Кирлангич «Ахилл» ЧФ (лейтенант П. Г. Кононович). 16 июля 1798 г. был направлен вице-адмиралом Ф. Ф. Ушаковым на Козловский рейд, чтобы доставить донесения командира брандвахтенного судна, стоявшего в Козлове. При возвращении к эскадре «Ахилл» был перевернут налетевшим шквалом и затонул. Из всего экипажа спасся только 1 матрос.
Бригантина 1 ЧФ (лейтенант П. А. Анастопуло). В 1799 г. занимала брандвахтенный пост в Козлове. Ночью 2 ноября сильным ветром была сорвана с якоря и отнесена к берегу. Была срублена фок-мачта, но ветер и волнение усилились, судно было выброшено на риф и разбилось. Экипаж был спасен.
Транспорт 1. БФ (мичман А. А. Першин). 26 ноября 1799 г. шел из Роченсальма к брандвахтенному судну, стоявшему у шведской границы. Хорошо зная маршрут, командир не взял лоцмана. Внезапно налетевшим около полудня зюйд-вестовым шквалом порвало паруса, судно повалило на борт и понесло к острову Ланго-Мумпер. Вблизи острова удалось отдать якорь, но ветер усилился, транспорт был сорван с якоря, отнесен к берегу и ударился о риф с такой силой, что «вдруг развалился». Погибли 9 человек, спаслись избитые бурунами, на обломках полумертвые командир и 5 матросов. Командир был разжалован в рядовые на один месяц.
Фрегат «Поспешный» ЧФ (капитан-лейтенант Н. А. Паго). Участвовал в войне с Францией (Средиземноморский поход эскадры Ф. Ф. Ушакова). В июле 1800 г. доставил из Николаева в Средиземное море, на эскадру Ф. Ф. Ушакова стоявшую у острова Занте, продовольствие. При возвращении из Средиземного моря фрегат вышел из Босфора и попал в сильный шторм. 9 октября 1800 г. шквалом «Поспешный» был выброшен на румелийский берег, попал на скалы и разбился. Погибли 13 человек, в том числе и командир капитан-лейтенант Н. А. Паго.
Транспорт «Брита-Маргарита» БФ (лейтенант Д. С. Шишмарев). 14 июля 1802 г., следуя в Роченсальм, у острова Торсара шквалом был выброшен на берег и разбился. Погиб 1 человек. Командир был оправдан.
Габара «Иосиф» ЧФ (лейтенант А. И. Томиловский). В 1804 г. ходила из Севастополя в Испанию. Доставив в Севастополь пять лошадей и 80 баранов, стояла на рейде, выдерживая карантин. 11 октября 1804 г. внезапно налетевшим шквалом была выброшена на мель и разбилась. Экипаж был спасен.
Бот «Кадьяк» ОФл (капитан 2-го ранга И. Н. Бухарин). 1 октября 1805 г. вышел из Охотска для осмотра западных берегов Охотского моря, чтобы к югу от Охотска отыскать хорошую гавань. Штормами бот отнесло от Аяна к Шантарским островам, где он и стал на якорь у острова Медвежий. 18 октября «Кадьяк» был сорван с якоря, выброшен на берег и разбился. Экипаж был спасен, перешел в Удский острог, а затем вернулся в Охотск.
Катер «Диспач» БФ (капитан-лейтенант А. П. Косливцев). Участвовал в войне с Францией 18041807 гг. В 1805 г. конвоировал транспорты с войсками в Померанию. 5 октября у острова Рюген крепким ветром был выброшен на мель и разбился, экипаж был спасен.
Галиот «Святой Иоанн» БФ (лейтенант В. С. Нелидинский). В 1806 г. перевозил грузы между портами Финского залива. 27 сентября был застигнут штормом на Нарвском рейде, шквалом на нем сломало грот-мачту, реи, порвало паруса, затем галиот сорвало с якорей и выбросило на берег.
Корвет «Флора» БФ (капитан-лейтенант В. С. Кологривов). В составе отряда капитан-командора И. А. Игнатьева 1 января 1807 г. прибыл в Средиземное море для усиления эскадры вице-адмирала Д. Н. Сенявина.
В январе 1807 г. на пути из Бока-ди-Катаро в Корфу корвет встретил жестокий шторм от веста. Вечером 27 января 1807 г. в Отрантском проливе, близ города Валлона корвет принесло к берегу. Чтобы удалиться от албанского берега, бывшего в 16 милях, на корвете убрали фок и грот и послали отдавать марселя. Не успели люди добежать до марса, как налетел необыкновенно жестокий шквал, корвет положило на бок думали, что он не встанет, но бушприт, фок-мачта и грот-стеньга сломались и корвет поднялся, причем со сломанным рангоутом упали за борт 8 человек, но только 2 погибли. Отданные якоря не задержали, корвет ударило о грунт и стало бить. Была гроза, и волны ходили через корвет. Командир оставил корвет последним. Вся команда попала в плен к туркам. Турки перевели команду в Константинополь, посадили в тюрьму и держали закованными офицеров до августа, нижних чинов до октября. Военный суд одобрил все решения командира.
Фрегат «Герой» БФ (капитан-лейтенант П. Х. Зуев). Участвовал в боевых действиях против английского и шведского флотов в 1808 г. В августе 1808 г. вместе с эскадрой адмирала П. И. Ханыкова, преследуемый превосходящими силами шведов и англичан, вошел в Балтийский порт, где был заблокирован противником. После того как противник ушел в свои порты, эскадра П. И. Ханыкова покинула Балтийский порт. Фрегат был оставлен в порту для снятия людей и орудий, свезенных с судов на берег. 20 сентября «Герой» снимался с якоря, чтобы уйти в Кронштадт. Сильным порывом ветра фрегат был снесен на прибрежную отмель, получил значительные повреждения корпуса, сильно накренился и стал заполняться водой, и потому для облегчения были срублены мачты. 21 сентября экипаж покинул тонущее судно и перебрался на берег. Позже с фрегата удалось снять орудия.