Царь и великий князь Феодор Иоаннович, отправляя своих воевод в Корелу – Кексгольм (ныне г. Приозерск), послал и святителя, чтобы укрепить правосла-вие, угнетаемое в Карелии иноверцами. Не забыл он и многострадальную Валаамскую обитель. В ответ на донесение боярина Бориса Феодоровича Годунова «про нужу и терпенье Валаамского монастыря игумена Давида с братиею, что учинилось разоренье от свойских людей их монасты-рю», царь Феодор Иоаннович 8 ноября 1597 года повелел средствами из царской казны возобно-вить обитель, устроить в ней церкви, кельи, трапезу и ограду и предоставил монастырю владеть, как и раньше, вотчиной, рыбными ловлями и угодьями «по нашим жалованным грамотам и пис-цовым книгам». Вотчины Антониева Дымского монастыря были оставлены во владении Валаам-ской обители до тех пор, пока валаамские иноки не смогут созвать крестьян на свои монастырские земли.
Так воскрешалась из пепла и развалин святая обитель. Царскими милостями и частными по-жертвованиями она возродилась и набрала силу: в ней были устроены церкви и кельи, отлиты ко-локола. Несмотря на расходы, требовавшиеся в то время на восстановление обители, валаамские старцы сумели из пожертвований собрать к 1611 году значительные средства.
Внутренняя иноческая жизнь, как и сам монастырь, переживала периоды расцвета и упадка. Когда вся Карелия после заключения в 1348 году мира в Дерпте была возвращена в состав русских земель, Валаам отдыхал от гонений шведов. В это время в обители преподобных Сергия и Германа процветали и общежитие, и особенное единодушное пребывание «по двема и трием» (т. е. скитское житие), и отходное уединённое молчание (отшельничество).
В дни своего процветания Валаамский монастырь был средоточием и образцом монашеской жизни всего северного края, подобно Киево-Нечерской лавре на юго-западе России и Троице-Сергиевой лавре в центральной её части.
В XII веке на Валаам прибыл инок Корнилий. Спустя некоторое время он покинул обитель и основал на Онежском озере свой монастырь в честь Божией Матери. По имени острова он был назван Палеостровским. В XIII веке белозерский князь Глеб Васильевич устроил при устье реки Шексны Усть-Шехонский монастырь. Для устройства монастырского порядка он просил у вала-амского настоятеля направить в новый монастырь игумена Мартирия. Известно, что старцы вала-амские в 1251 году направили туда своего постриженника Геннадия.
Около 1393 года на Валаам из Новгорода прибыл будущий преподобный Арсений Конев-ский. Юношей, в 1379 году принял он постриг в монастыре, бывшем на Лисичьей горе в новго-родских землях. Через одиннадцать лет жизни в новгородской обители Арсений отправился на Афонскую гору и после трёхлетнего подвижничества, с благословения афонского игумена, воз-вратился в русские пределы. Из рук святогорского игумена он получил в напутствие икону Божи-ей Матери и устав общежития для основания монастыря в северных краях. Прибыв в Новгород, преподобный Арсений, приняв святительское благословение от архиепископа Новгородского Иоанна II, отправился в Валаамскую обитель и подвизался здесь некоторое время. Видя на Валаа-ме многолюдное братство, он решил уйти и «по смотрению Божию, изволением же Пречистыя Богородицы» достиг Коневского острова и там устроил Коневский монастырь. На Валааме пре-подобный Арсений Коневский оставил по себе неизгладимое воспоминание: братия полюбили его. В 1397 году валаамский игумен Сила отправил к нему на Коневец инока Лаврентия с приглашением возвратиться на Валаам, но преподобный отказался: три года уже подвизался он в безмолвии на Коневце.
В XV веке подвизался в обители будущий преподобный Александр Свирский. Здесь он про-шёл все послушания, принял монашеский постриг. В безмолвии совершал он свой подвиг на од-ном из монастырских островов, поныне именуемом Святым, где по-прежнему сохраняется пещера подвижника в расселине скалы и находится скит, освящённый во имя преподобного. Отсюда по указанию Божию отправился он на реку Свирь, где основал свой прославленный монастырь.