Семинарист Влад Малески происходил из бедной семьи. Форма на нем сидела плохо, так как не было денег, чтобы пойти к портному, и семинаристы над ним смеялись. В порыве гнева он бросил камень в своих обидчиков и попал в окно отца Иоанна. «Я в первый раз увидел его, вспоминал впоследствии Влад, низенького, правая нога короче левой, с каштановой свободно растущей бородой, с выбивающимися из-под камилавки волосами, спадающими на плечи, когда он промолвил: Ну?
Между мною, полным смущения, и им, исполненным милосердия, внезапно возник отец Пантелеймон. Без обеда и ужина! промычал он своим мощным баритоном. Записал мое имя и пронесся дальше. Когда отец Пантелеймон исчез, отец Иоанн мягко сказал: Ничего, ничего. Я заплачу. Господь прощает грехи, которые не повторяются. Я возненавидел отца Пантелеймона.
Быть наказанным лишением обеда и ужина не означало только запрещения обедать и ужинать. Надо было и присутствовать во время приема пищи, когда в огромной столовой насыщаются и учащиеся младших классов, и богословы из старших. По приказанию воспитателя отца Пантелеймона я стоял на коленях. Был голодным и уставшим.
Ночью все вокруг меня спали. Я же глаз не мог сомкнуть. Лежал и смотрел в потолок. Заскрипела дверь. Я поднял голову и увидел тень человека. Тень хромала между рядами кроватей, останавливаясь, чтобы укрыть разметавшихся во сне, и снова хромала прямо ко мне, пока, наконец, не нагнулась над моей кроватью. Отец Иоанн сказал: Не спишь. Он не спрашивал, только промолвил то, в чем был уверен. Я оперся на локоть: Не сплю, отче Иоанне. Сунул мне в руку кусок хлеба и завернутые в бумагу маслины (был постный день). Я хотел что-то сказать (спасибо, может быть), но он меня остановил. Господь прощает грех, который не повторяется, сказал он и захромал к дверям».
Как преподаватель и воспитатель отец Иоанн не говорил семинаристам ничего особенного о вере, но своим личным примером приводил к ней, обучая молитве. Он говорил, что она самое верное средство почувствовать безграничную любовь Божию ко всем людям. В моменты беспокойства и уныния он советовал читать 118-й псалом. «Тяжелые моменты всегда были и будут, говорил он, но мы должны быть оптимистами. Единственный оправданный оптимизм в земной жизни религиозный. Он основывается на надежде на Бога».
Ученики отца Иоанна вспоминали, что у него была такая молитвенная жизнь, которой у других не было. Через молитву он приобретал все другие дарования. Однажды перед началом Великого пасхального поста отец Иоанн пришел в класс с толстой книгой под мышкой Постной Триодью. Поднялся на трибуну весь озаренный и сияющий и вдруг «бум» книгой по столу. «Бум» и еще раз «бум»! И сказал: «Кто-то стучится». Ученики спросили: «Кто стучится, отец Иоанн?» «Пост, пост, пост идет! А пост баня для души».