Династия Фатимидов (969 1067). В начале X в. в Северной Африке возник халифат Фатимидов, основанный Саидом ибн Хусейном из Сирии. Фатимиды возводили своё происхождение к дочери пророка Мухаммеда Фатиме и следовали исмаилитскому учению. В 909 г. Саид ибн Хусейн сверг правителей Ифрикии (на территории современного Туниса) эмиров династии Аглабидов, принял имя Убейдаллах Махди и возглавил халифат Фатимидов. В течение нескольких лет Фатимиды установили контроль над большей частью Северной Африки, в 914 г. ими была захвачена Александрия, откуда начались набеги в район дельты Нила.
Фатимиды захватили большую часть островов в западном Средиземноморье и грабили города на побережье Италии, Франции и Испании. В 969 г. по приказу фатимидского халифа аль-Муизза был оккупирован Египет. В 973 г. халиф перенес столицу в недавно отстроенный Каир. Годом раньше была сооружена мечеть аль-Азхар. Это был период наивысшего расцвета халифата Фатимидов, простиравшегося от современного Марокко на западе до Сирии на востоке и от Йемена на юге до Турции на севере (до хребта Тавр). Несмотря на то, что после эпохи правления аль-Хакима (9961021 гг.) начался упадок династии Фатимидов, экономическое процветание Египта продолжалось благодаря тому, что через Каир проходило множество торговых путей, связывавших Средиземноморье и Восточную Азию. В 1060-е гг. Фатимидский халифат ослабел и распался под ударами крестоносцев. Последние захватили Иерусалим (1071 г.) и Дамаск (1076 г.). После завоевания Иерусалима (1099 г.) крестоносцы совершили несколько нападений на Египет, разграбили города Тиннис (к юго-западу от нынешнего Порт-Саида), Александрию и осадили Каир (1168 г.).
От угрозы завоевания крестоносцами Египет был спасён войсками Зенгидов под командованием курдского военачальника Салах ад-Дина (Саладина). В 1171 г. он провозгласил себя правителем Египта и основал династию Айюбидов. Все дальнейшие попытки крестоносцев овладеть Египтом окончились неудачей. При Саладине в качестве государственной религии Египта был восстановлен ислам суннитского толка.
Династия Айюбидов (11711250). Египет формально подчинялся эмиру Сирии Нур-ад-дину, но после его смерти в 1174 году Саладин, наоборот, присоединил Сирию с её владениями к Египту. Во время третьего крестового похода христиан в 1192 г. между крестоносцами и Саладином было достигнуто мирное соглашение, в соответствии с которым над побережьем устанавливался контроль крестоносцев, а над внутренними районами Саладина. Его преемники правили Египтом до 1250 г. Последний представитель династии Айюбидов Муаззам Туран-шах был свергнут командирами гвардии мамлюков белых рабов, находившихся на привилегированном положении, которые установили в стране режим, известный под названием мамлюкского султаната.
Династия Мамлюков (12501517). Египет управлялся потомками гвардейцев последних султанов династии Аюбидов мамлюками. За этот период сменилось 47 султанов. Некоторые из них были неграмотны, с трудом изъяснялись по-арабски и смутно представляли, что такое ислам, однако большинство обладало недюжинными военными и организаторскими способностями. Одним из наиболее ярких представителей мамлюкских правителей был султан Захир Рукн-ад-дин Бейбарс (12601277 гг.). В 1260 г. в битве при Айн-Джалуте (район Наблуса в Палестине) войска под его руководством разгромили монгольскую армию, предотвратив ее вторжение в Египет. К 1510 г. мамлюкские султаны начали терять контроль над своей державой, и в 1517 г. Египет попал под власть турецкого султана Селима I Явуза, который включил в состав Османской империи Сирию, Аравийский п-ов и большую часть Северной Африки.
Османское господство (15171882). Формально Египет считался одной из провинций Османской империи, которая управлялась губернатором пашой, имевшим резиденцию в Каире. Пока из Египта в Стамбул поступали значительные налоговые платежи, султаны Османской империи предпочитали не вносить каких-либо радикальных изменений в систему управления провинцией, сохранившуюся со времен господства мамлюков. Подобная политика дала возможность мамлюкским высшим чиновникам беям установить к концу XVII в. эффективный контроль над страной. К середине XVIII в. с ослаблением власти Османской империи над Египтом мамлюкские беи почувствовали себя независимыми. В своем противостоянии центральному османскому правительству они порой искали поддержку у европейских коммерсантов и их правительств, которые были заинтересованы в Египте как источнике дешевой пшеницы. В 1798 г. французские войска во главе с Наполеоном I захватили Египет, но были изгнаны в 1801 г. английскими и турецкими войсками.
Правление Мухаммада Али (18051849). Одним из командиров подразделения османских войск, введенных в Египет, был Мухаммад Али (17691849). В 1805 г. правительство Османской империи назначило Мухаммада Али пашой Египта, который в 1811 г. стал абсолютным правителем страны. Правда, он по-прежнему признавал себя вассалом Османов и ежегодно отправлял в Стамбул собранные налоги. Эпоха правления Мухаммада Али один из важнейших периодов в истории Египта. Яркая политическая фигура XIX в., он почитается египтянами как основатель современного Египта.
Завоевательная политика Мухаммада Али наложила отпечаток на развитие всего мусульманского мира. В период с 1811 по 1819 гг. его армия предприняла ряд успешных походов против движения ваххабитов в Аравии. В 1821 г. им была завоевана территория Восточного Судана, в 1824 г. египетские вооруженные части принимали участие в подавлении антиосманского восстания в Греции, а в 1832 г. прославленный сын правителя Египта Ибрахим-паша (17891848) разбил в Сирии войска Османской империи, вторгся в Малую Азию и вынудил османского султана отдать Сирию. К 1833 г. под властью Мухаммада Али находилась огромная территория, простиравшаяся от современного Судана до Тавра (в Турции).
Правление Аббаса I (18491854). После смерти в 1849 г. Мухаммада Али губернатором Египта стал его внук Аббас I, который занимал этот пост до 1854 г. При нем было построена железная дорога между Каиром и Александрией.
Правление Саида-паши (18541863). После убийства Аббаса I в 1854 г. последующие девять лет во главе Египта находился Саид-паша (Мухаммад Саид), любимый четвертый сын Мухаммада Али. Новый вице-король Египта окружил себя французами и спустя четыре месяца после прихода к власти выдал своему старому другу Фердинанду де Лессепсу концессию на строительство Суэцкого канала. Этот проект не устраивал Великобританию, которая опасалась, что тем самым будут нарушены британские торговые интересы на Востоке. Тем не менее, в 1859 г. была основана «Компания Суэцкого канала» (La Compagnie Universelle du Canal Maritime de Suez), просуществовавшая до национализации канала в 1956 г. Строительство канала началось в апреле 1859 г., но когда в 1863 г. Саид-шах умер, работы были еще далеки от завершения.
Правление Исмаила-паши (18631879). Когда внук Мухаммада Али Исмаил-паша стал вице-королем Египта, ему было 33 года. Продолжая политику своего деда, он направлял молодых египтян на учебу в высшие учебные заведения Европы, что способствовало созданию в стране европейски образованного среднего класса. В 1866 году он созвал первое представительное учреждение зародыш парламента Совещательное собрание депутатов (Меджлис шура ан-нувваб). Исмаил принял на себя обязательства Саида по строительству Суэцкого канала и вложил немалые средства в это предприятие. На церемонию открытия в 1869 г. Суэцкого канала собрались многие коронованные особы из-за рубежа. После вручения щедрых даров султану Османской империи Исмаилу был пожалован наследственный титул хедива (принца), а на территории Египта был введен закон о праве первородства при наследовании поста вице-короля.