В ноябре 1344 года в Константинополе состоялся Собор, на котором учение Григория Паламы было предано анафеме, а сам он отлучен от
Церкви и заключен в дворцовую тюрьму, как еретик и пособник Кантакузена.
Особенно горько осужденному было узнать, что после Собора Акиндин, который «искусно все ставит с ног на голову и следствия делает причинами», был рукоположен в диаконы, а потом и в священники. Теперь противники Григория формировали общественное мнение, их слушали, не понимая, что они ведут в ложном и опасном направлении. «Мнение Акиндина это публичное опровержение и очевидное отрицание Бога и словно некая западня или сеть, впутывающая попадающих в нее в безбожие», был убежден Григорий Палама.
Через некоторое время он написал из темницы письмо, адресованное императрице Анне, где подробно изложил все свои доводы.
«Поскольку они говорят, что энергия пустой звук, как будто нет Божественной природной энергии, то впадают в безбожие, уничтожая бытие Божие», настойчиво повторяется эта мысль в его «Полемике с Акиндином».
В феврале 1347 года в Константинополе был созван очередной церковный Собор, который низложил и осудил Акиндина и его сторонников, а с Паламы снял анафему. И дело было не только в оправдании его имени, а в защите всего православного монашества. «Любой вновь появившийся обвинитель монахов и вообще касающийся их, в том числе Варлаам, объявлен подпадающим под письменное отлучение и изверженным от кафолической и апостольской Церкви, и, кроме того, вообще письменно запрещено спорить впредь об этих и таковых вещах», было объявлено на Соборе.
В 1347 году по окончании Собора новый Патриарх Константинопольский Исидор рукоположил Григория Паламу в митрополита Солунского, после чего тот отправился к своей пастве в Фессалоники.
Теперь Григорий целыми днями был на людях: проводил богослужения, говорил проповеди, занимался многочисленными церковными делами, тем самым опровергая и любые досужие суждения о «бесполезности» монашеского сословия.
В «Омилиях» (записанных и сохранившихся проповедях) Григория, архиепископа Фессалоникийского, хорошо видно, как умело он переводит жизненные темы на новую высоту, из горизонтали в вертикаль.
В своей речи перед фессалоникийцами, произнесенной на праздник урожая, он говорит о другой, духовной жатве: «Бог, презирая прежде соделанные грехи, снова и снова призывает нас. Что же делать зовет Он? Работать в винограднике. А это значит трудиться над ветвями, то есть над собой».
О чем бы ни говорил Григорий Палама: о мире, милостыне, целомудрии, собственности, это всегда призыв людей к молитве и самосовершенствованию. «Итак, каждый из нас обладает домом и родственниками, а возможно, и виноградом, еще же и стадом, а также деньгами и различным имуществом, так Бог по Своему человеколюбию считает нас Своим достоянием, Своими родными. Дом же Его мы»
Должно быть, нелегко ему было, молчальнику и молитвеннику, видеть вокруг себя празднословие, житейскую суету, и в особенности слышать разговоры в храме. «Но что нам сказать о тех, которые не в молчании предстоят, не участвуют в воспевании славословий, но разговаривают друг с другом, и нашу словесную службу Богу смешивают с какими-то праздными разговорами, и сами не слушают священные и боговдохновенные слова, и желающим слушать мешают? Доколе, о, вы такие люди! будете хромать на оба колена», сокрушается Палама в «Омилиях».
Однако он терпеливо нес свое пастырское служение, веря в то, что, как говорится в одном из его сочинений: «Человек теперь начинает видеть, что то самообожествление, которого он тщетно искал, есть иллюзия».
Григорию Паламе пришлось еще раз принять участие в большом публичном диспуте, отстаивая учение Афона относительно природы Божественного света. Спор с византийским богословом и историком Никифором Григорой называют третьим этапом паламитских споров.
На этот раз противником Паламы выступил тот самый Никифор Григора, который когда-то посрамил Варлаама. Но тогда речь шла об особенностях «внешней» науки, теперь же спор касался одного из самых существенных вопросов христианской жизни.
Богословские прения проходили в 1355 году в Константинополе, во дворце, в присутствии императора, его семейства, великого логофета, папского легата Павла Смирнского, чиновников и многих ученых-богословов.
Сохранившееся «Краткое изложение диспута Факрасиса Протостратора который состоялся в палатах перед лицом императора», дает нам представление о том, как происходили такие собрания.
В своем сочинении Факрасис дал противникам спора нарицательные имена: Фессалоникиец (Григорий Палама) и Философ (Никифор Григора), что еще больше подчеркивает характер азартного единоборства.
Сам Факрасис был «паламитом», но в описании хода дискуссии старался соблюдать объективность «арбитра».
Диспут начался с того, что Никифор Григора попросил императора сжечь томос недавнего церковного Собора, на котором, как сторонник Акиндина, он тоже был предан анафеме. Но император не согласился так быстро решить дело и, как пишет Факрасис, возразил: «Тогда я не присутствовал и соглашаюсь выслушать вас, дабы и самому уяснить, в чем же дело».