Одним из первых здесь в 50–60-е годы XVII века строится двухэтажный корпус Судного приказа. Часть корпуса в XVII веке занимало одно из важнейших учреждений митрополичьего двора – Судный приказ, который помимо судебных функций был во многом и центром общего управления епархией.
Около 1670 года вплотную с Судным приказом возводится надвратная церковь Воскресения с фланкирующими её северный фасад двумя крепостными башнями. Этим комплексом был вели-колепно оформлен главный вход в митрополичий двор – Святые ворота. Облик церкви Воскресе-ния поражает и контрастным сочетанием сурового, почти лишённого украшений верха храма с нижней частью, в изобилии украшенной разнообразным кирпичным узорочьем, многоцветными изразцами, а также большим живописным киотом. В завершении памятника использованы неко-торые детали, заимствованные у стоящего напротив Успенского собора. Однако сделано это с ис-ключительной сдержанностью.
По другую сторону от центрального двора возвышается большой корпус митрополичьих хором, возведённый при митрополите Ионе примерно в 50 – начале 70-х годов XVII века. Он с самого начала предназначался для жительства митрополита, а также для хранения его богатейшей казны. Часть помещений занимал Казённый приказ, ведавший всеми финансовыми делами епар-хии. До конца XVII века корпус оставался двухэтажным. Позже надстроили третий этаж, а в конце XVIII века здание получило новый декор в духе классицизма. Ныне лишь орнаментальный пояс, типичный для второй половины XVII века, да узкие окна первого этажа, восстановленные реставраторами 1920-х годов, напоминают о древнем облике сооружения.
В одном ряду с митрополичьими хоромами располагается комплекс Государских хором (70–80-е гг. XVII в.), или, как его ещё называют, «Красная палата». Здание отличается живописной компоновкой объёмов, каждый из которых завершён особой крутой кровлей. Ещё большую жи-вописность Государским хоромам придаёт великолепное крыльцо, увенчанное двумя шатрами. Нынешний облик Красная палата получила после капитальной реставрации, проведённой в 1960-х годах.
Около 1675 года за митрополичьими хоромами строится комплекс церкви Спаса Неруко-творного образа (позже – Спаса на сенях). В нижнем этаже комплекса располагались хлебня и другие хозяйственные службы, а в верхней – собственно церковь Спаса, большая столовая палата, сени между ними, а также разобранные в 1778 году отдаточные палаты, примыкавшие к северно-му фасаду здания. Церковь Спаса являлась домашним храмом митрополита Ионы. Её стройный объём, увенчанный золочёной главой на барабане несколько усложнённой формы, господствует над окружающей застройкой. Восьмискатное покрытие, соответствующее крещатому своду храма, явно навеяно зодчеством XVI века. У ростовского Успенского собора взяты наиболее заметные детали убранства: аркатурно-колончатый пояс, фриз из пятиугольных ниш апсид. Причём все они, включая и богатые наличники, сконцентрированы в нижней части храма. Верх же его столь же строг, как и у надвратной церкви Воскресения.
Столовая, или Белая палата, имеет традиционную для XVI–XVII века одностолпную кон-струкцию. Интерьер хорошо освещают довольно широкие оконные проёмы, украшенные так называемым «висячим каменьем». Здесь митрополит Иона устраивал торжественные трапезы.
На протяжении 70–80-х годов XVII века постепенно, начиная от церкви Воскресения, стро-ятся крепостные стены и башни митрополичьей резиденции. Мастера снабдили их всеми атрибу-тами крепостного сооружения, в частности, бойницами подошвенного, косого и верхнего боя. Однако богатство декоративного убранства башен, которые, подобно обычным палатам, имеют широкие окна с наличниками, свидетельствуют, что крепость с самого начала не имела военного значения. Несомненно, в первую очередь она призвана была наглядно продемонстрировать вели-чие Ростовской епархии – одной из крупнейших в России.
Одновременно со стенами и башнями возводились корпуса, расположенные по периметру Г-образного в плане хозяйственного двора.