В верховьях Амура тогда жили дауры. В первой половине XVII века на них часто нападали маньчжуры, уводя в плен целые племена. Поэтому дауры при первых признаках опасности оставляли свои городки и спасались бегством. Хабаров с товарищами встретили по пути три подобных брошенных городка, прежде чем увидели живых дауров.
Этими городками управляли местные владетели (в документах XVII века их именовали князьками) братья Лавкай, Шилгиней, Гильдига и их зять Албаза. Хабарову удалось переговорить с ними и предложить принять российское подданство, но осторожные дауры предпочли уйти, не связывая себя никакими обязательствами.
Когда выяснилось, что братья-князьки могут собрать отряд в тысячу всадников, Ерофей Павлович решил не испытывать удачу. Он вернулся к первому даурскому городку и оставил в нём полсотни человек во главе с Дружиной Поповым, а сам с оставшимися отправился в обратный путь.
Отряд Попова не отсиживался за деревянными стенами, а вёл активную деятельность. Русские охотники ходили по приамурским городкам и призывали местных владетелей переходить под власть московского государя. В качестве подтверждения лояльности требовали платить ясак. 8 июня 1650 года прислал ясак Шилгиней. У него не было особого выбора, поскольку ранее люди Попова захватили его жену и младшего сына в заложники. Лавкай прислал дюжину соболей и шубу, сшитую из 28 собольих шкурок. Поступил небольшой ясак и от Албазы.
Когда у людей Попова закончился провиант, они отправились к городку Албазы и потребовали уплаты полноценного ясака, сообразно количеству людей этого владетеля. Но Албаза видел, что русских всего 52 человека, и что-либо платить им отказался. Вскоре Попову стало известно, что этот князёк собирается напасть на них и всех перебить. Надо было что-то предпринимать. На расстоянии полёта стрелы от даурского поселения русские поставили крепкий сруб с бойницами. Используя его как форт, они попытались внезапной атакой захватить городок Албазы. Но дауры были начеку и атаку эту отбили. Когда же на помощь Албазе подоспели его родственники, людям Попова пришлось засесть в своём срубе, защищаясь от разъярённых местных.
Хабаров вернулся в Якутский острог 26 мая 1650 года. Воеводе Францбекову он расписал приамурские земли в самых радужных красках. Дескать, и пашни там отличные, и леса отменные, и зверья в них видимо-невидимо, а соболя самые лучшие из всех. Получив от Ерофея Павловича подробную информацию о походе, воевода дополнил её выдуманными подробностями и живописными деталями, которые должны были подчеркнуть все опасности и трудности этого предприятия, и направил доклад в Сибирский приказ.
Увидев реальную возможность присоединить малыми силами новые земли, Францбеков выделил Хабарову три пушки, порох и свинец из казны, а также два десятка служилых людей во главе с десятником Третьяком Ермолиным сыном Чечигиным. Также дюжину человек из отряда Хабарова зачислили в городовые казаки. Служилым людям полагалось жалованье за счёт казны, но их наличие в экспедиции позволяло воеводе именовать ватагу Ерофея Павловича "войском" или "полком", а его самого "приказным человеком".
Помимо служилых Францбеков разрешил Хабарову набрать охотников, сколько нужно. Для их вооружения, обмундирования и пропитания Ерофей Павлович получил в казне разных припасов на 4857 рублей. Всё это потом нужно было погасить живыми деньгами или соболями. Но даже такого снаряжения оказалось мало. Чтобы закупить недостающее и иметь возможность расплатиться с охотниками, Хабарову пришлось взять у воеводы в долг 2900 рублей. Под обещание вернуть полуторную сумму! Чтобы не прогореть, руководитель экспедиции своим охотникам не выдавал снаряжение, а продавал под кабальные записи.
В Якутской приказной избе Ерофею Павловичу чётко поставили задачи: поставить на Амуре острог, укрепить его и установить пушки на башнях; с князьков Лавкая, Шилгинея, Гильдига и Албаза собирать ясак; всех иноземцев, живущих поблизости, призывать в российское подданство мирными средствами. Ещё ему рекомендовали отправить посланцев к "князю Богдою", которому дауры платили дань, и привести его в российское подданство.
Во второй поход Хабаров отправился 9 июля 1650 года. Чтобы добраться до отряда Попова как можно скорее, Ерофей Павлович разделил свои силы. Часть людей во главе со служилыми людьми Степаном Поляковым и Минулаем Юрьевым везла по реке Олёкме на дощаниках пушки, пищали, порох, свинец и прочие припасы, а остальные во главе с Хабаровым двигались так быстро, как только было возможно. К городку князька Албазы русские успели вовремя отряд Попова ещё сражался. Что было дальше хорошо рассказал служилый человек Иван Седельников:
"И пришел к Албазину Ярко Хабаров. И увидел Албаза государевых людей и из Албазина побежал, городок покинув. И они с Яркой в Албазин вошли".
Городок князька Албазы так и назвали, Албазин. В нём Хабаров со своими людьми зазимовал. В 1650 году он ещё совершил два похода на нартах по берегам Амура, а в начале 1651 года отряд под командованием служилого человека Третьяка Чечигина прошёл на запад до реки Шилка. Эти вылазки сопровождались призывами к местному населению принять российское подданство и заплатить ясак. Попутно удалось выяснить, что никакого "князя Богдоя" не существует, а есть "земля Богдойская". Так дауры называли владения богдыхана, маньчжурского императора.
Ерофей Павлович не забывал, что должен казне и воеводе Францбекову огромные суммы. Поэтому главным занятием его людей в зимний период была добыча пушнины. Попутно охотники, желавшие поскорее избавиться от кабалы, не пренебрегали возможностью пограбить местных жителей, что изрядно подпортило русским репутацию. Когда же соболя начали линять по весне, Хабаров отправил в Якутский острог собранный ясак, а также все сведения, которые удалось разузнать ему и его людям. Дружину Попова, героически отбивавшегося от дауров длительное время, тоже командировали в Якутский острог, к воеводе. А Францбеков, выслушав его рассказ, направил Попова вместе с соболиной казной в Москву, в Сибирский приказ. Там героя встретил дьяк Григорий Протопопов и записал сведения об экспедициях Хабарова и о приамурских землях. Дружину Попова после этого зачислили в городовые казаки.
Францбеков был доволен: его труды по умножению пределов Российского государства получили вящее подтверждение. А чтобы начальство прониклось всеми сложностями похода, он снова приукрасил его обстоятельства, описав битвы и сражения с даурами, которых на самом деле не происходило. Про Хабарова он не забывал и собрал ему подкрепление: три десятка служилых людей и более сотни охотников были отправлены с Терентием Чечигиным во главе.
Тем временем Ерофей Павлович починил дощаники, собрал провиант и 2 июня 1651 года отправился вниз по течению Амура. Албазинский острог на всякий случай сожгли. На следующий день русским встретился городок даурского владетеля Досаула. Но тот, по обыкновению дауров, ушёл вместе со своими людьми, едва узнал, что к нему скоро пожалуют чужеземцы, а городок свой сжёг.
Через несколько дней показалось новое поселение дауров, более крупное. Им владели Гойгудар, Олгемза и Лотодий. Эти князьки попытались помешать русским высадиться на берег, а когда их обстреляли из огнестрельного оружия, заперлись в своём хорошо укреплённом городке. Переговоры окончились ничем: Гойгудар и его братья наотрез отказывались покоряться и платить ясак.