Синтез АТФ происходит в специальных органеллах клетки – митохондриях, число которых в клетке зависит от ее энергопотребления и в среднем равно 500. На многочисленных складках мембраны митохондрии располагается множество АТФ-синтаз, представляющих собой крайне миниатюрный (примерно 10 нм) станок с электромоторчиком. Как показано на рисунке, неподвижная часть электромоторчика – статор – погружена в липидный слой, который служит изолятором. Между межмембранным пространством и внутренней стороной мембраны митохондрий поддерживается разность потенциалов, которая, собственно, и дает энергию для работы микростанка.
Разность потенциалов обеспечивает постоянный ток ионов водорода H
+
Удивительно, что человек в XIX веке изобрел точно такой же электродвигатель, который в микроварианте работал во всех живых клетках миллиарды лет. Видимо, продуктивных идей во Вселенной не так уж много!
Остается понять, как создается разность потенциалов, или, что то же самое, электродвижущая сила (ЭДС – припоминаете?), обеспечивающая ток протонов. Для этого, конечно, необходима энергия. В наших электростанциях турбины движутся за счет сжигания угля, газа или ядерного топлива. В митохондриях сжигается пища. Причем в митохондриях «сгорают» (окисляются) углеводы, белки и жиры в одной и той же замечательной топке, названной циклом Кребса.
Поскольку температура тела значительно ниже температуры горения угля, нефти и других углеводородов, природе (или Богу, как кому нравится) пришлось придумать весьма изощренный процесс окисления пищи при температуре тела. Предварительно глюкоза, аминокислоты (белки) и жирные кислоты (жиры) в ходе различных процессов превращаются в универсальное топливо ацетил-коэнзим А, или ацетил-КоА. Собственно, топливом является ацетил, а коэнзим А только способствует реакциям окисления. Дальше ацетил-КоА соединяется с щавелевоуксусной кислотой, и образуется лимонная кислота[49]. Затем проходит серия из девяти последовательных превращений трикарбоновых кислот. В конце этой серии вновь получается щавелевоуксусная кислота. Образуется цикл. Это и есть цикл Кребса!
При этом выделяется энергия, которая выталкивает образующиеся в цикле протоны в межмембранное пространство. Образующиеся в цикле электроны остаются с внутренней стороны мембраны. Таким образом, создается разность потенциалов, или электродвижущая сила, создающая ток протонов из межмембранного пространство внутрь митохондрии. Именно этот поток протонов движет турбину электромоторчика и микростанок по производству АТФ.
Итак, примерно в 60 трлн клеток человека в среднем по 500 митохондрий в, очень приблизительно, миллионах АТФ-синтаз постоянно производят АТФ, которая участвует практически во всех химических процессах. Напомним, что АТФ отдает запасенную в этой молекуле энергию и распадается на АДФ и фосфор. Отсюда следует, что молекулы фосфора также повсеместно присутствуют в клетках и они активно используются, в частности для передачи сигналов. Как и любая значимая реакция в клетке, реакция присоединения фосфора (или фосфорной группы) нуждается в специальном ферменте. Такие ферменты называются киназы, а процесс присоединения фосфора – фосфорилирование. Поскольку типов молекул, главным образом белков, к которым может присоединяться фосфор, множество, видов киназ также очень много. Геном человека содержит более 1000 генов, кодирующих киназы, а фосфолирированию подвержена примерно треть всех белков клетки человека.
Клетка, как и человек, существо общественное, и ей необходимо получать сигналы от других клеток, в том числе руководящие указания от мозга и клеток эндокринной системы. Сигнальные молекулы, например гормоны, подплывают к клетке по межклеточной жидкости. Как мы уже знаем, на внешней оболочке клетки расположены белковые молекулы – рецепторы. Их огромное количество. Они очень специфичны, то есть каждый тип рецептора может соединиться только со «своими» сигнальными молекулами, которые определяются рецептором по принципу «ключ-замок». Присоединение сигнальной молекулы меняет конфигурацию, то есть пространственную организацию и форму молекулы-рецептора.
Внешний сигнал в конечном счете может приводить к двум основным реакциям:
1) активация (экспрессия) или дезактивация (блокирование, репрессия) генов в содержащейся в ядре клетки ДНК; это приводит к увеличению или уменьшению количества производимых этими генами белков;
2) активация или дезактивация (блокирование) ферментов. Как мы помним, ферменты можно представить себе как станки, производящие различные операции при производстве сложных белков. Внешний сигнал может менять производительность этих станков и, следовательно, всей поточной линии станков, в которую включен данный фермент.
В результате этих двух реакций функционирование клетки может значительно измениться. В частности, может начаться деление или самоуничтожение клетки.
От рецептора к молекулам, активирующим или дезактивирующим гены (транскрипционные факторы[50]), и белкам-ферментам идет внутриклеточный сигнал. Он может передаваться специальными небольшими сигнальными молекулами и запускать сигнальный каскад химических реакций. Например, изменение рецептора вызывает фосфорилирование первой киназы, она инициирует фосфорилирование второй киназы и т. д. Этот каскад передач фосфорной группы по группе киназ, кстати чрезвычайно распространенный, подобен передаче важного письма по эстафете или прохождению документа по бюрократической цепочке. Эти каскады называют сигнальными путями. В клетке их великое множество. Они образуют сигнальные сети, из которых учеными изучена лишь небольшая часть.
В настоящее время к использованию открыто довольно много коммерческих и общедоступных коллекций молекулярных карт сигнальных путей (например, на сайте http://navicell.curie.fr). Воздействие любого лекарства, в том числе геропротекторов, проходит по определенным сигнальным путям. Поэтому для нас они будут представлять особый интерес.
1.2.5. Как рождается и умирает клетка
Как и для человека, рождение и смерть – два важнейших события в жизни клетки. При рождении функции клетки в клеточном сообществе и ее дальнейшая судьба определены гораздо жестче, чем для человека. После рождения подавляющее большинство клеток выполняет четко определенные функции в клеточном сообществе. Каждый вид клетки (нервные клетки, клетки печени, соединительной ткани и т. д.) имеет различные и даже очень различные интервалы жизни. Мы уже приводили их значения.
Кроме выполнения своего клеточного долга в организме, клетка, как и всё живое, стремится к размножению. Взрослея и развиваясь, клетка постепенно запасает необходимое для воспроизводства количество белков и других веществ. Через определенное время после рождения клетка получает сигнал на начало деления (пролиферация[51]).
После этого начинается удвоение хромосом (репликация). То есть каждая хромосома внутри ядра производит свою точную копию. Для этого специальные белки расплетают петли, в которые ДНК обычно плотно сложена в ядре, а другие белки-ферменты (хеликазы) разрывают водородные связи между нитями ДНК. Остаются две «обнаженные» нити ДНК, готовые присоединить к себе подходящие нуклеотиды (как вы, надеюсь, помните, T к A и C к G).
Как и всё в клетке, это естественное присоединение требует участия своего фермента, который называется просто ДНК-полимераза[52]. Этот фермент не только обеспечивает присоединение подходящего нуклеотида, но и может проверять, правильно ли собирается вся копия. При ошибках процесс сборки может быть остановлен.