Младшему сыну Жофре было всего 11 лет, когда Родриго был избран на папский престол. Он всегда оставался в тени своих братьев из-за подозрения Александра VI, что это не его сын. Тем не менее понтифик позаботился и о нем в возрасте 13 лет Жофре Борджа женили на 16-летней Санче Арагонской, внебрачной дочери короля Альфонсо II Неаполитанского, сына Ферранте Арагонского. После женитьбы Жофре получил титулы принца Сквиллаче, графа Альвито и Кариати. А на любимую дочь Лукрецию папа делал большую ставку из-за её ума и красоты. Ей досталась особая судьба, больше несчастная, чем счастливая. У Лукреции было 3 мужа, 10 детей, из которых выжили 6, и короткая жизнь всего 39 лет.
В Европе Александр VI старался принимать меры против ведьм и колдунов, как и его предшественники. Во Флоренции у него был серьёзный враг настоятель монастыря Святого Марка Джироламо Савонарола. После смерти Лоренцо Великолепного Савонарола способствовал тому, что сыновья Лоренцо: Пьеро, Джованни и Джулиано и их кузен Джулио были изгнаны из республики. После этого монах практически захватил власть во Флоренции и приказал сжигать произведения искусства и предметы роскоши на костре тщеславия. Потом он направил все свои усилия на проповеди против Александра VI, обвиняя его в разврате, симонии и коррупции. Папа попытался подкупить строптивого проповедника и предложил ему сан кардинала, но тот гордо отказался и усилил свои нападки на первосвященника.
Тогда раздраженный Александр VI запретил монаху проповедовать, но Савонарола и не подумал послушаться его приказа. В конце концов Родриго объявил монаха еретиком, приказал его арестовать и под пытками заставить признаться в ереси. Затем Савонарола был публично повешен на площади Синьории во Флоренции с двумя своими соратниками: фра Сильвестро Маруффи и фра Доменико Буонвичини, их тела были сожжены на костре, а пепел выброшен в воды реки Арно. Это произошло 23 мая 1498 года.
Папа Александр VI вел себя больше как князь, а не как понтифик. Он жаждал власти, навел жесткий порядок в папской курии и в финансовых делах государственной казны. Затем Святой отец учредил трибунал, который разбирал дела убийц и никому не позволял избежать правосудия. Дело в том, что за времена понтификата Иннокентия VIII в Риме процветал бандитизм, каждый день разбойники убивали около 200 человек. Было много организованных банд, которые грабили и убивали местных жителей. Бандитов боялись даже стражники и Александр VI быстро взялся за дело очистки Вечного города от преступности. Он был очень суров с убийцами, сам вершил правосудие и приговорил к смерти многих главарей банд путем повешения. А их притоны были найдены и разгромлены.
Кроме того, Александр VI учредил новые должности тюремных инспекторов и комиссаров, которые должны были строго следить за порядком на улицах и предотвращать любые преступления. Наконец-то римляне смогли вздохнуть свободно и спокойно выходить из своих жилищ, не боясь быть неожиданно ограбленными или убитыми. После этого Родриго Борджа очистил папский двор от тех чиновников, которые, как в шутку говорили, «разжирели на харчах папы Иннокентия VIII». Сам понтифик принимал скромную пищу, без всяких излишеств, и этим подавал пример кардиналам.
Ещё Александр VI завел традицию: каждый вторник он вел личный приём в папских покоях Ватикана, где принимал и выслушивал просьбы и претензии всех людей без исключения, даже низкого сословия. Папа всегда старался помочь каждому человеку решить его проблемы. Затем Родриго Борджа распорядился отремонтировать все военные укрепления Ватикана, замка Святого Ангела и коридора Пассетто ди Борго, который соединял эти два здания. Пассетто был построен ещё в 1277 году по заказу папы Николая III, его длина составляет около 800 метров. Впоследствии благодаря нему сам Александр VI укрылся в замке Святого Ангела от войска французского короля Карла VIII, а папа Климент VII от нападения армии императора Священной Римской империи Карла V.
Так что Родриго Борджа кроме того, что в нем было плохого, сделал и много хорошего для Рима и своего государства. Никколо Макиавелли приводит пример папы Александра VI в книге: «Государь» как образец различия между идеальным и действительным. В марте 1499 года Александр VI торжественно объявил 1500 год юбилейным. Чтобы подготовиться к юбилею папа заказал расширить улицы города, ведущие к собору Святого Петра, и построить новую, которую назвали: улица Александрина в его честь. Она вела от замка Святого Ангела до храма Святого Петра и по ней паломники могли легко проходить к святым мощам апостола Петра. Позже её переименовали в Борго Нуово (Новый район), а в 1930 году это улица была полностью ликвидирована и на её месте построен отводной канал по приказу Бенито Муссолини.
Юбилей был торжественно открыт церемонией, которая использовалась ещё с XIV века 22 декабря глашатаи на улицах объявляли папскую буллу о наступлении юбилейного года. Новой традицией, которую ввел папа Мартин V в начале XV века, было открытие в канун Рождества 4-х священных дверей в базиликах Святого Петра, Святого Павла за стенами, Святого Иоанна в Латерано и Санта Мария Маджоре. Последняя церковь расположена недалеко от Колизея и, по легенде, была построена на том месте, где в августе выпал снег. Обычно эти двери всегда замурованы для того, чтобы открывать их по случаю юбилея.
Базилика Санта Мария Маджоре, Рим
Для этого Святые отцы использовали специальный серебряный молоточек, символизирующий папскую власть по Евангелию Святого Иоанна, где написано: «Он откроет, и никто не закроет. Он закроет, и никто не откроет». Этот молоток хранился в капелле Святой Вероники в базилике Святого Петра. Над первой священной дверью на архитраве была надпись: «Это дом Божий и это дверь на небеса». И вновь толпа паломников, больных и калек потекла в Рим и заполонила все улицы Вечного города. Опять все гостиницы, притоны и монастыри были забиты до отказа так, что люди ночевали на улице. В этот год было организовано много не только церковных, но и светских мероприятий.
Стоит отметить также заслуги папы Александра VI в развитии искусства в Риме. В эпоху его понтификата французский кардинал Жан Бильер де Лаграулас, посол короля Карла VIII в Риме, заказал молодому скульптору из Флоренции знаменитую статую «Оплакивание», которая до сих пор находится в храме Святого Петра. Юного гения звали Микеланджело Буонарроти и волей судьбы он в то время проживал в Риме у своего друга банкира Якопо Галли, где как раз работал над статуей: «Вакх с сатиром» для кардинала Рафаэля Риарио.
Кроме того, папа выпустил буллу, в которой обещал различные привилегии тем, кто будет строить свои дома так, чтобы они украшали город. Рим продолжал преображаться: вместо маленьких, несуразных и беспорядочных строений с мансардами, которые сужали и так уже узкие улицы, начали появляться удобные, квадратные и большие, но простые в постройке палаццо в стиле Возрождения. Мансарды постепенно исчезали, а улицы становились более прямые и широкие.
В Ватикане Александр VI заказал построить новую башню, которую называют: башня Борджа. А художнику родом из Умбрии Бернардино ди Бетто Бетти по прозвищу: Пинтуриккио он поручил расписать фресками апартаменты Борджа в Ватикане. Пинтуриккио означает: маленький пинтор, то есть художник. Ему дали это прозвище из-за небольшого роста и телосложения, а потом он сам так подписывал свои работы. Пинтуриккио с помощниками украсили 6 монументальных комнат в период с 1492 по 1494 годы великолепными сценами в стиле эпохи Возрождения. Это был самый первый амбициозный проект за всю историю живописи Рима, следующими были фрески Микеланджело в Сикстинской капелле и росписи Рафаэля в апартаментах Ватикана.