Исаия высказал открыто и резко свое неудовольствие; другие высказывали его скромнее и тайнее. Не был доволен и первый архиерей в России, блюститель патриаршего престола, рязанский митрополит Стефан Яворский. Мы видели, как он поступил пред поставлением своим в архиереи на великороссийскую епархию; и теперь все рвался из Москвы в Малороссию. Может быть, действительно ему было тяжело в Москве, как на чужой стороне, где по своему скрытному характеру он не мог возбудить к себе большого сочувствия и где вообще тогда не очень доброжелательно смотрели на малороссиян. Стефан в своих проповедях расхваливал Петра. его дела и поведение, иногда приторно, тяжело, иногда удачно. как, например: «Удивляемся не только мы, видящи, но и вся вселенная слышащи, толикому толикого лица преклонству, толикому смирению и снисходительству: с нами яст, пиет, спит, сидит, любовне беседует с нами; аки един от сосед и другов наших премирно сожительствует, и забыв себя быти царя и монарха, его же подсолнечная трепещет, всякому есть приступен, жилища наши посещает, обедом, вечерию и охотою нашею не гнушается. С нами, аки отец с чадами, больши реку, яко брат с братиею, житие свое проводит. Председание на сонмищах и предвозлегания на вечерях и целования на торжищах давно то оставил фарисеем прегордым». Стефан сам свидетельствовал, что услаждался, как сахаром, милостию царского величества и отеческим его благопризрением; он не мог жаловаться и на скудость содержания при новых порядках, как жаловались другие архиереи. «От самого великого государя, говорит Стефан, много раз получал за победительные проповеди (проповеди, сказанные по случаю побед) иногда тысячу золотых, иногда меньше, также и от прочих членов царского дома многие много раз щедроты бывали мне за литургии и проповеди слова божия».
Несмотря на то, Стефан упорно требовал увольнения от должности, отпуска на родину, представляя свои немощи; но ему, как человеку скрытному, непрямому, не верили, предполагали, что он чем-то недоволен, что ему чего-то хочется, что если бы, например, его сделали патриархом, то он бы не пошел на покой. В 1706 году Яворский был в Киеве вместе с государем и стал проситься, чтоб его там оставили, не возвращали в Москву; Петр отказал и уехал; тогда Яворский приступил к оставшемуся в Киеве боярину Стрешневу с слезною просьбою о том же. «Был я у него не один раз, писал Стрешнев царю, и много было с ним разговоров: и милостью твоею я его обнадеживал, и гневом грозил; наконец он решился выехать из Киева и выехал, никому не сказавшись; даже в том монастыре, где жил, не ведали. Просил он у меня, чтобы гневу твоего на него не было за усильные его просьбы; я ему сказал: твои были большие просьбы, и государево изволение велено ехать; ты так и сделал, и потому гнева государева на тебя нет и милость государева к тебе по-прежнему не умалится».
Милость государева не умалилась по-прежнему, но и поводы к неудовольствию оставались прежние, а Яворский не имел духу отстранить их откровенным объяснением; только сердился втихомолку да просился на покой. Неприятно блюстителю патриаршего престола, когда царица Марфа Матвеевна пришлет сказать ему, что в Архангельском соборе дьяконы кидают в священников воском; Стефан велит наказать виновных, посадить в заключение, а тут царица опять присылает, чтоб освободить их. Но это еще ничего, по крайней мере царица; но нестерпимо то, что боярин Мусин-Пушкин поставлен каким-то помощником, товарищем блюстителю патриаршего престола. В 1707 году холмогорский архиепископ Сильвестр был переведен в Смоленск; на его место нужно было поставить архиерея, и Стефан представил Петру, находившемуся тогда в Москве, двоих кандидатов, архимандрита троицкого и знаменского. Ни тот, ни другой не понравились, и Головкин писал Стефану, чтоб он избрал на Холмогорскую епархию из духовных особ трех или двух, которые бы были искусные, и ученые, и политичные люди: «Понеже та Холмогорская епархия у знатного морского порту, где бывает множество разных областей иноземцев, с которыми дабы тамошний архиерей мог обходиться по пристойности политично, к чести и славе Российского государства, яко же и прежде бывший Афанасий архиепископ со изрядным порядком тамо поступал». Царь отвергает кандидатов, велит выбрать других, но, что всего хуже, велит Мусину-Пушкину помогать митрополиту при этом выборе! Головкин писал Мусину-Пушкину: «К Стефану митрополиту я писал, что в том выборе будет и ваша милость вспомоществовать; а когда и кто именно те особы избраны будут, о том извольте, милость ваша, с ним, митрополитом, писать к царскому величеству, на что его величество соизволит тогда указ свой послать, кого из тех особ на Холмогоры во архиепископы посвятить». В половине года опять новое столкновение у митрополита с Мусиным-Пушкиным, который жаловался на Стефана Головкину: «В письме твоем писано, что указал великий государь протопопу Тимофею быть в Благовещенском соборе и чтоб я о том указ объявил рязанскому митрополиту, дабы переведен был благовещенский к Воскресению. И я посылал к рязанскому митрополиту с тем указом, а он сказал, что того чинить не будет, дондеже сам царское величество увидит, и велми злобится на меня, будто все то я промыслом своим делаю. И так во нраве своем переменился, приехав из Киева, что никто угодить не может».