В соборе сохранился старинный иконостас. Иконы его пяти ярусов относятся, в основном, к XIV–XVI векам. Огромную духовную и художественную ценность представляют образа деисусного чина, большинство которых приписывалось Феофану Греку («Спас в силах», «Божия Матерь», «Иоанн Предтеча», «Архангел Гавриил», «Апостол Павел», «Василий Великий», «Иоанн Златоуст»), а две иконы – «Архангел Михаил» и «Апостол Петр» – Андрею Рублеву. Семь икон праздничного чина также считали творениями великого русского иконописца. Но исследования последних лет говорят о возможном появлении этих икон в соборе после пожара 1547 г. Также после этого времени написаны псковскими мастерами иконы пророческого чина, а праотеческого чина – частью в XVI–XVII веках, частью в XIX веке. Великие святыни находятся и в нижнем местном ряду иконостаса: иконы Божией Матери Тихвинская и Смоленская, «Спас на Престоле», «Спас Смоленский» и другие. Каждая из этих старинных икон имеет свою историю, связанную с историческими событиями XIV–XVI веков. Две главнейших святыни храма – чудотворные иконы «Всемилостивый Спас» (1337 г.) и «Донская икона Божией Матери» (1392 г.), написанная Феофаном Греком, также происходящие из местного ряда иконостаса, – в настоящее время находятся в собрании Государственной Третьяковской галереи. Из существовавших до 1917 г. шести приделов сохранились иконостасы лишь трех: Собора Пресвятой Богородицы, Собора архангела Гавриила и Входа Господня в Иерусалим. Пол в храме выстлан квадратными и прямоугольными плитками из агатовидной яшмы, привезенной по приказанию царя Ивана IV Грозного из собора Ростова Великого.
Роспись стен собора, выполненная сыном прославленного живописца XV в. Дионисия, Феодосием и его помощниками, а затем поновлявшаяся другими мастерами, иллюстрирует идею объединения Руси в единое государство (святые патроны Новгорода, Пскова, Твери, Ярославля, Ростова, Чернигова), приемственность власти Москвы от Константинополя (византийские императоры, киевские, владимирские и московские князья), летопись крепнущего московского княжества (московские князья Даниил Александрович, Дмитрий Донской, Василий I Дмитриевич, Иван III, Василий III). Считается, что Феодосий был автором композиций «Изведение Петра из темницы», «Преполоновение», «Чудо архангела Михаила в Хонех» и «Сорок мучеников севастийских», а также изображений Георгия Победоносца и Дмитрия Солунского. Кроме того, в соборе сохранились редкие для русской церковной живописи настенные изображения греческих философов, поэтов и писателей: Платона, Аристотеля, Фукидида, Анахарсиса, Гомера, Вергилия и других. Над каждым из мудрецов античности помещено его имя, а в руках они держат свитки с цитатами из Священного Писания или изречениями из их сочинений. Центром росписи обширных галерей является «Древо Иессеево» – генеалогическое древо Христа.
Во время октябрьских боев в Москве в 1917 г. Благовещенский собор подвергся разрушениям. Снарядом была уничтожена крытая галерея XVI века. В начале 1918 г. собор был закрыт, богатейшее собрание соборной ризницы частью вывезли в Гохран на утилизацию, частью распределили между кремлевскими музеями. В 1930-е гг. уничтожили Красное крыльцо, находившиеся между собором и Грановитой палатой и служившее для торжественных выходов государя. В 1990-е гг. оно было восстановлено. В 1955 г. собор вошел в систему кремлевских музеев и был открыт для посетителей. С 1992 г. в соборе возобновлены праздничные богослужения в день Благовещенья Пресвятой Богородицы. В остальное время он открыт, как музей Московского Кремля.
Благовещения Пресвятой Богородицы в Петровском парке церковь (Красноармейская улица, дом № 2, строение 2).
Построена в русском стиле в 1844–1847 гг. по проекту видного архитектора и реставратора Ф.Ф. Рихтера на средства А.Д. Нарышкиной. К началу XX века церковь имела три придела – Боголюбской иконы Божией Матери, преподобных Ксенофонта и Марии и их чад Аркадия и Иоанна, праведных Симеона и Анны. В июле 1899 г. освятили верхнюю Благовещенскую церковь. Здание перестраивали в 1904 г. по проекту В.П. Гаврилова – к нижнему храму была сделана пристройка, в которой 29 ноября 1904 г. освятили престол во имя Боголюбской иконы Божией Матери.
Храм закрыли в середине 1930-х годов, сломали купол и верх колокольни, помещение использовали под склад Военно-воздушной академии им. Н.Е. Жуковского. В 1991 г. изуродованное церковное здание вернули общине верующих. Освятили храм в сентябре 1997 г. К 2001 г. были завершены восстановительные и реставрационные работы. Среди святынь храма чтимая икона XVII века «Господь – Вседержитель мира».
Благовещения Пресвятой Богородицы в Старом Ваганькове у Государева двора церковь (уничтожена).
Этот храм был возведен в начале XV в. итальянским зодчим Алевизом Новым. Уже в XVIII в. церковь была закрыта и уничтожена. Сохранилась литография XIX в. с более раннего оригинала, передающая облик этого храма. Церковь имела архитектурные формы, близкие к храмам Св. Трифона в Напрудном и Зачатия Анны, что в Углу. Позднее (в XVI–XVII вв.) была выстроена трапезная, а в XVIII в. – колокольня. В настоящее время на месте этого храма (Староваганьковский переулок, дом № 21) находится жилой дом, на котором установлена мемориальная доска, свидетельствующая о том, что в этом доме жил художник В.А. Серов.
Благовещения Пресвятой Богородицы на Тверской церковь (уничтожена).
Время постройки деревянного храма на месте, где сходятся Тверская улица и Благовещенский переулок, неизвестно. Каменная Благовещенская церковь на этом месте была освящена в 1662 г. В первой половине XVIII века были заново отстроены алтарь и купол, сооружен придел преподобных Зосимы и Савватия. Новый каменный храм на прежнем месте появился в 1868 г., с приделами преподобных Зосимы и Савватия и святителя Николая. Среди икон выделялись стариной и искусным письмом: Тихвинская Богоматерь с чудесами, Благовещение Пресвятой Богородицы, Московские святители (все – XVII века), пророк Илия с житием (XVIII век). В храме сохранялись Евангелие XVII века, серебряные богослужебные сосуды середины XVIII века, древние серебряные кресты.
В июле 1929 г. президиум ВЦИК дал разрешение на снос Благовещенской церкви. Большинство церковных святынь поступило в государственные хранилища, а на месте храма выстроили восьмиэтажный дом.
Благовещения Пресвятой Богородицы в Федосьине церковь (Лукинская улица, дом № 11, корпус 1).
Первоначально в селе выстроили деревянную Преображенскую церковь, которую в 1736 г. заменили другим деревянным храмом. Ныне существующий каменный храм с одной главой выстроили в формах эклектики в 1844–1854 гг. Настенная живопись 1886 г. частично сохранялась до 1980-х годов. В 1937 г. храм закрыли. Его настоятель протоиерей Димитрий Остроумов был расстрелян. В 1988 г. церковь определили к сносу.
В 1991 г. наполовину разрушенную Благовещенскую церковь вернули верующим. Среди храмовых святынь – чудотворная Феодоровская икона Божией Матери, частицы мощей мучеников Игнатия Богоносца, Ермолая, Трифона, Феодора Стратилата, Евстафия Плакиды, преподобномученицы Евпраксии.
Благовещения Пресвятой Богородицы при 4-й мужской гимназии на Покровке церковь (уничтожена).
Эта гимназия была открыта в 1849 г. в дому Пашкова на Моховой улице, но в 1861 г. уступила это уникальное здание переведенному из Петербурга в Москву Румянцевскому музею. Она переехала на Покровку, в городскую усадьбу Апраксиных-Трубецких (дом № 22), привлекавшую особое внимание москвичей пышными барочными украшениями, оригинальной колоннадой, наличниками с декоративной лепниной, и получившую наименование «Дом-комод».