Роман «Пані Боварі» був новаторським твором за своєю художньою структурою, її основними складовими та їхніми співвідношеннями. В епічних жанрах такими складовими як відомо, є оповідь, писання і діалог. Характерною рисою розвитку роману в XIX столітті було те, що в його структурі дедалі більшого значення набував показ, який тіснив оповідь та описання і водночас синтезував їх; свого завершення ця тенденція досягала в флоберівській «Пані Боварі». Розпочинається цей роман в традиційній нараційній манері, ми чуємо голос оповідача, який розповідає про життя Шарля Боварі до одруження з Еммою. Далі ж розповідь стишується, замінюючись неопосередкованим показом, коли дійсність ніби сама себе подає у творі. Одночасно Флобер відмовляється і від докладних описів, враховуючи ту психологічну закономірність, що чим детальніше письменник описує, тим менше читач бачить. Він замінює описання показом, при цьому цей показ розрахований не на суто візуальне сприймання, а на «внутрішній зір» читача.
За своїми жанровими ознаками «Пані Боварі» ближче всього до соціально-психологічного роману, який виходить на перший план в реалістичній літературі другої половини XIX століття. Але психологізм цього твору своєрідній і виявляється він не у формі психологічного аналізу, що здійснюється з зовнішньої позиції і всюдисущим автором, як це маємо у Л. Толстого, сучасника Флобера. В романі «Пані Боварі» психологізм виявляється в інших формах, тут все, що зображається, постає як сприйняте й пережите кимось із персонажів, частіше всього Еммою. Зовнішнє і внутрішнє, фізичне й психологічне тут зливаються й течуть єдиним потоком, психологізмом проймається вся тканина твору.
Найбільш адекватну форму художнього вираження психологізм Флобера знаходить у невласне прямій мові, яку він вперше широко вводить у літературу, що переконливо показав Б. Реїзов у своїй монографії «Творчість Флобера». Це така форма мовлення, де голос автора й голос персонажа переплітаються, причому автор постійно приходить на поміч персонажу, допомагає висловити те, що тому важко або й неможливо оформити словом. В результаті авторське мовлення ніби усувається і слово віддається самому герою це вже він виражає себе, передає свої потаємні думки й почуття, свою ментальність і психологію.
Формально, як поборник «об'єктивного методу», Флобер займає відсторонену позицію в нарації, але насправді, сповнений амбівалентних емоцій, він втягнутий в дійство, що розгортається в романі. «Звідси його вражаюча проникливість, що виникає із відчуттів відрази й ненависті, до яких домішується співчуття, яке властиве людині. Ця суміш почуттів придає роману «Пані Боварі» вражаючу силу й надзвичайну тонкість» (Н. Саррот).
Наступним твором Флобера був історичний роман «Саламбо», який вийшов 1863 року. Якоюсь мірою цей роман був втечею письменника від міщанської сучасності в глибину віків аж у III століття до нової ери. Разом з тим, у цьому зверненні до історичного сюжету з глибини віків шукав вихід, можливо й неусвідомлюваний самим письменником, його неподоланий романтизм. Там, у глибині віків, його вабили сильні й цілісні характери, могутні пристрасті, потужна динаміка і яскраві барви, занурені в світ загадкової давньосхідної культури, оповитої містичною таємничістю. Варто ще сказати, що на відміну від більшості романтиків, які облюбували в минулому середньовіччя, а окремі, як то Гельдерлін чи Кіте, античність, Флобер тягнувся до стародавнього Сходу, точніше Близького Сходу. Він зізнався у листі до Жорж Санд: «Я до такої міри напоєний красотами стародавнього світу, що німий подив перед тим, що тільки що народжується, тільки що виникає, чужий мені. Мене з такою силою приваблює щось загадкове в глибинах історії, що ніби я сам присутній при його звершенні. Я міг би вести бесіди зі східними жрецями».
Дія роману «Саламбо», над яким Флобер працював чотири роки, відбувається в стародавньому Карфагені, між першою і другою Пунічними війнами, тобто війнами цієї купецької республіки з Римом. В основі сюжету повстання вояків-найманців, яких карфагенські купці ошукали й не виплатили належну їм винагороду. Головним джерелом для письменника послужила книга давньоримського історика Полібія, в якій досить докладно описане це повстання і його жорстоке придушення.
Цей твір Флобера був історичним романом нового типу, що поривав з моделлю жанру, яка була витворена Вальтер Скоттом і домінувала в європейських літературах першої половини XIX століття. У французькій літературі цей «вольтерскоттівський роман» виродився ще в 3040-і роки і з історичного перетворився, власне, в пригодницький роман, розрахований на «середнього» невибагливого читача (такими, зокрема, були численні романи О. Дюма). Флобер ставив перед собою завдання створити історичний роман нового типу, який він називав «натуралістичним», роман, що засновується на відкриттях та методах сучасної науки, і не тільки історичної, на ґрунтовному вивченні минулого, і прагне до його достовірної реконструкції. Але в творі він відступав від цих «наукових» принципів і давав волю своїй інтуїції та уяві.