Эти проблемы, исследованные Ягубом Махмудовым, как в кандидатской диссертации, так и в научных статьях, нашли свое продолжение и завершение в докторской диссертации на тему «Взаимоотношения государств Аггоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами». Защита этого исследования, состоявшаяся в 1989 г. в Москве141, стала большим событием в исторической науке Азербайджана и в медиевистике в целом: историк с Востока исследовал западные источники и писал о том значении, которое имел Восток для Запада. Говоря словами автора, «Запад изучал Восток, учился у Востока, и старался превзойти его»142.
С одной стороны, это фундаментальное произведение обеспокоило известных востоковедов и медиевистов, с другой стороны оно вызвало с их стороны научный интерес. Азербайджанский исследователь представил исследование, отличавшееся от трудов историков Турции и Ирана: в нем не было ни восхваления завоеваний османских султанов, как это делали турецкие историки, ни элементов шовинистических идей, свойственных иранским историкам. Произведение Ягуба Махмудова было чисто научным исследованием. По этой причине оно сразу было принято широкой русскоязычной читательской аудиторией.
За труд «Взаимоотношения государств Аггоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами (вторая половина XV начало XVII века)», получившей высокую оценку ученых Московского Государственного Университета, Института востоковедения Академии наук СССР и Ленинградского Университета, Я.М.Махмудову была присуждена ученая степень доктора исторических наук. По решению кафедры истории средних веков Московского Государственного Университета, это исследование азербайджанского ученого на основе положительных отзывов известных медиевистов С.П.Карпова, Г.Л.Курбатова, Н.В.Строевой, А.А.Кирилловой было рекомендовано к печати.
За труд «Взаимоотношения государств Аггоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами (вторая половина XV начало XVII века)», получившей высокую оценку ученых Московского Государственного Университета, Института востоковедения Академии наук СССР и Ленинградского Университета, Я.М.Махмудову была присуждена ученая степень доктора исторических наук. По решению кафедры истории средних веков Московского Государственного Университета, это исследование азербайджанского ученого на основе положительных отзывов известных медиевистов С.П.Карпова, Г.Л.Курбатова, Н.В.Строевой, А.А.Кирилловой было рекомендовано к печати.
В одноименной монографии, созданной на основе первоисточников, в том числе впервые введенных в научный оборот, политика западноевропейских государств представлена в качестве одного из первых образцов политики «разделяй и властвуй» на Востоке143. Этот труд, написанный в национальном духе, был встречен с уважением и научной общественностью Азербайджана. В 1996 г. был издан его перевод на азербайджанский язык144. Работа была переиздана в 2010 г. на русском языке145. Монография на английском языке была опубликована в 2010 г. в Лондоне и Нью-Йорке146.
В других своих работах147 Я.М.Махмудов обосновывает, что в расширении взаимосвязей Азербайджана с европейскими странами важную роль играла политика этих стран, направленная на приобретение источников сырья и выгодных рынков сбыта на Востоке, и планы осуществления первых колониальных захватов в эпоху первоначального накопления капитала. Шелк-сырец, являвшийся основным продуктом вывоза государства Аккоюнлу и Сефевидов, был предметом острой конкурентной борьбы между западными державами, оказывая активное влияние на международные отношения; правители азербайджанских государств использовали эту борьбу для осуществления своих внешнеполитических планов. Именно Я.М.Махмудовым доказывается, что в конце 60-х начале 70-х гг. XV в. государство Аккоюнлу играло ведущую роль не только в антиосманской коалиции, но и в международных отношениях Средневековья. Историк раскрыл роль разветвленных дипломатических отношений между государством Аккоюнлу и западноевропейскими странами, привел множество подтверждающих этот факт документов, которые систематизируются и обобщаются в различных работах ученого.
Важной стороной этих исследований является то, что в них впервые обоснована роль активной внешней политики азербайджанского государства Аккоюнлу в антиосманской кампании западных стран во второй половине XV в., а также показана ведущая роль государства Сефевидов в международных отношениях XVI-XVII вв. Кроме того, в работах Я.М.Махмудова впервые освещаются важнейшие направления дипломатических отношений Сефевидов с западными странами, которые подразделяются на периоды и этапы; каждому из них дается характеристика, систематизируется и обобщается богатейший фактический материал об этих взаимоотношениях.
Научная ценность исследований Я.М. Махмудова определяется и тем, что подробное изучение взаимоотношений таких империй, как государства Аккоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами на протяжении примерно 150-летнего периода истории позволяет создать более четкое представление о той роли, которую сыграли народы стран мусульманского Востока, в том числе азербайджанский, в процессе всемирно-исторического развития. Научно доказывается, что глубокие социально-экономические и политические последствия колониальной политики западноевропейских государств в эпоху первоначального накопления капитала, великих географических открытий и османских завоеваний, значительные смещения международных торговых путей и в результате этого ослабление традиционных торговых связей между Европой и Азией оставили неизгладимый след и в истории этих стран и народов. Становится очевидной роль, которую сыграли во второй половине XV начале XVII вв. государства Аккоюнлу и Сефевидов в ослаблении Османской империи. Эти исследования явились важным шагом вперед в изучении истории международных отношений средневековья и, в первую очередь, многих аспектов отношений западноевропейских государств со странами Востока в связи с процессом первоначального накопления капитала и османских завоеваний.