Еще Лжедимитрий имел многих ревностных слуг: Басманов узнал и донес ему о сем кове, опасном знатностию виновника. Взяли Шуйского с братьями под стражу и велели судить, как дотоле еще никого не судили в России: Собором, избранным людям всех чинов и званий. Летописец уверяет, что Князь Василий в сем единственном случае жизни своей явил себя Героем: не отрицался: смело, великодушно говорил истину, к искреннему и лицемерному ужасу судей, которые хотели заглушить ее воплем, проклиная такие хулы на Венценосца. Шуйского пытали: он молчал; не назвал никого из соумышленников, и был один приговорен смертной казни: братьев его лишали только свободы. В глубокой тишине народ теснился вокруг лобного места, где стоял осужденный Боярин (как бывало в Иоанново время!) подле секиры и плахи, между дружинами воинов, стрельцов и Козаков; на стенах и башнях Кремлевских также блистало оружие для устрашения Москвитян, и Петр Басманов держа бумагу, читал народу от имени Царского: «Великий Боярин, Князь Василий Иванович Шуйский, изменил мне, законному Государю вашему, Димитрию Иоанновичу всея России; коварствовал, злословил, ссорил меня с вами, добрыми подданными: называл лжецарем; хотел свергнуть с престола. Для того осужден на казнь: да умрет за измену и вероломство!» Народ безмолвствовал в горести, издавна любя Шуйских, и пролил слезы, когда несчастный Князь Василий, уже обнажаемый палачом, громко воскликнул к зрителям: «Братья! Умираю за истину, за Веру Христианскую и за вас!» Уже голова осужденного лежала на плахе… Вдруг слышат крик: стой! и видят Царского чиновника, скачущего из Кремля к лобному месту, с указом в руке: объявляют помилование Шуйскому! Тут вся площадь закипела в неописанном движении радости: славили Царя, как в первый день его торжественного вступления в Москву; радовались и верные приверженники Самозванца, думая, что такое милосердие дает ему новое право на любовь общую; негодовали только дальновиднейшие из них, и не ошиблись: мог ли забыть Шуйский пытки и плаху? Узнали, что не ветреный Лжедимитрий вздумал тронуть сердца сим неожиданным действием великодушия, но что Царица-Инокиня слезным молением убедила мнимого сына не казнить врага, который искал головы его!.. Совесть, вероятно, терзала сию несчастную пособницу обмана: спасая мученика истины, Марфа надеялась уменьшить грех свой пред людьми и Богом. Вместе с нею ходатайствовали за осужденного и некоторые Ляхи, видя, сколь живое участие принимали Москвитяне в судьбе его и желая снискать тем их благодарность. Всех трех Шуйских, Князя Василия, Дмитрия, Ивана, сослали в пригороды Галицкие; имение их описали, домы опустошили.
Тогда же разгласилось в Москве и свидетельство многих Галичан, единоземцев и самых ближних Григория Отрепьева; дяди, брата и даже матери, добросовестной вдовы Варвары: они видели его, узнали и не хотели молчать. Их заключили; а дядю, Смирного-Отрепьева (в 1604 году ездившего к Сигизмунду для уличения племянника), сослали в Сибирь. Схватили еще Дворянина Петра Тургенева и мещанина Федора, которые явно возмущали народ против лжецаря. Самозванец велел казнить обоих торжественно и с удовольствием видел, что народ, благодарный ему за помилование Шуйского, не изъявил чувствительности к великодушию сих двух страдальцев; оба шли на смерть без ужаса и раскаяния, громогласно именуя Лжедимитрия Антихристом и любимцем Сатаны, жалея о России и предсказывая ей бедствие; чернь ругалась над ними, восклицая: «умираете за дело!» — С сего времени не умолкали доносы, справедливые и ложные, как в Борисово царствование: ибо Самозванец, дотоле желав хвалиться милосердием, уже следовал иным правилам: хотел грозою унять дерзость и для того благоприятствовал изветам. Пытали, казнили, душили в темницах, лишали имения, ссылали за слово о расстриге. По таким ли доносам, или единственно опасаясь нескромности своих старых приятелей, Лжедимитрий велел удалить многих Чудовских Иноков в другие, пустынные Обители, хотя (что достойно замечания) оставил в покое Крутицкого Митрополита Пафнутия, который с первого взгляда узнал в нем Диакона Григория, быв в его время Архимандритом сего монастыря, но, как вероятно, лицемерным или бессовестным изъявлением усердия к Самозванцу спас себя от гонения.