Когда в 1799 вступил в должность новый генерал-прокурор А. А. Беклешов, Сперанский не только сохранил свои должности, но получил еще и дополнительную правителя канцелярии Комиссии о снабжении резиденции припасами. В феврале 1800 генерал-прокурором стал П. X. Обольянинов, который получил строгое предписание от императора Павла I об увольнении всех чиновников сенатской канцелярии, служивших при А. А. Беклешове, но тот на свой страх и риск сумел сохранить такого ценного работника, каким считался Сперанский. Более того, выхлопотал ему награду орден Св. Иоанна Иерусалимского, 2000 душ крепостных в Саратовской губернии и чин статского советника.
После убийства Павла I и отставки П. X. Обольянинова, Сперанский стал служить при тайном советнике Д. П. Трощинском в звании статс-секретаря. 23 апреля 1801 он возглавил 3-ю экспедицию Непременного совета, занимавшуюся гражданскими и духовными делами. В последующие несколько лет состоял при Министерстве внутренних дел в качестве директора департамента, а затем начальника 2-й экспедиции. Ему приходилось даже замещать министра В. П. Кочубея. Сперанский составил несколько записок на имя императора об устройстве судебных и правительственных учреждений в России (1803).
И все же подлинный взлет М. М. Сперанского начался только в 1808, когда он был назначен членом Комиссии составления законов, а в декабре того же года товарищем министра юстиции и председателем Комиссии составления законов. Прослужив в этих должностях несколько лет, попал в немилость. 17 марта 1812 был уволен со службы и сослан в Нижний Новгород, а в сентябре того же года в Пермь. Только в 1816 возвращен из ссылки и назначен пензенским губернатором, а в 1819 перемещен на должность сибирского генерал-губернатора (в Тобольск).
В 1821 Сперанскому милостиво было дозволено вернуться в Петербург и предложено место в Государственном совете, он стал также временно управляющим Комиссией составления законов. К этому времени он оставил свои революционные конституционные проекты и уже более не замахивался на ограничение власти императора. В 1825 именно Сперанский стал одним из авторов Манифеста от 13 декабря о вступлении на престол Николая I. После разгрома восстания декабристов, его включили в члены Верховного уголовного суда.
В 1826 М. М. Сперанский возглавил только что обра зован ное 2-е отделение Собственной Его Императорского Величества канцелярии, занимавшееся законодательными вопросами. Именно под его руководством в кратчайшие сроки было подготовлено и издано первое «Полное собрание законов Российской империи» в 56 томах и «Свод законов Российской империи» в 15 томах. Сперанский был членом ряда секретных комиссий и комитетов. В 18351837 читал курс юридических наук наследнику престола великому князю Александру Николаевичу. В 1838 он назначается председателем департамента законов Государственного совета. 1 января 1839 ему «пожалован» графский титул за составление Свода военных постановлений.
Награжден многими орденами Российской империи, включая алмазные знаки к орденам Св. Александра Невского и Св. Андрея Первозванного.
Граф М. М. Сперанский скончался 11 февраля 1839; похоронен на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры в Петербурге.
Рескрипт императора Александра I на имя министра юстиции и генерал-прокурора князя П. В. Лопухина о назначении М. М. Сперанского товарищем министра юстиции (1808 г., декабря 16)Желая сколь можно ускорить совершением возложенных на комиссию составления законов трудов, Я поручаю вам, особенно и исключительно от всех прочих дел, к производству Правительствующего Сената и департамента Министерства Юстиции принадлежащих, употребить по сей части Действительного Статского Советника Сперанского. По делам сей комиссии, усмотрению Моему подлежащим, имеет он Мне докладывать.
(Министерство юстиции за сто лет. СПб., 1902. С. 2728.)М. М. Сперанский усиленно работал над новыми законодательными актами и особенно не утруждал генерал-прокурора лишними заботами. Правда сам Лопухин довольно часто приглашал к себе Михаила Михайловича, и хоть поверхностно, но все же знакомился с делами, которыми занимался его помощник. Последний лично докладывал императору о проводимой им работе. К осени 1809 г. план преобразований государственных учреждений России «Введение к Уложению государственных законов», готовившейся Михаилом Михайловичем, был составлен. Сперанский предлагал создать двухпалатный парламент с высшей палатой Государственным советом, и низшей выборной Государственной думой. Предлагалось также постепенно отменить крепостное право, ввести суды присяжных и т. п. Однако император согласился лишь с учреждением Государственного совета (начал работу в 1810). Сперанский стал его первым государственным секретарем.
Портрет Александра I. Худ. А. Рокштуль.1817 г.
В 1811 по предложению М. М. Сперанского было принято «Общее учреждение министерств», которое упорядочило их структуру и функции. Преобразования, которые предлагал проводить Сперанский в области внутренней и внешней политики, не устраивали многих сановников, близких к государю. Оппонентом Сперанского стал даже знаменитый историк Н. М. Карамзин, который считал, что император не имеет права ограничивать свою власть, врученную ему предками. В такой обстановке отставка Сперанского не заставила себя ждать, что вскоре и произошло.