Берия разобрался, кто стоит за смертью Сталина, и 5 апреля 1953 года инициировал опрос среди членов ЦК КПСС. По итогам этого опроса «за допущенные товарищем Игнатьевым серьёзные ошибки в руководстве МГБ СССР», 28 апреля 1953 года он был выведен из состава ЦК КПСС, дальше следовало ожидать исключения из партии, арест, следствие и суд. Игнатьев понял, что Берия докопался до причин смерти Сталина, и запаниковал. Хрущёв принялся срочно «зачищать концы». Стали убирать исполнителей из охраны Сталина и тех следователей, кто вёл «дело врачей». Срочно арестовали Рюмина и тут же расстреляли во «внутренней тюрьме» на Лубянке. Однако Никита Хрущёв прекрасно осознавал, что Берия всё равно выйдет на него, как на руководителя заговора, стоит только арестовать Игнатьева, тот его сдаст. Убить Игнатьева «по-тихому», нельзя, тот подстраховался и написал собственноручное признание в заговоре, где во всём обвинял Хрущёва. Где эти бумаги, неизвестно, и в случае смерти Игнатьева, они всплывут. Обдумав всё, понял Никита Сергеевич, что времени у него, что бы убрать Берию, от силы два месяца. В тандеме Маленков-Берия, именно Лаврентий был ведущей силой. Без него Маленков слаб и не опасен. Кто его враг, Никита Сергеевич Хрущёв знал. Следовало решить, где искать друга, точнее союзника, ибо друзей у таких натур как Хрущёв быть не могло. Дружба предполагает верность при любых обстоятельствах, а Никита Сергеевич всегда мог предать, и люди видели это. Значит, нужен союзник в этой смертельной схватке с Берией. А где найти такого?
В Президиум ЦК КПСС тогда входили: Георгий Маленков (он был Председателем Совета Министров и фактически являлся главой государства), Лаврентий Берия, Вячеслав Молотов и Никита Хрущёв (после смерти Сталина он исполнял обязанности Первого секретаря ЦК КПСС), Никита Булганин (с 15 марта 1953 года он был назначен министром обороны СССР) и Лазарь Каганович. Из четверых, лишь Берия был опасен Хрущёву, и он озаботился поисками союзника. Им оказался «маршал Победы» Георгий Жуков – человек амбициозный, самовлюблённый, которого советская пропаганда возносила до небес во время Великой Отечественной войны, а ныне он вынужден «прозябать» в должности командующего Уральским военным округом. Жуков был популярен в войсках, и именно на армию решил сделать ставку в государственном перевороте Никита Сергеевич.
Хрущёв быстро столковался с Жуковым, пообещав ему должность министра обороны. После чего «маршал Победы» стал подбирать себе сторонников среди верных ему генералов. К июню 1953 года план заговора был составлен. Никита Хрущёв не планировал арестовывать Берию, поскольку живым он был крайне опасен. Его люди в МВД, зная, что он жив, могут поднять внутренние войска, а в подельниках у Никиты Сергеевича только Жуков с кучкой генералов. Потому власть можно захватить путём стремительно проведённой операции, тогда Маленков, Каганович и Молотов не успеют договориться. В случае малейшего промедления, заговор Хрущёва «посыплется» и тогда крах. Значит, Лаврентий Берия жить не должен.
26 июня 1953 года он был убит в своём особняке на Малой Никитской, когда приехал на обед. Власть была захвачена, и всех людей Берии в МВД, по-тихому арестовали и расстреляли. Интересно, что в «подельники Берии» угодил и Всеволод Меркулов, заваривший всю кашу с «делом врачей». Хотя Меркулов и давал нужные показания против Берии, в живых его Хрущёв оставлять не захотел. Расстреляли так же и Виктора Абакумова, за то что, несмотря на пытки, не согласился давать показания против Берии.
Впоследствии Георгий Жуков, генералы Москаленко и Батицкий в своих мемуарах описывали, как они арестовывали Лаврентия Берию, но в воспоминаниях их было много нестыковок, потому-что никакого ареста не было. Это уже потом инсценировали спектакль с судом над мнимым Берией, при этом судебное заседание было скорым и тайным. Хрущёв инкриминировал Берии то, что он планировал захватить власть и уничтожить членов Президиума ЦК КПСС. Никаких доказательств не приводилось, да они и не требовались – переворот удался. Маленков, Молотов и Каганович были растеряны, и, опасаясь за свои жизни, присмирели. Никита Сергеевич понимал, что вскоре эта троица отойдёт от шока, и начнёт борьбу против него, но это уже были аппаратные игры, а в них он был большой мастер.
В июле 1953 года Комитет государственной безопасности был выведен из состава МВД. Теперь КГБ пребывал в статусе ведомства при правительстве СССР. Во главе этого ведомства Хрущёв поставил своего верного человека Ивана Серова. Тот должен был проверить архивы КГБ, и уничтожить все «расстрельные» списки с подписями Хрущёва. Свою задачу Серов выполнил, а сотрудникам КГБ он запомнился как заносчивый и недалёкий человек. Он привёл с собой кучу людей, которые до этого работали в партийных структурах. Специалистами партаппаратчики оказались плохими, они развели в «конторе» дрязги, мешающие работать. В КГБ начались случаи предательства – сотрудники «сливали» информацию ЦРУ и MI-646 за это Серов лишился поста Председателя КГБ, на его место был назначен бывший секретарь ЦК КПСС Александр Шелепин. Он хоть и являлся «партаппаратчиком», но в отличие от Серова был умным, и при нём КГБ заработало в полную силу. Однако Шелепин в то время замыслил заговор против Хрущёва, потому работа в КГБ ему мешала, отнимая время. В 1961 году он добился от Никиты Сергеевича возвращения на должность секретаря ЦК КПСС. Новым Председателем КГБ был назначен тридцатисемилетний Владимир Семичастный – бывший секретарь ЦК ВЛКСМ47.
«Контора» замерла в ожидании, сейчас это комсомолец начнёт куролесить. Но страхи были напрасными, Семичастный оказался неглупым человеком, он понимал, что ничего не смыслит в разведке, потому всегда слушался профессионалов. Владимир Семичастный руководил КГБ с 1961 по 1967 годы, и это были далеко не худшие годы для Комитета. Всем был хорош Семичастный, но был у него один «бзик» – он считал, что в центральном аппарате разведки должен быть хоть один руководитель с родины организатора ВЧК Феликса Эдмундовича Дзержинского. Так в 1967 году заместителем начальника ПГУ КГБ СССР оказался литовец Альфонас Рандакявичус. Он хоть и перевёлся в Москву с поста Председателя КГБ Литовской ССР, но всю жизнь прослужил в политорганах армии. Рандакявичус прикрасно понимал, что для руководителя службы внешней разведки он не пригоден, не знает ни одного иностранного языка, он и по-русски-то говорил с сильным акцентом, совершенно не разбирался в вопросах оперативной работы. Сильно страдал Рандакявичус от сознания своей ненужности.
Никита Сергеевич считал Семичастного своим ставленником и целиком доверял ему. Глуп был Хрущёв, потому и не видел, что страной он управлять не может. Однако это прекрасно понимали все члены Президиума ЦК КПСС, они и составили заговор против Хрущёва. Председатель КГБ Семичастный примкнул к нему. 12 октября 1964 года Хрущёв прилетел в Москву из Пицунды. Он поехал на заседание Президиума ЦК К КПСС, где его ожидал сюрприз – ему было предложено уйти в отставку. Он всех «достал» своей глупостью, так что почти все члены Президиума были единогласны. Только осторожный Анастас Микоян сказал несколько добрых слов в адрес Хрущёва.
Генеральным секретарём ЦК КПСС, а, следовательно, и главой государства стал Леонид Ильич Брежнев, в аппаратной борьбе он смог оттеснить Шелепина. Брежнев не доверял Семичастному, считая его слишком сильной фигурой, и в 1967 году сместил с поста Председателя КГБ, направив в Киев заместителем Председателя Совета министров Украинской ССР. На пост Председателя КГБ СССР был назначен Юрий Владимирович Андропов. Тот имел некоторые представления о разведке – с 1953 по 1957 года работал послом в Венгрии. Знал специфику агентурной работы, в годы войны готовил партизан для заброски в тыл на Карельском перешейке. Ну а если к этому прибавить большой ум и порядочность, то понятно, что с назначением Андропова на пост председателя КГБ СССР Брежнев не прогадал.