На Ставропольском губернском съезде, который состоялся 2 мая 1918 года, новый губернский исполком был утвержден в количестве шестидесяти человек. Второй губернский исполком в отличие от первого был по составу однородным, коммунистическая партия была на нём руководящей. Левые эсеры хотя и входили в него, но уже не играли существенной роли в руководстве управлением. Новый исполком должен был реорганизовать власть в губернии. 20 мая 1918 года был опубликован «Декрет о власти в Ставропольской губернии», который включал следующие положения:
• высшим законодательным органом в губернии является губернский съезд крестьян, рабочих и красноармейских депутатов;
• в период между сессиями съездов высшей властью в губернии является исполнительный губернский комитет;
• в своей работе исполнительный губернский комитет неотступно руководствуется декретами Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета и наказом, данным ему съездом советов губернии;
• для непосредственного управления исполнительный комитет избирает президиум, председателя, трех членов и секретаря, а также выделяет из своего состава комиссариаты (отделы, коллегии), по которым распределяются все члены исполкома.
Таким образом, совет народных комиссаров был упразднен и его место занял президиум исполкома. Первый президиум состоял из следующих лиц: т. Дейнеко (беспартийный), т. Петров (коммунист), т. Морозов (коммунист), т. Мишенин (левый эсер), т. Селивановский (интернационалист). Кроме того, в июне в президиум был принят член Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета т. Вифляев (коммунист).
Газета «Власть Труда» от 20 мая 1918 года переустройство объясняла следующими доводами: «Диктаторские замашки, пышно расцветавшие в Ставропольском совете народных комиссаров, были необходимым следствием старого декрета о власти… Ведь ясно, в провинции, где наблюдается крайнее отсутствие работников, отдельные лица могли использовать свое право „доводить до сведения“ губисполкома для самого неограниченного самодержавия… Ведь это не Питер, и не Москва, где мощные партийные организации зорко следят за своими ответственными работниками».
Президиум распределил всю работу управления по следующим коллегиям: административный отдел, комиссариат продовольствия, комиссариат земледелия, комиссариат народного образования, комиссариат путей сообщения, комиссариат общественного презрения, комиссариат юстиции, комиссариат здравоохранения, комиссариат финансов, комиссариат труда и промышленности, военный комиссариат. Несколько позднее комиссариат труда и промышленности был разбит на 2 самостоятельных комиссариата.
Для реорганизации власти в волостях и селах была использована разосланная центральной властью «Схема организации советской власти на местах». По этой схеме исполнительные волостные комитеты должны были выделить комиссии (по 3 человека) – продовольственную, просветительную, военную и другие по мере надобности. Из работы, проделанной Ставропольским губисполкомом, помимо ведения Гражданской войны, можно выделить следующие: упразднение городской самоохраны, ведение местного суда в Ставрополе и избрание нового революционного губернского трибунала. Несмотря на принятие декретов, законов, установление советской власти на территории Ставропольской губернии происходило крайне бессистемно. Советы организовывались в каждом селе, поселке и хуторе так, как кому вздумается. Никакой планомерности в работе не было. Так, в докладе члена краевого комитета Северного Кавказа РКП т. Баяна-Мальцева отмечалось: «Советская и партийная работа поставлены в крае очень плохо. Мы на Северном Кавказе переживаем еще только октябрь, у нас еще нет того, что, собственно, составляет сущность советской власти: декреты не только не проводятся, но их даже хорошенько не знаем. Советские организации, хотя и покрыли своей сетью Республику, только еще налаживаются. Но сплотить массы вокруг них удалось хорошо, в меньшей степени наблюдается это в Ставропольской губернии, которая вообще отстала во всех отношениях, благодаря зажиточности ее крестьян. Партийная работа в крае поставлена очень плохо».
Из этого заявления очевидно, что резко меняется менталитет российского населения. Советская власть ориентируется в первую очередь на незажиточное население, зажиточные крестьяне считаются тормозом, причиной отставания в деле организации новой власти. При установлении советской власти на Ставрополье в 1918 году, большевики столкнулись с большими трудностями. Вот, например, как эти трудности, анализируя события 1918 года, объяснил в 1920 году председатель Свято-Крестовского упродсовещания т. Куликов: «Существовали преграды, камни преткновения, которые необходимо было преодолеть и обойти при закреплении советской власти как на Северном Кавказе в целом, так и в Ставропольской губернии с уездами в отдельности. Свято-Крестовский уезд, как и вся территория Ставропольской губернии, чуть ли не с самого начала 1918 года являлся ареной гражданской войны, территорией фронтов. В основе такого явления лежит экономическое положение уезда. Прежде всего, необходимо отметить, что того бедняка, на которого часто делаются ставки в центральной России, в Свято-Крестовском уезде, как и в губернии в целом нет. Сравнительная обеспеченность землей и землей плодородной – была исконной причиной занятия населения земледелием. Чтобы представить себе экономическое положение населения, необходимо нарисовать картину жизни крестьян. Собственная «хата», а иногда и хороший дом с надворными постройками, рабочий и домашний скот, птицы, несколько десятин посева, а иногда сад и огород, постоянный достаток, а иногда и большие избытки продуктов сельского хозяйства – вот обычная картина имущественного положения и жизни крестьян.
Советы не представляли собой единой системы власти. Между советами не было политического и организационного единства, они нередко по-разному относились к указаниям и распоряжениям центральных властей. Не было системы в структурах и функциях созданных ими исполнительных аппаратов. В органы власти пришли люди, в массе своей малограмотные, далекие от понимания общегосударственных интересов, не имевшие элементарной политической культуры, часто с анархической психологией.
21 июня 1918 года Ставрополь был занят белогвардейскими войсками, поэтому губисполком вынужден был эвакуироваться в срочном порядке в станицу Невинномысскую. После этих событий количество советских работников сократилось: одни перешли на сторону белогвардейцев, вторые разбежались и больше не вернулись, третьи погибли. В итоге в составе губисполкома осталось 27 человек. Деятельность губисполкома в этот период распространялась на Александровский, Свято-Крестовский, Благодарненский уезды, а также на часть территории Медвеженского и Ставропольского уездов.
В связи с тем что положение на фронте продолжало для большевиков ухудшаться, 19 января 1919 года губисполком покинул территорию губернии. 26 января 1919 года губисполком вновь переехал из хутора Медведева Терской области в Кизляр, а затем в Астрахань, Царицын, Саратов. 30 сентября 1919 года на заседании ликвидационной комиссии Ставропольского губернского исполнительного комитета, на котором присутствовали т. Петров, т. Медведев и т. Чуб, губисполком был ликвидирован.