Идея сноса шиханов изначально крайне негативно была воспринята коренным населением. Жительница деревни Ишеево, Ишимбайского района, по имени Сурия, пересказала историю своей бабушки, прожившей 98 лет: "Старики ложились на гору Шах Тау в местах, где закладывали взрывчатку, и их взорвали. Вместе с горой".
Для усиления контроля над местами разработки, у подножия трёх ближних шиханов, были построены концлагеря: женский лагерь у Тора (Тура) Тау, детский лагерь у Куш Тау (Долгой горы), мужской – у Шах Тау (позже он использовался как лагерь для военнопленных).
Мрачные бетонные развалины женского лагеря у подножия Тора (Тура) Тау неплохо сохранились до сего дня. В подобных помещениях содержались рабы Древнего Рима, правда в их камерах, в отличие от стерлитамакских, было сухо и тепло. Женщин заставляли работать в каменоломнях шихана Тора (Тура) Тау.
Детский исправительно-трудовой лагерь у подножья Куш Тау работает до сих пор.
Параллельно с подготовкой разработки первого шихана – Шах Тау – НКВД проработал план коренной перестройки всего города Стерлитамака. При непосредственном участии наркома Ежова планировалось затопление практически всей исторической части города, с устройством речного порта на реке Белой.
Понятно, что в этой обстановке царил правовой произвол. Органы местного самоуправления полностью игнорировались. Интересы местного населения никак не учитывались, кормящие ландшафты коренных жителей обезображивались и уничтожались без всяких согласований и компенсаций.
По итогам гражданской войны, голода, который продолжался до 1935 года и репрессий, коренное население Стерлитамака на 90 % было замещено пришельцами из других регионов, кои не рассматривали Башкирию как свою историческую родину и безразлично относились к шиханам.
К этому времени уже была разработана и навязана населению новая парадигма истории края. Двухтысячелетняя история Башкирии была предана забвению вкупе с историей древнего Стерлитамака. Достояние всего человечества – священные шиханы – превратились в «месторождения», реки Агидель и Ашкадар – в «водные ресурсы», заповедные липовые и дубовые леса – в «лесной фонд», Великая степь – в «земельный фонд», вольные жители Башкирии – в «рабсилу».
Стерлитамак стал пилотным проектом образцового города воплощённой мечты о «светлом будущем», как его понимали тогдашние коммунисты. В их представлении железная воля руководителей «партии и правительства» в кратчайшие сроки должна была преобразовать тихий, зажиточный и сытый в «проклятом прошлом» город у чистой, полноводной реки, на границе с заповедной степью, в индустриальный рабочий город, шестерёнку единого, слаженного, громадного механизма под названием СССР.
Грандиозный план построения великой державы с однородным по менталитету, безоговорочно послушным центру населением и городами, «причёсанными под одну гребёнку» был несовместим с идеей местного самоуправления. Устанавливался новый императив поведения: «Дальше едешь, тише будешь».
Мнения местного населения никто никогда не спрашивал. Столичные «специалисты и хозяйственники» всё и всегда знали лучше, даже если они никогда не бывали в Стерлитамаке. «Планов громадьё», в 1930-е годы, доходило даже до того, что Стерлитамак собирались сделать портовым городом, для чего планировалось затопить половину города. Все без исключения исторические здания Старого города предполагалось снести и заново застроить освободившееся пространство кирпичными, бетонными, однотипными, ничем не примечательными малоэтажными домами и общественными зданиями стандартной архитектуры того времени.
Идеология, быт, нравы, архитектура, культура и сами жители города должны были соответствовать новой реальности. Всё выбивающееся из рамок подлежало уничтожению.
Великая Отечественная война определила необратимость этих планов и невероятно их ускорила. С первых дней войны Стерлитамак стал одним из опорных пунктов, где ковалась будущая победа. Город принял тысячи беженцев и специалистов народного хозяйства с оккупированных территорий, десятки эвакуированных предприятий, которые в рекордно короткие сроки приступили к работе на новом месте. Многие вместительные общественные здания, все учебные заведения были отведены под эвакогоспитали.
Крупные предприятия тяжёлой, химической и оборонной промышленности были эвакуированы в Стерлитамак из западных областей СССР. Население Стерлитамака пополнилось высококвалифицированными кадрами учёных и специалистов, которые внесли значительный вклад в развитие города.
Невероятно быстро, титаническими усилиями жителей города, в основном бойцов «трудармии», в Стерлитамаке были размещены и начали работать эвакуированные предприятия: Одесский станкостроительный завод им. Ленина, Московский кожевенно-обувной комбинат, производственные линии Славянского и Донецкого содовых заводов, Ново-Подольского, Брянского, Волховского цементных заводов, Конгрессовского сахарного завода Харьковской области и многие другие. Они стали основой будущей промышленной индустрии города.
Каждое предприятие получило земельный участок для развития производства и жилищного строительства. Так сложилась оригинальная мозаичная структура советского Стерлитамака в виде рабочих посёлков, возникших при заводах. Центром посёлков был Дом культуры и небольшой сквер при нём.
С началом войны в Стерлитамаке были организованы спецпоселения репрессированных поволжских немцев, которые существовали до 1954 года. Во время войны спецпоселенцы работали в трудармии.
Город Стерлитамак честно выполнил свой долг перед Родиной.
В довоенном Стерлитамаке было 40 тыс. жителей. На фронтах Великой Отечественной погибли 8590 стерлитамаковцев, почти все взрослые мужчины призывного возраста. Об этом нужно помнить.
На рубеже 1950 – 1960-х, в Стерлитамаке началось строительство крупных предприятий Большой химии. К тому времени в городе уже работали два предприятия химической отрасли: содово-цементный комбинат и завод «Авангард". Следующими гигантами промышленности города стали химзавод и завод синтетического каучука. 8 августа 1964 года был подписан акт о приёмке в эксплуатацию первой очереди Стерлитамакского химзавода. Решение о его строительстве было принято в далёком 1955-м, на основании факта наличия Яр-Бишкадакского месторождения каменной соли – основного сырья для производства каустической соды путем электролиза раствора поваренной соли диафрагменным методом с применением ртутного катода, а также месторождения нефти, продукт переработки которой – этилен – используется в получении дихлорэтана и, на его основе, винилхлорида и ПВХ. Стерлитамакский химзавод молодому поколению больше известен, как производственная площадка «Каустик», неотъемлемая часть «Башкирской содовой компании».
С развитием химической промышленности в городе появилась новая категория жителей, так называемые "химики" – расконвоированные осужденные, работавшие на самых опасных вредных производствах, что привело к значительному росту преступности в городе и его окрестностях.
В процессе строительства химзавода к северу от города сформировалась колоссальная промзона Стерлитамака. Началось формирование агломерации городов Стерлитамак-Ишимбай-Салават, которая в настоящее время имеет население около 600 тыс. человек и продолжает быстро расти.