В ночь на 20 сентября в Вильно был арестован Фаустин Тетерский и Вацлав Зюлковский. С. Тетерский стал давать показания «как они составляли заговор» и скоро выдал всех своих соратников.
Что же представляла собой Виленская ассоциация в организационном плане? Это была политическая организация. На допросе С. Тетерский заявил: «Наша цель — восстановление республики, главной основой которой должна быть Конституция Третьего мая». Согласно показаниям С. Тетерского, «во всех регионах Польши (имеется в виду бывшая Речь Посполитая) распространяются ассоциации, которые будут бороться, вдыхая воздух независимости, возбуждая любовь к свободе».
При аресте С. Тетерского кроме списка руководителей и членов ассоциации, у него был найден «Акт Виленского восстания», датированный 27 января 1797 года — это своеобразный манифест, который призывает к борьбе за восстановление Речи Посполитой. В нём говорится: «Не было ни минуты, когда бы мы, стеная под тяжестью неволи, не думали о возвращении права свободы и независимости, которые даны каждому человеку при его рождении».
Детально была разработана структура ассоциации. Общество разделялось на отделы (децезии). В одном обществе должно было быть не более 15-ти, а в отделе 4—5 человек. Каждый член ассоциации вносил три червонца на её нужды. Собрания общества происходили через каждые две недели, кроме исключительных случаев.
В обществе должна быть самая строгая конспирация. Его члены на публичных собраниях говорили между собой с помощью специальных знаков, должны были набирать новых членов, однако не более 3-х человек каждый. Принимали новых членов на собрании большинством голосов. В общество могли входить люди «всякого звания, с талантами и чудесными качествами, однако не иначе, как при строгом испытании их образа мыслей, характера, честности, твёрдости и решительности».
Каждый член ассоциации должен был дать присягу, в которой говорилось: «Клянусь Богом, правосудие которого яснее видно в наказании предателей, что присягу эту даю в твёрдом уме, без всякого принуждения, по собственному желанию, что в этом союзе предателем не буду, никого из членов, а тем более общества никаким знаком не предам; тайну эту сберегу в глубине души моей, покуда удача или смерть не закончат этого предприятия. Боже, помоги мне».
Содержание «Указания членам ассоциации», также свидетельствуют о том, что руководители Виленского общества стремились сделать его строго конспиративной организацией. Так, в ст. 2 говорится, что каждый член ассоциации должен передавать информацию только тому, кто его завербовал. Если кто-нибудь из членов узнал о существовании других обществ, то он должен сообщить об этом тому, кто его рекомендовал. Тот в свою очередь передавал информацию руководителю общества. Таким образом, наиболее важные сведения знал очень узкий круг людей.
Каждый член, вербуя другого, должен знать «личность и характер человека, которого вербует». Существовала в ассоциации и круговая порука. Каждый из членов являлся ответственным за того, кем он был рекомендован и за тех, кого сам рекомендовал.
Виленская ассоциация создала свои филиалы в Бресте, Кобрине, Гродно, Львове, Варшаве, на Волыни.
15 октября 1797 года князь М. Рапнин сообщал царю, что на допросе один из руководителей Виленской ассоциации Домбровский рассказал о существовании Волынской и Брестской ассоциации. 24 сентября советник канцелярии в Варшаве Дивов писал Я. Булгакову, что в городе отмечается «движение поляков и открытие магазинов с оружием и порохом: варшавские поляки склонны к возмущениям». В Варшаве в это время существовала вооружённая ассоциация.
Участник общества бывший бригадир армии Костюшки П.