Сей пестун меньшого Иоаннова сына явился тогда вдруг главным советником народа, как злейший враг Годуновых, и вместе с другими Боярами, малодушными или коварными, старался утишить мятеж именем Царя нового. Все дали присягу Димитрию, и (3 Июня) Вельможи, Князья Иван Михайлович Воротынский, Андрей Телятевский, Петр Шереметев, думный Дьяк Власьев и другие знатнейшие чиновники, Дворяне, граждане выехали из столицы с повинною к Самозванцу в Тулу. Уже вестник Плещеева и Пушкина предупредил их; уже расстрига знал все, что сделалось в Москве, и еще не был спокоен: послал туда Князя Василия Голицина, Мосальского и Дьяка Сутупова с тайным наказом, а Петра Басманова с воинскою дружиною, чтобы мерзостным злодейством увенчать торжество беззакония.
Сии достойные слуги Лжедимитриевы, принятые в Москве как полновластные исполнители Царской воли, начали дело свое с Патриарха. Слабодушным участием в кознях Борисовых лишив себя доверенности народной, не имев мужества умереть за истину и за Феодора, онемев от страха и даже, как уверяют, вместе с другими Святителями бив челом Самозванцу, надеялся ли Иов снискать в нем срамную милость? Но Лжедимитрий не верил его бесстыдству; не верил, чтобы он мог с видом благоговения возложить Царский венец на своего беглого Диакона и для того Послы Самозванцевы объявили народу Московскому, что раб Годуновых не должен остаться Первосвятителем. Свергнув Царя, народ во дни беззакония не усомнился свергнуть и Патриарха. Иов совершал Литургию в храме Успения: вдруг мятежники неистовые, вооруженные копьями и дреколием, вбегают в церковь; не слушают божественного пения; стремятся в олтарь, хватают и влекут Патриарха; рвут с него одежду Святительскую… Тут несчастный Иов изъявил и смирение и твердость: сняв с себя панагию и положив ее к образу Владимирской Богоматери, сказал громогласно: «Здесь, пред сею святою иконою, я был удостоен сана Архиерейского и 19 лет хранил целость Веры: ныне вижу бедствие Церкви, торжество обмана и ереси. Матерь Божия! спаси православие!» Его одели в черную ризу, таскали, позорили в храме, на площади, и вывезли в телеге из города, чтобы заключить в монастыре Старицком. Удалив важнейшего свидетеля истины, противного Самозванцу, решили судьбу Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых: отправили их скованных в темницы городов дальних, Низовых и Сибирских (ненавистного Семена Годунова задавили в Переславле). Немедленно решили и судьбу державного семейства.
Юный Феодор, Мария и Ксения, сидя под стражею в том доме, откуда властолюбие Борисово извлекло их на феатр гибельного величия, угадывали свой жребий. Народ еще уважал в них святость Царского сана, может быть, и святость непорочности; может быть, в самом неистовстве бунта желал, чтобы мнимый Димитрий оказал великодушие и, взяв себе корону, оставил жизнь несчастным хотя в уединении какого-нибудь монастыря пустынного. Но великодушие в сем случае казалось расстриге несогласным с Политикою: чем более достоинств личных имел сверженный, законный Царь, тем более он мог страшить лжецаря, возводимого на престол злодейством некоторых и заблуждением многих; успех измены всегда готовит другую — и никакая пустыня не скрыла бы державного юношу от умиления Россиян. Так, вероятно, думал и Басманов; однако ж не хотел явно участвовать в деле ужасном: зло и добро имеют степени! Другие были смелее: Князья Голицын и Мосальский, чиновники Молчанов и Шерефединов, взяв с собою трех зверовидных стрельцов, 10 Июня пришли в дом Борисов: увидели Феодора и Ксению сидящих спокойно подле матери в ожидании воли Божией; вырвали нежных детей из объятий Царицы, развели их по особым комнатам и велели стрельцам действовать: они в ту же минуту удавили Царицу Марию; но юный Феодор, наделенный от природы силою необыкновенною, долго боролся с четырьмя убийцами, которые едва могли одолеть и задушить его. Ксения была несчастнее матери и брата: осталась жива: гнусный сластолюбец расстрига слышал об ее прелестях и велел Князю Мосальскому взять ее к себе в дом.