дело Спрингхолла послужило толчком для ее реорганизации и переориентации направленности. На протяжении всей войны V (контрразведывательная) секция СИС совершенно не занималась союзниками, уделяя все внимание странам оси, теперь же ситуация принципиально изменялась. В августе 1943 года заместитель руководителя СИС Валентин Вивиан составил секретный меморандум, в котором писал: Противоречия между Великобританией и Советским Союзом столь же велики, как и между Великобританией и нацистской Германией Советская Россия является нашим другом только до тех пор, пока она может извлекать выгоду из этой дружбы. Она не доверяет нам и будет обращать все усилия на шпионскую деятельность против нас даже в годы дружбы. Когда она получит от этой дружбы все, что возможно, она безжалостно активизирует все свои секретные службы против идеалов, за которые борется Британия Таким образом, на этом пути нашим злейшим врагом может оказаться тайная агрессия Советской России Но мы не должны допустить такую ошибку мы не можем доверять русским так же, как мы доверяем, к примеру, чехам или американцам, или давать