Существенным изъяном в доктрине СИС в рассматриваемый период являлось пренебрежение вопросами внешней контрразведки. Бывший военный моряк Камминг желал иметь как можно меньше общего с этим нереспектабельным, по его мнению, занятием, и видел задачу подчиненной службы в сборе информации, а не в борьбе с агентурой противника. Однако логика работы заставляла СИС уделять все большее внимание линии контрразведки, и она вначале стихийно, а впоследствии и вполне организованно развилась до серьезных масштабов. В аппарате МИ-1(ц) появилось Центральное бюро, задачей которого являлась обработка и систематизация получаемой от загранточек контрразведывательной информации. Впоследствии оно стало Центральной картотекой.
Помимо СИС, в рассматриваемый период времени агентурную разведку вели также две специально созданные Разведывательные группы генерального штаба и НИД. Однако их интересы не пересекались, поскольку военные действовали на тактическом уровне (по британской терминологии, что соответствует оперативному уровню по отечественной терминологии), а МИ-1(ц) занималась стратегической разведкой. Разведка Адмиралтейства и вовсе никоим образом не мешала СИС, отношения между ними были самыми тесными, и координация действий обоих разведорганов могла служить образцом взаимопонимания.
На Февральскую революцию 1917 года в Российской империи военная разведка отреагировала немедленно. Из-за оправданных опасений в верности восточной союзницы задачу сбора информации по России передали из МИ-2(ц) в МИ-3. Одновременно она стала заниматься и делами Дальнего Востока. Секция безопасности МИ-5 приняла на себя не только дела реорганизованной в 1916 году своей предшественницы МО-5, но и иные контрразведывательные задачи, ранее решавшиеся МИ-1 (б). Секция МИ-6 занималась оперативным изучением торговой политики иностранных государств, поставок оружия, а также вопросами международного права. Кроме того, в спектр ее задач по-прежнему входила работа с шифрами и кодами и контроль над подводными телеграфными кабелями. МИ-7 ведала прессой и специальной пропагандой, а также руководила Бюро военных переводчиков. В функции МИ-8 входила цензура телеграмм, радиограмм и проверка внешнеторговых контрактов, МИ-9 осуществляла ведение почтовой цензуры. В Директорате военной разведки появилась секция МИ-10, отвечавшая за контакты с иностранными военными атташе и военными миссиями. Последнее в рассматриваемом периоде изменение структуры произошло в ноябре 1918 года. Британия начала концентрировать усилия своей разведки на России, и новая секция разведки МИ-Р специализировалась на Европейской и Азиатской России, Кавказе и Дальнем Востоке. С такой структурой ДМИ вошел в мирный период своей истории.
В 1918 году в Британии появилось министерство авиации с Директоратом воздушной разведки (АИ), через два года объединенным с Директоратом операций. Это подразделение ведало аэрофотосъемкой, изучением деятельности и состояния иностранных военно-воздушных сил, их авиационной техники, вооружения, запасов топлива, а также составлением перечня перспективных объектов для стратегических бомбардировок, насколько таковые были тогда технически осуществимы. Правда, большинство исследователей сходятся во мнении о том, что до 1925 года разведка ВВС АИ-1(ц) существовала практически номинально.
Если для военной и морской разведок два последних года войны были периодом относительно устоявшейся доктрины их деятельности, то с СМС все обстояло совершенно иначе. Ее статус и задачи все еще
не устоялись и нуждались в уточнении, чем и занялся будущий директор ДМИ Уильям Дж. Мак-Донах. 22 октября 1917 года в военном министерстве состоялось совещание, на котором сам Камминг хотя и присутствовал, но слова так и не получил. Обсуждались предложения по перестройке работы стратегической агентурной разведки, направленные в первую очередь на повышение ответственности СИС перед военным министерством и в особенности перед его разведывательным директоратом. Докладчик резко раскритиковал существующую схему управления СИС и потребовал пересмотреть ее организационную структуру с тем, чтобы ДМИ легко мог контролировать ее работу с агентами. Мак-Донах назвал и отделенные перспективы предлагаемой реорганизации, предложив ввести в СИС представителей военного министерства, Адмиралтейства и Форин офис для создания подобия организационного комитета под председательством Камминга. 29 ноября 1917 года руководитель МИ-1(ц) получил официальное указание о пересмотре организационной структуры разведки и создании в ней функциональных подразделений. Такой шаг действительно повышал прозрачность СИС для перечисленных ведомств и в этом отношении был весьма неоднозначен. Тем не менее, Камминг не протестовал против него, то ли в силу пораженческого настроения, то ли в силу согласия с предложенной концепцией. Уже в декабре центральный аппарат разведки стал представлять собой ряд функциональных подразделений:
Центральное бюро;
политическая секция;
военно-морская секция;
экономическая секция;
секция кадров;
секция прикрытия;