В это время в гавани Таганрога базируется сильный флот, основу которого составляют 70-пушечный «Спящий лев», 60-пушечные «Шпага» и «Гото-Предестинация», 50-пушечные «Геркулес», «Скорпион», «Ласка», «Уния» и другие. В честь окончания строительства гавани, верфи и города, подчеркивая особые заслуги Матвея Симонта, Петр 23 мая 1709 года приказывает адмиралу Ф. М. Апраксину изготовить памятную медаль: «Изволь приказать сделать Матвею Симонтову монету золотую с каменьями ценою в ста три, и на одной стороне чтобы была наша персона, а на другой – гаван здешний и подпись тут, что дана ему за труды гавана».
В ответном донесении, посланном 2 июня 1709 г., Ф. М. Апраксин сообщает: «Монету Матвею Симонтову с персоною Вашего Величества, и на другой стороне с начертанием гавани и с подписанием по указу велю делать немедленно, и когда сделаю, немедленно до Вашего Величества пришлю».
Всего за одиннадцать лет на продуваемом ветрами Таганьем мысу вырос каменный город, первая военно-морская база, в которой было построено более 200 казенных зданий, а в 1357 жилых домах проживало около 10 тысяч человек. В крепости находился гарнизон в несколько тысяч человек, на вооружении которого было 238 пушек. В гавани и в крепости на острове Черепаха находилось еще свыше ста пушек. Кроме того, в гавани стояло 10 военных кораблей, вооруженных 360 пушками, с командой в 1500 человек. Внушительная сила. К созданию Троицкой крепости, гавани, а затем и города Таганрога в разное время были причастно много известных военачальников и инженеров, составивших славу Петровской эпохи. Вспомним их славные имена: Э. Ф. Боргсдорф, Е. Крафорт, Л. И. Руск, де Лаваль, М. Симонт, Ф. П. Деволан, А. Моллер, Р. Трузин, Дюпон де Ларю, А. И. Мельников О. Старцев. В разные периоды создания Таганрога и Азовской флотилии, строительства гавани и крепости в Таганроге служили практически все адмиралы той поры: Ф. М. Апраксин,
Ф. Я. Лефорт, П. П. Бредаль, Ф. А. Головин, Ф. А. Клокачев, А. Н. Сенявин, К. И. Крюйс, В. Я. Чичагов, Я. Ф. Сухотин, Д. Н. Сенявин, В. Беринг, Ф. Ф. Ушаков и другие.
Екатерина II в письме Вольтеру писала: «Петр Великий предполагал даже перенести сюда столицу державы». Но судьбу города вскоре решила неудачная для России война с Турцией в 1711 году, когда по условиям Прутского мира Россия обязалась срыть возведенную крепость и гавань, что и было сделано в феврале 1712 года.
«Как не своею рукою пишу, – сообщал царь Петр Апраксину – нужно турок удовлетворить… пока не услышишь о выходе короля шведскаго и к нам не отпишешься, Азова не отдавай… Таганрог разорить как можно шире, однако же не портя фундамента, ибо может быть Бог иначе совершить».
Все работы в Таганроге прекращаются. Свыше двадцати недостроенных кораблей разбираются. К сожалению, не увенчиваются успехом попытки перевести исправные корабли из Азовского флота на Балтийское море. Поэтому некоторые из них продаются Турции, другие сжигаются. Среди проданных кораблей оказались краса и гордость Азовского флота «Гото-Предестинация» и «Ласка». Были срыты крепостные валы Таганрога, взорваны его укрепления и гавань, разобраны доки. Гарнизон Троицкой крепости с пушками и припасами передислоцируется в крепость недалеко от Черкасска (ныне – станица Старочеркасская), в Хоперскую, Тавровскую и Ново-Павловскую крепости. 21 мая 1712 года ущел последний русский караул из Троицкой крепости на Таганроге. Лишь только турки вступили в покинутый город, как бросились на остатки укреплений, чтобы не оставить камня на камне от ненавистной крепости.
«Таганрогскую крепость и цитадель, – доносил царю в сентябре 1712 года Ф. М. Апраксин. – турки до основания разоряют». А затем 24 долгих года Приазовье находится под властью турок. Если Азов они еще по старой памяти старались укреплять, то чуждый им Таганрог полностью ими заброшен. Лишь в ходе очередной русско-турецкой войны в 1736—39 годы в царствование Анны Иоанновны после четырехмесячной осады Азов был вновь взят фельдмаршалом Минихом. Отходят к России и остатки Таганрога. И сразу же начинается его восстановление. Но только недолго длилась радость возвращения: после заключения союзником России – Австрией предательского сепаратного мира с турками все восстановленные укрепления вновь приходится уничтожать, хотя эта территория и остается за Россией. И только после победоносной войны 1768—1774 годов, уже в эпоху Екатерины Великой, Россия возвращает себе эту землю окончательно. Троицкую крепость быстро восстанавливают на старых фундаментах, а гавань становится базой для Азовской флотилии. В соответствующем указе (ноябрь 1769 года) Екатерина II пишет: «Таганрогскую гавань отдаем мы совсем в ведомство вице-адмирала Сенявина с тем, чтобы оную поставить в такое состояние, чтоб она могла служить убежищем судам, так и для построения оных, а тем паче галер и других судов… и чтоб в будущую кампанию 1770 года флотилия во оной уже зимовать могла…».
Восстановление Азова и Троицкой крепости поручается генерал-поручику Фридриху Вернесу. Правда, теперь Троицкую крепость больше величают Таганрогской крепостью или Таганрогом. Воссоздается и крепостной Петровский вал со рвом да с двумя крепостями – на Петрушиной косе и Павловской на лимане, а также с дополнительным редутом посредине. Вдоль вала расселяют 500 семей донских казаков, составивших Таганрогский казачий полк под командованием полковника Якова Ханженкова.
Первым комендантом Таганрогской крепости становится бригадир Иван Петрович де Жедерас. В конце апреля 1771 года адмирал А. Н. Сенявин сообщает президенту Адмиралтейской коллегии графу И. Г. Чернышеву: «При всей моей скуке и досаде, что флот еще не готов, Ваше сиятельство, вообразите мое удовольствие видеть с 87-футовой высоты стоящие перед гаванью (Да где ж? В Таганроге!) суда под военным российским императорским флагом, чего со времени Петра Великого… здесь не видали».
А в конце мая 1771 года под командой Сенявина уже находится 21 корабль с 450 орудиями и 3300 членами экипажей. В июне Азовская флотилия поддерживает с моря взятие Перекопа, крепостей Керчь и Ени-Кале, отбивает попытки турецкого флота блокировать продвижение русских по восточному берегу Крыма и обеспечивает другие действия армии генерала В. М. Долгорукова. В сентябре 1773 года академик Санкт-Петербургской академии наук, немецкий врач и естествоиспытатель Антон Иоганн Гюльденштедт, совершающий обширное путешествие по юго-востоку Европейской России и Кавказу, так описывает в своем дневнике Таганрог: «Крепость стоит на совершенно ровной возвышенности, поднимающейся на 30 саженей над уровнем моря, у которого она с южной стороны обрывается крутым берегом…
Длина крепости с востока на запад пятьдесят саженей, а ширина с севера на юг четыреста. Она окружена сухим рвом с палисадом и правильным валом с батареями и бастионами… Противолежащую крепости часть моря занимает гавань, объединенная деревянным молом. Мол имеет в окружности шестьсот саженей, в ширину три саженей и в вышину 10 футов… Он возведен на старом фундаменте времен Петра Великого… Насупротив гавани в верстах трех на юг лежит остров, на котором устроен теперь карантин для судов, приходящих из Крыма».
Указом от 5 февраля 1776 года Темерницкая портовая таможня переносится в Таганрог. Скоро в Таганроге откроется первая контора торгового дома «Сидней, Джеймс и Ко», основанная тульским купцом Сидневым, английским моряком Джеймсом и купцом Этоном. Азовская же флотилия перебазируется в Керчь, а строительство военных кораблей переносится в Херсон. Так Таганрог начинает превращаться в купеческий портовый город.