В Сибири и пределах новгородских, на Дону и в Москве раздавалась раскольничья проповедь, что патриарх не патриарх, потому что заразился латынскою ересью, так что патриарх Иоаким должен был писать царям и царевне Софии, чтоб защитили церковь от ругателей: «Повелите, да не бесчестится честь архиереев и всего духовного чина от невежд и досадителей многих, от лихоимства же и от всяких обид избавите». И в то же время этот самый патриарх вел упорную и опасную борьбу против людей, которых он обвинял в латинских новшествах, в латинской ереси. Мы видели, как при царях Алексее и Феодоре проникло в Москву латинопольское влияние вместе с языками латинским и польским, распространившимися во дворце и между вельможами. Главным проводником этого влияния считался наставник царевича Симеон Полоцкий, который не замедлил столкнуться со старыми учителями, с самим патриархом: Симеон не хотел преклоняться пред высшими духовными русскими, считая их невеждами сравнительно с собою; русские духовные, естественно, были оскорблены, подмечали в его мнениях разницу с мнениями, утвержденными стариною, с удовольствием указывали на это как на признак неправомыслия неприятного пришельца, причем опирались на авторитет известного своею обширною ученостью монаха, вызванного в Москву из Киева, Епифания Славенецкого, келейного труженика, по характеру своему неспособного пробиваться вперед и толкать других. Как патриарх Иоаким и его единомышленники смотрели на Полоцкого и как старались противопоставлять ему Славенецкого, всего лучше видно из следующего современного известия: «Призван был из Киева в Москву царем Алексеем Михайловичем для научения детей славянороссийского народа еллинской науке некто иеромонах Епифаний Славенецкий, муж многоученый не только грамматике и риторике, но и философии, и самыя феологии известный испытатель и искуснейший рассудитель и опасный (осторожный) претолковник греческого, латинского, славянского и польского языков». Был и другой иеромонах Симеон, по прозванию Полоцкий, и тот учился, но не столько, и знал только по-латыни да по-польски, а греческого писания ничего не разумел. Однажды патриарх Питирим пригласил обоих, Епифания и Симеона, к себе в крестовую палату; они стали разговаривать, и Симеон спросил Епифания: «Как, отец, святыня твоя верует о пресуществлении?» Епифаний отвечал, что молитвою иерейскою: сотвори убо и проч. происходит пресуществление. Симеон сказал на это: «В Киеве наша Русь, ученые тоже глаголют и мудрствуют, что только слова ми Христовыми: приидите, ядите и проч. пресуществляются дары» Епифаний отвечал: «Наши киевляне учились и учатся только по латыни и читают книги только латинские, по-гречески не учились и потому истины об этом не знают». Патриарх Иоаким отзывался о Полоцком: «Хотя он был человек ученый и добронравный, однако приготовленный иезуитами и прельщенный ими, поэтому читал только их латинские книги». Венец веры Полоцкого патриарх называл «венцом из терния, на западе прозябшего, сплетенным». Обет духовный наполненным тайно душевных бед.
Два ученые монаха, призванные в Москву для научения детей славянороссийского народа, уже поднимают знаменитый спор о времени пресуществления. В словах Полоцкого заключалась хлебопоклонная ересь: он учил поклоняться хлебу, утверждая, что пресуществление совершается при произнесении священником слов Христовых, т. е. ранее надлежащего времени. Но не один Полоцкий распространял эту ересь; по свидетельству патриарха Иоакима, ересь пришла в Москву от русской молодежи, которая ездила в Польшу учиться по-латыни; возвратившись, молодые люди передали латинский обычай знакомым своим священноначальникам и благородным мужам, имевшим великие достоинства в царских домах; и тем показалось, что действительно тайна совершается произнесением слов Христовых.
Знать, когда именно совершается великое таинственное действие, и с этим сообразовать свою молитву было очень важно для русских людей, и спор не мог легко потухнуть. Полоцкий умер; но он оставил из великороссиян ревностного ученика, готового и способного ратовать за мнения учителя. Одним из подьячих в приказе Тайных дел при царе Алексее был Семен Петрович Медведев, подружившийся здесь с товарищем своим Федором Шакловитым. Медведев обратил на себя внимание своею смышленостию, и его отдали учиться латинскому языку к Симеону Полоцкому; учился он три года, но когда отправлен был на посольство в Курляндию Ордин-Нащокин, то Медведеву с товарищами велено было ехать на посольство для наученья. Ученый подьячий не xoтел оставаться в Приказе, постригся в монахи под именем Сильвестра. прослыл чернецом великого ума и остроты ученой и сделан был строителем Заиконоспасского монастыря в Москве. Медведев стал ревностным защитником мнений Полоцкого и, следовательно хлебопоклонной ереси, а Медведев был хорош при дворе правительницы по дружбе своей с Шакловитым. Притом ученый Медведев очень неуважительно отзывался об учености патриарха Иоакима и личная вражда разгорелась вместе со спором о времени пресуществления и о других учениях Полоцкого, о других латинских новшествах. Самое сильное участие в споре с Медведевым приняли справщик (корректор) Евфимий и ризничий Акинф, которые, по словам Медведева, возмущали душою патриарха. Евфимий и Акинф скоро нашли себе сильных союзников. Еще в 1682 году архидиакон Чудова монастыря Карион Истомин подал царевне Софии вирши, в которых уговаривал ее привести в исполнение мысль брата Феодора: