Пифагорейцы разделяли со своими предшественниками идею происхождения всего сущего из одной и той же первоматерии, а также, возможно, предположение о вечно повторяющемся чередовании возникновения мира из первоматерии и его последующего распада. Принципиальная особенность их учения по сравнению с учением древних ионийцев состоит в том, что в качестве природы общей субстанции они указывали не то качество, которое, как у воды или воздуха, познается чувственным восприятием, или которое, как у анаксимандрического бесконечного, должно отличаться от познаваемого чувственным восприятием только как полное от неполного, а то, которое может быть постигнуто только умом. Ведь если учесть, что все вещи могут быть предметами счета и арифметики и должны соответствовать арифметическим истинам, что в вещах и событиях существуют определенные закономерности, которые можно проследить до определенных чисел и числовых отношений, и если рассматривать это отношение к числам как нечто не просто принадлежащее нашему представлению о вещах, но лежащее в самой вещи независимо от нашего представления о ней, то природа первоначала казалась им, состоит в том, что оно придает возникшим из него вещам числовую природу или числовую закономерность. Они выражали это мнение тем, что первоначало, из которого возникли все вещи и которое является сущностью всех вещей, есть число. Аристотель сообщает, что пифагорейцы, духовной пищей которых была математика, считали, что все вещи состоят из чисел, что весь мир это число и гармония, или (как сказано в другом отрывке) что вещи создаются путем подражания числам. Это утверждение подтверждается размышлениями Филолая о значении чисел. По его словам, природа числа это закон, направляющий и наставляющий во всем темном и неизвестном; ничто не было бы узнаваемо, если бы его не было в вещах; ему не свойственен обман; оно осуществляет свою власть не только в природе, но и в человеческих произведениях, в художественной деятельности, в музыке.
Смутное и неясное представление о том, что вещи имеют числовую природу или являются подражанием чисел и что они являются таковыми вследствие природы исходной или общей субстанции, из которой они произошли, привело пифагорейцев к самым чудесным рассуждениям об объективном значении чисел, совершенно лишенным научной установки. Возможно, Пифагор и его первые ученики ограничивались тем, что прослеживали закономерности, которые можно выразить числами в геометрических фигурах, связи и отношения между вещами и событиями, дополняли свои наблюдения гипотезами. Из таких попыток возникло, например, знание, о котором говорится во фрагменте письма Филолая, о том, что соотношения октавы, пятой и четвертой тональностей струн соответствуют соотношениям длины 1:2, 2:3, 3:4, а также предположение о простых соотношениях в расстояниях небесных тел от центрального огня, вокруг которого они должны двигаться.
Вскоре, однако, школа, по-видимому, поставила высшей задачей науки выяснение того, что Аристотель называет сходством вещей с числами, полагая, что сущность предмета можно выразить и понять, указав число, пригодное для его символизации, и, наоборот, тайную природу и силу числа, указав предмет, связанный с ним. Так, справедливость, поскольку она воздает по заслугам, определялась числом четыре как первым, полученным умножением подобного на подобное, брак числом пять как первым сочетанием четного и нечетного чисел; определенное знание приравнивалось к единице, колеблющееся мнение к двойке; геометрические и естественно-исторические понятия, такие как линия, поверхность, тело, растение, животное, человек, также восходили к числам.
Если природа первоначала утверждается в том, что возникающий из него мир это мир, в котором все определено и упорядочено в соответствии с числами, то далее можно поставить вопрос о том, в чем оно состоит само по себе, помимо той конституции, которую оно придает миру. «Первоначало, отвечает пифагорейское учение, едино, причем так, что оно не является в то же время членом множества, а содержит в себе все сущее. Это единство присуще ему как реальное качество, и именно в этом заключается его сущность. «То, что едино, поясняет Филолай, есть начало всего (εν αρχα παντων [эн арха пантон])». Пифагорейцы, рассказывает Аристотель, говорили о числах, из которых якобы состоит весь мир, что они происходят от Единого (εχ του ενος [эх ту энос]), и что Единое не относится к ним не только как предикат к воде, огню, земле или любой другой субстанции, сущность которой состоит в иной природе, чем Единое, но даже как сущность того, о чем говорится. Это учение не следует понимать так, что первоначало не имеет природы или конституции, благодаря которой и в которой оно является единым, но полностью поглощено одной лишь формой бытия единым. Скорее, пифагорейцы имели в виду (хотя и не объясняя этого сами), что природа первоначала не «составляет случайного содержания для формы бытия-одного, но неотделима от бытия-одного, как последнее от него, так что тот, кто знает, что нужно считать числом один и включать в себя все остальное, что можно считать, знает тем самым и природу первоначала».
С этим толкованием согласуется и то, что далее они говорят о Едином Первосуществе, что в нем два элемента, бесконечное бытие и ограниченное бытие или предел, соединены узами гармонии, что, вероятно, может означать не что иное, как то, что оно бесконечно и в пределах своего бесконечного протяжения отграничивает вещи друг от друга. Этим определением они, очевидно, приписывали первосуществу природу, которая исходила не просто из того, что оно одно, а из того, что, обладая им, могло быть причислено к единому и само по себе, без нашего причисления, было единым. Их понятие первозданного бытия отличается от анаксимандровской тем, что они добавили к бесконечности создание ограниченности и, следовательно, множественности вещей, что они далее увидели в объединении этих двух обусловленности то, в чем состоит единство, составляющее предпосылку всякой множественности, и что, наконец, они утверждали, что в этом единстве, которое обусловлено им даже без нашего счета, природа первозданного бытия полностью поглощена.
В связи с утверждением о том, что бесконечность и конечность объединены в Единстве узами гармонии, следует также отметить, что, вероятно, только позднее основной задачей науки, как уже говорилось, стало нахождение сходства между вещами и числами, Противопоставление бесконечности и конечности было приравнено к противопоставлению четности и нечетности, лежащему в основе чисел, на том основании, что при получении четных чисел можно продолжать деление на два, а при получении нечетных чисел то же самое найдет предел. К двум парам противоположностей ограниченного и бесконечного, четного и нечетного, некоторые добавили, несомненно, ввиду исключительной важности, которую школа придавала числу десять, еще восемь пар в качестве основных форм бытия, а именно: один и много, правый и левый, мужской и женский, покоящийся и движущийся, прямой и кривой, свет и тьма, добро и зло, квадрат и неравносторонний прямоугольник.
Приписывая первосуществу бесконечную протяженность и позволяя ему порождать ограниченные вещи внутри себя и из себя, пифагорейцы, несомненно, представляли его не как простое или пустое пространство, а, как и их предшественники, как материю, заполняющую пространство. Совершенно невероятно, чтобы они считали чувственно воспринимаемые вещи, в реальном существовании которых они, согласно всем традициям, не сомневались, просто геометрическими телами, которые, очевидно, являются лишь продуктами абстрактного мышления, или их композициями, хотя Филолай относит различия субстанций только к геометрической форме их конечных составляющих. Таким образом, можно сказать, что пифагорейцев от более древних космологов отличает только их взгляд на качество, которым или которым материя должна заполнять пространство, а именно: она состоит не в том, чтобы быть водой, воздухом или любым другим качеством, мыслимым посредством чувственного восприятия, а в том, чтобы быть единым.