В польских областях, перешедших к Австрии и России, всякие масонские организации были запрещены, в Австрии с 1795 года, в России с 1797 года. И только в областях, доставшихся Пруссии, масонские ложи продолжали развиваться, но не польские, а немецкие, подчинённые трём независимым великим берлинским ложам, а именно: Grosse Langes-Loge, ложе «Королевский Йорк приязни», «Трёх глобусов».
Так продолжалось до 1807 года, когда из завоёванных у Пруссии польских областей Наполеон образовал новое польское государство, прозванное Великим Герцогством Варшавским. В этом маленьком государстве, призванном к жизни великим Наполеоном и полагавшем в нём все свои надежды на лучшее будущее, возродилось и польское масонство на новых, соответствовавших изменившемуся политическому положению началах, оно стало теперь следовать преимущественно французским образцам и вступило в тесную связь с французским великим востоком. Уже в 1807 году возникает французская ложа «Соединённых братьев поляков и французов» на востоке Варшавы в зависимости от парижского великого востока, окружая особу Наполеона почти религиозным культом, простиравшимся до установления орденской ленты пепельного цвета в воспоминание «цвета верхнего платья, в котором впервые вступил на польскую землю в 1806 году великий Наполеон, освободитель польского народа».
«Соединённые братья» вдохновлялись надеждой на более или менее близкое объединение Наполеоном всей поделённой Польши и укреплялись, вероятно, в этой надежде постепенным ростом польских масонских организаций, возрождением старых польских лож — «Святыни Изиды», 1809 г., «Богини Элевзис», «Северного щита» — в Варшаве, «Побеждённого предрассудка» — в Кракове и переходом прусских лож в зависимость от Парижа.
Политические события 1812…13 годов вновь вызывают перерыв в деятельности масонов, но, несмотря на официальное постановление великого польского востока от 30 января 1813 года о закрытии масонских лож, некоторые из них и сам великий капитул продолжают тайно свои работы в течение всего 1813 года. Благотворительные масонские общества в Варшаве, Вильне, Кракове и других городах, управляемые избранными из среды местных лож комиссиями, оказывают деятельную помощь находящимся в госпиталях больным, военнопленным и семействам погибших в боях.
В новый фазис жизни вступает польское масонство в 1815 году, после присоединения, согласно постановлению венского конгресса, значительной части варшавского герцогства к российской империи.
Польские масоны, назвавшие, как уже сказано, в конце XVIII века в честь русской «великодушной монархини» одну их своих лож ложей «Екатерины под Северной звездой», затем окружившие ореолом Наполеона, «ниспосланного для освобождения польского народа», теперь, после его падения, обратили свои взгляды к восходящей звезде русского императора, который оказывал знаки внимания Костюшке, дружил с Адамом Чарторыйским и не пожелал при въезде в Краков принять ключи от президента города, называя себя «не победителем, а другом поляков». Начинается новая полоса веры в нового «воскресителя» Польши, императора Александра.
Александр I благосклонно принимал выражения патриотических чувств. Двоякой целью руководствовался он в данном случае: созидательной и охранительной. «С одной стороны он хотел использовать польское масонство для проведения своего проекта касательно слияния Литвы с Польшей и, насаждая масонские ложи одновременно в Царстве Польском и Литве, влиять при их посредстве на общественное мнение, подготовить путём восстания прежней польско-литовской унии унию политическую».
Исполнителем этих предначертаний Александра I был генерал Александр Рожнецкий, избранный в 1816 году заместителем великого мастера польского Великого Востока.