По возвращении в Испанию жизнь четы Субири складывалась нелегко. Несмотря на то, что Субири удалось получить место на прежней кафедре, епископ Мадрида добился его удаления из столицы. Субири принимает предложение продолжить преподавательскую деятельность в Барселоне. Однако вскоре он убедился в невозможности свободно заниматься философией в университетской обстановке тех лет и в 1942 г. подал прошение о переводе его на должность внештатного преподавателя, что фактически означало окончательный уход из университета. Субири вернулся в Мадрид и приступил к чтению частных курсов. Вскоре после того, в 1944 г., он опубликовал первое издание книги «Природа, история, Бог»: одного из самых влиятельных произведений в испанской философии XX в. В 1946 г. Субири совершает краткую поездку в Соединенные Штаты, где читает лекцию в Принстонском университете на тему: «Реальное в математике». В 1947 г. в Мадриде, под патронажем Банка Уркихо, было основано «Общество исследований и публикаций» под председательством Субири. «Общество» стало новым интеллектуальным центром, где Субири мог излагать свои мысли и обсуждать их с растущей группой учеников, среди которых нужно упомянуть таких интеллектуалов, как Педро Лаин Энтральго или Хосе Лопес Арангурен. Опубликованный в 1953 г. «Сборник трудов в честь Хавьера Субири» ознаменовал собою начало публичного признания. Тем не менее, философское мышление Субири оставалось неизвестным вне узкого круга лиц. В течение многих лет Субири почти не печатался. Его устные лекции, однако, отражают происходившее с 1944 г. вызревание его собственной философии, уходящей корнями в то, что Субири называет впечатлением реальности. Концепция впечатления реальности, выразившая в себе субирианскую радикализацию хайдеггеровского «постижения бытия», позволила Субири выработать собственные понятия, альтернативные важнейшим понятиям классической философии. Классическая философия, по мысли Субири, «субстантивировала» и «онтизировала» реальность, одновременно с этим последовательно «логизировав» постижение. В качестве альтернативы античному и нововременному логосу, Субири предлагает концепцию чувствующего интеллекта; в качестве альтернативы античной субстанции и нововременному субъекту – новую идею реальности как субстантивной структуры. Из этой идеи возникает новое, не-субъектное, ви́дение человеческой личности. Этот новаторский философский проект получил первое целостное выражение в трудной книге «О сущности», опубликованной в 1962 г.
Более доступной для широкой публики и чрезвычайно популярной среди студентов, изучающих философию, стала вторая книга Субири – «Пять лекций по философии». В ней, однако, Субири воздержался от изложения собственных идей. В 1970 г. выходят два тома второго «Сборника трудов в честь Хавьера Субири»; в подготовке сборника приняли участие большинство испанских интеллектуалов того времени. В рамках «Общества исследований и публикаций» в 1971 г. был образован семинар Хавьера Субири. На этом семинаре Субири обсуждал свои идеи с самыми близкими учениками; они имели возможность наблюдать за тем, как эти идеи развивались и обогащались новыми оттенками. В это время Субири приступает к систематическому исследованию человеческого интеллекта, которое послужило подготовительным этапом в создании главного произведения философа. Но его интересуют и многие другие темы: философская антропология, проблемы пространства, времени и материи; динамичная структура реальности, а также философия религии и богословие: темы, по которым он в 1973 г прочитал курс в Григорианском университете Рима. На следующий год семинар Хавьера Субири начинает публикацию издания «Realitas»; вышли в свет три объемистых тома, предлагающих вниманию широкой публики работы Субири и его учеников. Личность Субири начинает получать широкое общественное признание. В 1979 г. правительство Федеративной Республики Германия наградило Субири Большим крестом за заслуги (Das Grosse Verdienst Kreuz); в 1980 г. ему был присвоен титул доктора honoris causa университета Деусто (в Бильбао). В 1982 г. Субири, вместе с Северо Очоа, была присуждена премия Рамона-и-Кахаля за исследовательские заслуги.
Новаторским событием в философии явился выход в свет в 1980 г. первого тома главного труда Субири: «Чувствующий интеллект». За первым томом, «Интеллект и реальность», последовали «Интеллект и логос» (1982) и «Интеллект и разум» (1983). В этой трилогии Субири не только разрешает многочисленные сомнения, оставшиеся после книги «О сущности», но и предоставляет возможность систематически понять свою философию прежних лет с позиций более зрелого мышления. После публикации «Чувствующего интеллекта» все вопросы о так называемом «наивном реализме» Субири были окончательно закрыты. Реальность – это формальность вещей в восприятии, а не зона вещей «по ту сторону» восприятия. С этой точки зрения Субири может утверждать, вопреки всей философии Нового времени, что цвета, например, совершенно реальны, потому что они актуализируются в нашем зрительном восприятии как некое «само по себе», независимое от нашего восприятия. Правда, это не решает вопроса о том, что представляют собой цвета по ту сторону восприятия. Именно это и должен исследовать разум. Что же касается формальности реальности, она служит отправным пунктом для вопрошания о глубинной реальности вещей. Речь идет не о прыжке в реальность и не о наведении мостов к реальности, а об углублении в реальность. Именно поэтому Субири имеет право утверждать, что наука – не просто накопление понятий, сконструированных для манипулирования вещами. Наука есть нечто гораздо большее: колоссальное усилие по углублению в реальность, уже актуализированную в восприятии. Тем не менее, труд Субири об интеллекте не претендует быть философией науки; он представляет собой анализ человеческого постижения во всех его формах, от научных до художественных, от самых утонченных до самых обыденных и тривиальных.
В 1983 г. кода силы Субири уже были подточены болезнью, он принимается за написание новой книги «Человек и Бог», завершить которую ему было не суждено. 21 сентября 1983 г. Субири скончался в Мадриде. Его последователи из семинара Хавьера Субири, а затем из Фонда Хавьера Субири начали публикацию трудов философа. Первую из них – «Человек и Бог» (1984) – подготовил к выходу в свет Игнасио Эльякуриа, один из самых близких к Субири людей. За этой публикацией последовали многие другие; благодаря им читающая публика постепенно обретает доступ к творчеству Субири, которое в значительной мере оставалось доступным только для его ближайшего окружения. Так, были опубликованы следующие труды: «О человеке» (1986), «Динамичная структура реальности» (1989), «О чувствовании и волении» (1997), «Философская проблема истории религий» (1993), «Фундаментальные проблемы западной метафизики» (1994), «Пространство, время, материя» (1996), «Богословская проблема человека: христианство» (1997), «Человек и истина» (1999). В 2000 г. увидели свет «Ранние сочинения» (1921–1926); в 2001 г. – «О реальности»; в 2002 г. – «О проблеме философии и другие работы» (1932–1944). Хотя некоторые тексты еще остаются неопубликованными, сегодня уже можно познакомиться с философским мышлением Хавьера Субири и использовать все те возможности, которые оно открывает, как сказал бы сам Субири, для интеллектуальной жизни «на высоте времени».