В 1566 году Филипп был призван Иваном IV на место митрополита Москов-ского, а в 1569 году по его же приказу был задушен Малютой Скуратовым в Твери, куда был со-слан за протест против произвола опричников. Имя Филиппа в Соловецком монастыре свято и увековечено неоднократно.
Во второй половине XVI века над Соловками нависла военная опасность. Удивлённые и раздражённые активностью соловецкого торгового судоходства шведы в самый разгар Ливонской войны посылают к русским берегам военные корабли. Обеспокоенные соловецкие островитяне начинают возводить деревянную крепость, заменённую в 1582–1596 годах каменной. В крепости появляется войско с воеводой, призванное защищать берега Белого моря и монастырь от нападе-ния шведов.
К середине XVII века монастырь достигает расцвета, растёт его политическое и нравствен-ное влияние не только на Севере, но и во всём государстве. Но именно в это время, единственный раз в своей истории, монастырь подвергся страшному разгрому с многочисленными кровавыми жертвами. Так наказали его в конце знаменитого восьмилетнего «Соловецкого сидения» (1668–1676) царские войска за сопротивление церковной реформе патриарха Никона (кстати, жившего когда-то на Анзерском острове). При этом взять крепость штурмом так и не удалось – помог предатель.
Событием, покрывшим монастырь неувядающей военной славой, была неожиданная, весьма интенсивная и продолжительная, но совершенно безрезультатная бомбардировка монастыря двумя английскими шестидесятипушечными фрегатами в 1854 году, во время Крымской войны. Военные корабли, выпустившие из своих пушек за 9 часов канонады около 2000 ядер и бомб, ушли, слегка повредив отдельные здания и никого не убив. Это событие резко повысило авторитет монастыря среди верующих. Значительно увеличивается количество паломников и почётных гостей, в числе которых был и посол Франции в России Талейран.
Заботы об обустройстве монастыря продолжались и во времена, близкие к нашим. Харак-терна в этом отношении сооружённая в 1912 году гидроэлектростанция на самотёчном канале из Святого озера в Белом море.
Продолжалось бы дальнейшее обустройство островов, если бы монастырь остался действу-ющим? Кто знает. Но зато точно известно, что из всех привлекательных качеств и особенностей архипелага и монастырских строений большевиков заинтересовали только те, которые позволили без особых лишних затрат устроить здесь тюрьму.
Стены монастыря и раньше использовались для изоляции и наказания преступников и ере-тиков. Но если за 400 предыдущих лет здесь перебывало чуть более трёхсот узников, то всего за 20 неполных лет существования «Соловецкого Лагеря (потом тюрьмы) Особого Назначения» (СЛОНа) их было сотни тысяч, большинство из которых так и остались на Соловках в безымян-ных братских могилах…
К концу 1940-х годов Соловецкий архипелаг утратил это своё предназначение…
В 1965 году в Соловецком кремле начались реставрационные работы. Сегодня уже многие объекты приняли свой прежний облик, утраченный в первую половину XX века; изучается его история, строится посёлок у стен древнего монастыря, взяты под охрану государства все много-численные культовые, хозяйственные, жилые и инженерные сооружения островов, их уникальная природа.
Ризница – богатейшее собрание редкостей и предмет гордости монастыря. Среди самых знаменитых коллекций древнерусского искусства ризница стояла в первых рядах. Там хранились сервизы золотой и серебряной посуды, позолоченные чаши, блюда, кубки, ковши, потиры, кадила, литые золотые и серебряные кресты, драгоценные ковчеги, оклады евангелий и икон, украшенные чеканкой, гравировкой, эмалью, финифтью, жемчугом, чернью, камнями. Сокровища ризницы, описанные в прежних путеводителях, поражают воображение. К числу древнейших (опись 1514 г.) относились: резной крест из моржового клыка, деревянный потир Зосимы, каменный колокол, железное клепало. Цари, патриархи, князья, вельможи в надежде замолить свои проступки и грехи щедро жаловали деньги и вещи.