У липні 1865 року сержант Е. Хоулі запропонував використовувати для цього шифру віяло, що складалося з 26 дерев'яних дощечок, на яких були записані алфавіти шифрованого тексту (рядки таблиці). Це віяло виявилося настільки ефективним у практичному застосуванні, що вперше в історії США його автору був виданий патент на шифропристрій.
У той час як федерали прийняли централізовану організацію системи зв'язку, конфедерати поширили принцип прав штатів і на сферу шифрувальної справи. Кожен командир міг за своїм розсудом вибирати власні коди та шифри. Це привело до істотних негативних наслідків, оскільки місцеві командири практично не розбиралися в шифрувальній справі.
Конфедерати використовували примітивні шифри аж до шифрів простої заміни. Наприклад, перед битвою в Шайлоу 6 квітня 1862 року генерал Джонстон домовився зі своїм заступником генералом Борегаром використовувати як військовий шифр заміну Цезаря. Зрідка вживалися книжкові шифри. Книжковим шифром користувався президент конфедерації південних штатів Джеферсон Девіс. Перед битвою під Шайлоу він послав генералу Джонстону словник для його використання як кодової книги. Додатком до словника була інструкція, в якій вказувалося, що слово «з'єднання» буде виражатися як «146.Л.20», що означало, відповідно, номер сторінки, лівий стовпчик і номер слова.
Словники використовувалися як кодові книги також у ВМФ конфедерації. Його міністр Стефан Мелорі особисто розпорядився, щоб командири кораблів здобули ідентичні примірники різних словників.
Поширені у той час були шифри типу Віженера. Збереглися, навіть, зразки таких шифрувальних пристроїв у вигляді мідних шифрувальних циліндрів. Шифрування здійснювалося за допомогою двох покажчиків (на верхній планці пристрою) на букви відкритого тексту та відповідні їм букви шифрованого тексту.
Як уже було сказано раніше, при шифруванні допускалися численні помилки. Помилками конфедератів успішно користувалися федерали для дешифрування перехоплених повідомлень. Зокрема, при використанні книжкових шифрів у якості вихідних шифровеличин вибиралися не букви, а слова й цілі вирази. При цьому конфедерати часто використовували загальнодоступні комерційні кодові книги, згідно з якими і робили заміну шифровеличин. Федералам не складно було перебирати обмежене число комерційних кодових книг і знаходити ключ. Для посилення кодування конфедерати вводили прості правила типу: якщо слово, що шифрувалося, знаходилося на 18-у місці 29-ї сторінки книги, то воно замінялося 18-м словом на 19-й сторінці. Однак подібні модифікації не бентежили федералів.
Шифрований зв'язок федералів здійснювався через Управління військового телеграфу, при якому була шифрувальна служба. Начальником військового телеграфу був майор Томас Екерт, який пізніше став головою правління компанії «Вестерн Юні-он телеграф». Управління військового телеграфу розміщалося в будинку військового міністерства, що знаходилося поруч з Білим Домом. Президент Авраам Лінкольн приділяв велику увагу організації шифрованого зв'язку та часто спілкувався з трьома молодими телеграфістами-шифрувальниками: Девідом Бейтсом, Чарльзом Тінкером і Альбертом Чендлером. Ці люди були основними криптоаналітиками Півночі.
Криптоаналітична служба федералів досягла досить серйозних успіхів. Так, наприклад, у грудні 1863 року начальник поштового відділення Нью-Йорка Абрам Уейкман, переглядаючи кореспонденцію перед відправленням, наткнувся на лист, адресований Олександру Кейту до міста Галіфакс у Новій Шотландії. Про Кейта було відомо, що той часто листувався з агентами Півдня. Тому, розкривши конверт та встановивши, що лист зашифрований, Уейкман передав його військовому міністру.
Протягом двох днів співробітники Військового міністерства марно намагалися розгадати таємничі знаки перехопленої криптограми. Потім вона була передана шифрувальникам президента Лінкольна, що взялися її прочитати. Вони швидко встановили, що невідомий автор листа використовував для його зашифрування як звичайний алфавіт, так і 5 різних шифроалфавітів. Але він вчинив нерозсудливо, розділивши слова листа комами та обмеживши одним алфавітом у межах кожного слова.
Дешифрувальники знайшли слово, що складалося з шести букв, у якому друга й шоста букви повторювалися. Потім випливало слово з чотирьох букв, за яким у свою чергу йшла фраза, послана клером: «reaches you». Вони вирішили, що за цією послідовністю шифрознаків повинна ховатися фраза «before this». Бейтс припустив, що в листі використано шифр, подібний тому, що застосовувався для позначення цін у магазині в Пітсбурзі, де він колись давно працював посильним.
Цей здогад дозволив значно просунути вперед процес дешифрування криптограми. Допомогло й виявлення знаків, що позначали місце відправлення і дату – «Нью-Йорк, 18 грудня 1863 р.». Діючи таким чином, три шифрувальники у присутності президента Лінкольна, що нетерпляче очікував результати, за чотири години прочитали шифрований лист, у якому було написано:
«Нью-Йорк, 18 грудня 1863 р. …Два пароплави відбудуть звідси приблизно на Різдво… 12 тисяч нарізних мушкетів прийшли точно за адресою та відправлені в Галіфакс відповідно до інструкцій. Ми зможемо захопити ще два пароплави, як намічено… перш ніж це дійде до вас. Ціна 2000 доларів. Нам потрібно більше грошей… Пишіть як колись…»
Два дні по тому була перехоплена та швидко дешифрована ще одна криптограма, адресована Кейту. У ній говорилося: «Передай Мемінджеру, що в Хілтона усі верстати знаходяться в зібраному вигляді та всі матриці будуть готові до відправлення 1 січня. Гравірування друкованих форм чудове».
Таким чином, з листа стало відомо, що форми для друкування грошей конфедератів виготовлялися в Нью-Йорку. Гравера Хілтона легко знайшли в Манхеттені. 31 грудня 1863 року поліцейські відвідали його помешкання, де захопили друковані верстати й матриці, а також уже видрукувані гроші на суму в кілька мільйонів доларів. Тим самим конфедерація позбавилася устаткування для виготовлення паперових грошей, яких їй бракувало. Головну роль у всій цій справі зіграли криптоаналітичні здібності, виявлені трьома молодими шифрувальниками Лінкольна. За це кожний з них одержав збільшення до зарплатні розміром у 25 доларів на місяць.
Усього за час війни Північ передала приблизно 6,5 мільйона телеграм. Конфедерати здійснювали перехоплення їхніх телеграфних повідомлень, багато з яких, зазвичай, шифрувалися. їхня кавалерія робила нальоти на пункти зв'язку, що приводило до компрометації систем шифрування федералів та дозволяло конфедератам одержувати ключі й інформацію про відкриті тексти, що відповідали відомим шифрованим текстам. Крім того, шифри федералів мали слабкості. Незважаючи на все це, конфедерати так і не навчилися розкривати шифровані повідомлення федералів.
Вони іноді, навіть, не могли правильно розшифрувати свої власні повідомлення, не дивно, що їм не вдалося прочитати жодного шифрованого повідомлення федералів. Цьому факту було б важко повірити, якби конфедерати самі не визнали його, надрукувавши у своїх газетах кілька шифрованих повідомлень із проханням їхнього дешифрування.
Федерали також захоплювали шифри Півдня та здійснювали перехоплення кур'єрів із шифрованими повідомленнями. Так, наприклад, у 1863 році під час облоги міста Віксберга війська У. Гранта захопили вісім повстанців і в одного з них знайшли криптограму. її відправили до Вашингтона криптоаналітикам Президента, які успішно справилися з черговим завданням. Хоча дешифрування цієї телеграми не допомогло Гранту «взяти» Віксберг, але воно дало федералам один з ключів, якими конфедерати користувалися під час війни.