До конца 1941 года условия их хранения были существенно улучшены.
Одним из основных направлений работы музейщиков в эвакуации стало сличение экспона-тов с научными описями и материалами Комиссии по проверке деятельности Оружейной палаты 1939–1940 годов. В результате этого кропотливого труда была создана охранная опись Музеев Кремля, до сих пор не утратившая своего значения. Одновременно проводилась реставрация ряда предметов. Так, были приведены в порядок часть трофеев Полтавской битвы, восстановлено коронационное платье императрицы Елизаветы Петровны.
Любопытно отметить, что уже к весне 1942 года, когда на фронтах шли тяжёлые бои и побе-да была ещё далека, началась подготовка к восстановлению экспозиции после реэвакуации – соз-дание планов работ, макетов и художественных проектов музейных залов и отдельных витрин, текстов экскурсий и так далее. При указании каждого вида работ обязательно отмечалось количе-ство времени, необходимое для их выполнения. Именно эта чёткость и продуманность действий позволила позднее восстановить экспозицию в самые кратчайшие сроки. Несмотря на тяжёлые условия проживания и голод, сотрудники отдавали часть своего заработка в Фонд обороны.
Беспокоясь о сохранности архитектурных памятников и оставшихся в Кремле экспонатов, Захаров, Гордеев, Баянов и Кирильцева несколько раз выезжали в Москву. Оружейная палата с оставшимися в ней экипажами всю войну находилась под присмотром реставратора тканей М. Г. Баклановой и вахтёра Ф. М. Барашкова. Более 700 экспонатов, преимущественно икон, были вывезены Н. Н. Захаровым в Свердловск.
В 1944 году, когда победа в войне становилась очевидной, сотрудники палаты готовились к возвращению в столицу. Все экспонаты были заново сгруппированы и упакованы так, чтобы их можно было разместить в определённом зале и поставить рядом с нужной витриной. 20 февраля 1945 года сокровища вернулись в Москву, а уже 15 апреля по приказу коменданта Кремля Н. К. Спиридонова восстановление экспозиции должно было быть завершено. Благодаря самоот-верженному труду сотрудников музея, работавших по 10–12 часов в день, эта задача была выпол-нена. 17 апреля 1945 года в залы Оружейной палаты вошли первые посетители – солдаты Крем-лёвского гарнизона, помогавшие в эвакуации и возвращении сокровищ. В июне залы старейшего музея Москвы принимали участников парады Победы, прославленных военачальников, Героев Советского Союза. Осмотрел палату и будущий президент США генерал Д. Эйзенхауэр. Новая экспозиция получила самые высокие оценки музейных сотрудников, учёных Москвы и Ленинграда, а также немногочисленных посетителей, для которых было огромным счастьем узнать, что бесценные памятники истории и декоративно-прикладного искусства были спасены для будущих поколений россиян. Но, несмотря на большой интерес граждан СССР и иностранцев к музею, Кремль был открыт для свободного посещения лишь в 1955 году.
Прошли годы, ушли из жизни те, кто способствовал сохранению уникального достояния на-рода, но сотрудники Музеев Московского Кремля всегда будут с благодарностью помнить своих предшественников, на долю которых выпали суровые испытания.
В начале 1947 года музей вновь теряет свою административную самостоятельность. Ору-жейная палата и музеи-соборы под названием Отдел сохранения исторических ценностей и памятников Московского Кремля становятся одним из структурных подразделений Комендатуры Московского Кремля. Упраздняется должность директора. Н. Н. Захаров переводится на долж-ность заведующего этим отделом. Музей полностью лишался самостоятельного финансирования, делопроизводства, возможности формировать кадровый состав. Решение вопросов учёта, хране-ния, реставрации, экспонирования требовало санкции руководителей Комендатуры, весьма далё-ких от музейного дела.
После 1953 года начинает меняться общественно-политическая ситуация в стране. Судьба кремлёвского музея была теснейшим образом связана с этими изменениями. В 1954 году начина-ется подготовка к открытию Кремля для свободного доступа посетителей.