В 15 часов канонерская лодка бросила якорь на Гельсингфорском рейде. «Русалка» не прибыла ни 7, ни 8 сентября. 9 сентября на один из островов в районе Свеаборга выбросило шлюпку «Русалки» с трупом матроса.
Розыски места гибели «Русалки» начались 10 сентября 1893 г. и велись все время, за исключения тех дней, когда из-за сильных ветров не предсталялось возможным выходить в море. Поиски продолжались до 16 октября, т. е. 37 дней. Работы приостановили в связи с наступившими заморозками и штормами. В розысках участвовало 15 судов, отправленных из Кронштадта, Гельсингфорса и Ревеля. Определить место гибели броненосца так и не удалось, но были найдены и выловлены различные предметы и шлюпки с «Русалки».
Следственная комиссия предположила, что вода через незакрытые люки верхней палубы, различные зазоры, попала в машинное отделение, залила топки. Потерявший ход и управляемость корабль развернуло бортом к волне. Вода, попавшая в жилую палубу, переливалась с борта на борт при повторяющихся колебаниях судна, увеличивая его крен. Верхняя палуба ушла под воду, корабль потерял остойчивость и под действием шквального ветра перевернулся и пошел ко дну. Вместе с броненосцем погиб весь экипаж 177 моряков.
Выяснилось, что специальные водонепроницаемые крышки от световых и входных люков были оставлены перед уходом в Ревель на берегу, в Кронштадте.
14 октября 1893 г. «Русалка» была исключена из списков судов БФ. Общественное мнение России было потрясено тем, что средь бела дня, во внутренних водах, в мирное время погиб корабль со всей командой. На средства собранные по всей России, в 1902 г. был сооружен памятник морякам, погибшим на «Русалке», на берегу моря в парке Кадриорг в Ревеле (ныне Таллин). На одной стороне памятника помещен барельев корабля и фамилии всех погибших, на другой надпись: «Россияне не забывают своих героев-мучеников».
«Русалку» обнаружили водолазы ЭПРОНА в 1932 г., корабль лежал на грунте вверх винтами на глубине 90 м.
С 1902 г. Россия наращивает свои морские силы на Дальнем Востоке. Из Балтийского моря туда отправлялись только что построенные и наиболее боеспособные корабли от броненосцев до малых миноносцев. 16 октября 1902 г. из Кронштадта вышли миноносцы «Бурный» (капитан 2-го ранга Е. М. Погорельский) и «Бойкий» (лейтенант М. С. Рощаковский). Небольшие корабли (водоизмещением по 350 т). уже в Балтийском море выдержали жестокий шторм. Размах бортовой качки «Бурного» достигал 45°. Миноносцы зашли в Либаву для ремонта, а затем продолжили поход. После выхода из Шербурга миноносцы разлучились: «Бойкий», следуя по назначению, через четыре дня благополучно прибыл в испанский порт Виго, а «Бурный» зашел в Брест и оттуда уже 23 ноября взял курс к берегам Испании. Однако при переходе Бискайским заливом миноносец попал в жесточайший шторм. Вода потоками вливалась через вентиляционные раструбы. Попав в электрическую проводку, она вызвала ее замыкание: освещение и ходовые огни погасли. Тяжелее всего приходилось кочегарам. Попавшая через вентиляторы внутрь кочегарок вода частично превращалась в пар, заполнявший все помещения. При резких размахах качки вода вместе с брикетами угля, перекатываясь с борта на борт, сбивала с ног кочегаров. Команда миноносца укачалась настолько, что, по словам командира: «человек терял всякое самообладание и превращался в труп». Кочегары вскоре измотались до предела и не могли поддерживать требуемое давление пара. К рассвету 25 ноября в кочегарки спустились офицеры, а также все свободные от вахты, в том числе кок и фельдшер. Пар между тем продолжал садиться, скорость снизилась до одного узла, и он перестал слушаться руля. Положение становилось критическим, миноносец сносило в открытое море. Водоотливные средства не работали, ручная помпа засорилась, воду откачивали ведрами. Из-за отсутствия пара все системы жизнеобеспечения миноносца вышли из строя. Беспомощный корабль стал палить из пушки, взывая о помощи. Эти выстрелы привлекли внимание английского парохода «Глаукас», который подошел к миноносцу. Полтора часа «Бурный», подстраховываемый пароходом пытался развести пары. Убедившись, что поднять пары так и не удастся, командир миноносца обратился к англичанам с просьбой взять его на буксир, который завели лишь через четыре часа, закрепив его вокруг боевой рубки и за основание 75-мм орудия. Утром «Глаукас» привел «Бурный» в Ла-Корунью. После ремонта миноносцы присоединились к отряду контр-адмирала Э. А. Штакельберга. Далее на Дальний Восток миноносцы шли на буксире у крупных кораблей.
Миноносец 221 (типа «Циклон», водоизмещением 150 т) БФ. В 1903 г. отправился в составе отряда кораблей под командованием контр-адмирала А. А. Вирениуса на Дальний Восток. В конце января 1904 г. отряд прибыл в Джибути, где были получены известие о начале войны с Японией и приказ возвращаться. 25 февраля 1904 г. при переходе из Красного моря в Эгейское (Пирей, Греция) шедший на буксире парохода «Саратов» миноносец попал в сильный 10-балльный шторм, потерял остойчивость, опрокинулся и затонул.