Деятельность Монастырского приказа была направлена не только на пополнение казны, но и на упорядочение церковной жизни; поддержание определенного штата военнослужащих в армии. В 1718 г., ввиду рекрутского набор, Приказ временно приостанавливает по всей России посвящение в священники. В 1715 г., издается закон, возлагающий на монастыри обязанность содержать аттестованных солдат; раньше это было делом добровольного благотворения. Еще раньше, в 1718 году, по приказу царя произошло заключение церкви в определенные штаты: в монастырской сфере одни монастыри были закрыты, другие превратились в приходские церкви, в третьих сокращено число монахов; в приходских церквях на 100150 дворов полагался один священник, на 200250 дворов два, на 300 и то в исключительных случаях три. На каждого священника было положено по два причетника. Введение штатов предполагалось осуществить постепенно, пока лишние клирики не переведутся сами собой за смертью или сложением сана, и в этот промежуток было постановлено не посвящать новых лиц на открывающиеся вакансия, а замещать их лишними клириками из других приходов. В 1721 г. последовал уже более решительный указ, запрещавший совсем постригать в монахи, чтобы освободить места для отставных солдат. Все эти меры мотивировались наличием Северной Войны. Но приказ провел также некоторые изменения в церковных делах вне всякой связи с войной или другими практическими мероприятиями Петра. Например, устанавливается новый порядок выборов священников, а протоиереям предписывается заводить школы и следить за тем, чтобы посвященные в священники непременно были из воспитанников школы. В 1718 г. Монастырский приказ закрыл все домовые церкви, за исключением церквей, принадлежавших особам царской фамилии. Их утварь и антиминсы передавались в распоряжение бедных приходских и монастырских церквей. Таким образом, упразднялся домашний культ, прежние домашние духовники, холопы своих господ, заменялись приходскими, общественными духовниками, на которых была возложена обязанность доносить о всяких крамолах, открытых на исповеди, а обыватели обязывались непременно «говеть» Великим постом.
Разрозненные распоряжения Монастырского приказа были объединены в систему и развиты в Духовном Регламенте. Ко времени составления Духовного Регламента (1721 г.) Пётр разошелся со Стефаном, хотя тот все еще оставался местоблюстителем патриаршего престола. Пётр более всего симпатизировал немецкому протестантизму, привлекавшего его не только рационализмом, но и организационными принципами. Лютеранская реформация, с точки зрения Петра, именно и свелась к тому, что в бесчисленных немецких княжествах церковь стала отраслью княжеского управления. Князь назначал пасторов, которые, таким образом, были попросту его чиновниками, проводившими при помощи религии его политику. Стефан Яворский иначе ко всему относился, и на почве, насаждения хотя бы внешнего протестантизма, имел несколько крупных столкновений с царем, что и стало основной причиной их взаимного охлаждения.
Стефан сначала сочувствовал преобразовательной деятельности Петра, восхваляя его в проповедях. Но постоянно он начал осуждать его распоряжения, которые считал посягательством на свободу церкви. Будучи воспитанным на католических системах богословия, отстаивавших церковный авторитет, церковное предание, он считал патриаршество необходимым для управления Церковью. Возможно, он видел себя будущим патриархом. Постепенно он идейно сблизился с противниками деятельности Петра, касавшихся духовенства. В проповедях местоблюстителя говорилось то, что воспринималось как порицание царю. Взыскивал он осуждение не хранящим постов, оставляющим жен своих. Во время войны с турками царь, минуя Стефана, получил от Константинопольского патриарха разрешение не соблюдать посты для войска, двинувшихся в Прутский поход. Не одобрил Стефан насильственное пострижение первой супруги Петра, царицы Евдокии, его женитьбы на безродной Екатерине. В 1712 г. в единомыслии с недовольными мероприятиями царя, он, в день ангела царевича Алексея назвал его «единой надеждой России» и обрушился на введенный Петром институт фискалов, на то, что царь даже потребовал от него письменного объяснения, а в 1718 г. Стефан попал в подозрение и был запутан в деле бегства Алексея, но сумел оправдаться.
Проводя церковную реформу с ориентировкой на Запад, внутренне Пётр I оставался православным по содержанию. Он любил петь на клиросе и читать Апостол, его духовником некоторое время был подвижник, прозорливец иеромонах Иов. В 1694 г. царь был застигнут сильной бурей в Белом море и молился о спасении. Судно его добралось до Унской губы. Там находился Пертоминский монастырь, возникший на месте погребения иноков соловецких, Васссиана и Ионы, утонувших вблизи. По поверьям они помогали обращавшимся к их представительству. Пётр и свое спасение объяснил также. Он просил архиепископа Холмогорского Афанасия об обретении их мощей, что и было исполнено, а после и установлено местное празднование. Петром был восстановлен новгородский Перекомский монастырь. Церковь в Вознесенском монастыре в Смоленске построена царем, прибывших карать стрельцов и помиловавших их по просьбе игуменьи Марфы. Восстановлена им и Валаамская обитель, после разорения ее шведами, 100 лет пребывавшая в запустении. Новую столицу свою он отдал под небесное покровительство Исаака Далматского, в день памяти которого родился. Им перенесены были в Санкт-Петербург из Владимира мощи великого князя Александра Невского. «А икона Успения? с волнением спросил он, получив известие о сильном пожаре в Киево-Печерской лавре. Ну, так Лавра цела, с радостью воскликнул царь, узнав, что православная святыня цела»27. Петром была пожертвована рака к мощам Ефрема Новоторжского. В Усть-Желтиковом монастыре, где одно время пребывал в заключении царевич Алексей, Пётр построил церковь, во имя «Святителя Алексея». Церкви Сампсониевская и Пантелеймоновская в Санкт-Петербурге были воздвигнуты царем в память побед под Полтавой и при Гангуте. Наказал Пётр дубинкой, посланного им учиться за границей, В. И. Татищева (управляющий казенными заводами на Урале с 17201722 гг. и 17341737 гг., в 17411745 гг. губернатор Астрахани), будущего историка, со словами: «Не соблазнят верующих честных душ; не заводи вольнодумства, пагубного благоустройству; не на тот конец старался я тебя выучить, чтобы ты был врагом общества и Церкви»28.
В начале нового столетия в Москве образовался кружок вольнодумцев протестантского направления. Участники его отвергали почитание «святых» и мощей, чудеса, пророчества, авторитет церкви, почитание икон, монашество и обрядовую сторону религии. Во главе довольно многочисленного кружка стоял лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе и там проникнувшийся подобными взглядами; не воспринял он только спасение человека верою. Влияние кружка вскоре распространилось в московскую академию, где и был замечена духовной властью. Стефан немедленно пустил дело в розыск и повел его гласно, привлекая к раскрытию виновных и органы гражданской власти Преображенский приказ.
Тверитинов и его единомышленник фискал Косов отправились в Санкт-Петербург с жалобой на Стефана. Там они нашли поддержку у князя Я. Долгорукова и влиятельного архимандрита Александро-Невского монастыря Феодосия Яновского, не сочувствующие Стефану. По царскому указу дело рассматривалось в Сенате. «Еретики» словесно отреклись от своего «лжеучения». В июне 1714 последовал царский указ об отсылке еретиков к Стефану для их духовного освидетельствования, «истинно ли они православную веру содержать твердо»; взятия с них письменного исповедания, и объяснения о том в торжественный день в соборной церкви. Стефан же имея на руках явно «еретические» сочинения Тверитинова, посчитал себя вправе снова поднять дело. Он велел разослать «еретиков» по разным монастырям, держа их там за крепким караулом; бумагу и чернила давать только Тверитинову, если он пожелает написать отречение от своих заблуждений.