Протерозойский эон
К концу протерозойского эона девять десятых эволюционной истории земли заканчиваются; однако, для исследователей это время всё ещё остаётся тёмным, то есть малоизученным.
На протерозойский эон приходится около двух миллиардов лет, подготовивших условия для кембрийского биологического рассвета жизни многоклеточных растений и животных.
Наиболее важным было высвобождение кислорода. «Вполне возможно, что прибрежные воды океанов или внутренних морей на относительно больших материках, развившихся в конце архея и вначале протерозоя, создали благоприятную среду для расцвета строматолитов, что привело к увеличению скорости производства кислорода, по сравнению с предыдущим периодом По мере увеличения скорости и масштабов фотосинтеза кислород стал накапливаться в атмосфере». (Дж. Д. Макдугалл, «Краткая история земли»). Однако, значительное увеличение содержания кислорода в атмосфере земли, на фоне формирования континентов, мало, что привнесло в эволюционный процесс жизни на земле. Преобладали на всём протяжении протерозоя строматолиты. И только к концу протерозойского эона, на рубеже 1,21 миллиарда лет наблюдается появление эукариотических образований. Как известно, ещё с архея находят остаточные следы, довольно редкие, цианофитов (сине-зелёных водорослей) и бактерий, напоминающих нити с нанизанными на них бусинами. Они имели клеточную структуру, снаружи защищённую мембраной, в которой отсутствовали какие-либо внутриклеточные структуры и, даже не было клеточного ядра. Эти примитивные организмы в биологии получили название прокариотов. Прокариотами были и строматолиты.
Во второй половине протерозойского эона (1,4 млрда лет назад) происходит очередная мутационная волна в развитии клеточных структур, так как появляются клетки с различными внутриклеточными структурами, получившие название эукариотовых клеток, или эукариотов. Процесс эволюции внутриклеточных структур или эукариотов, биологи объясняют так: якобы одна бесструктурная клетка прокариота поглотила другую, поглощённая, однако, приспособилась к внутриклеточному существованию, сформировав во взаимовыгодном симбиозе с первой, в процессе сожительства, внутриклеточную прото структуру. Есть пример в биологии подобного взаимовыгодного симбиоза, это хлоропласт, внутриклеточная структура развитых растений, по форме схожая с цианобактериями (одноклеточные сине-зелёные водоросли).
Однако биологи не могут сказать, что это вызвало быстрый расцвет многоклеточных животных. Видимо, вплоть до расцвета жизни многоклеточных животных в кембрии, эукариоты испытывали разные формы внутриклеточного функционирования внутриклеточных структур и их адаптацию к новым условиям существования. Паразиты, попав внутрь чужой клетки, приспособились к существованию внутри неё, приняв на себя выполнение неких функций, способствующих их выживанию. До сих пор для формирования полнозрелой клетки семени растений или зародыша животных происходит процесс слияния мужской пыльцы (спермы) с женской яйцеклеткой, в результате чего возникает новая клетка ДНК-хромосомы (дезорибонуклеиновой кислоты), несущая всю информацию развития нового организма от рождения до смерти. Известна и живая модель, которая состоит фактически из одной ДНК, которая впрыскивается, как из пульверизатора, в другой организм, вызывая болезни. Это вирус, самый жизнестойкий и мутагенный организм на земле. Возможно, что именно подобная ДНК вирусная структура, проникнув в белковую структуру, окружённую плёночной мембраной и, стала первой настоящей клеткой, способной к многофункциональному развитию и, созданию сложных форм жизни. Начался процесс дифференциации или функционального расчленения внутриклеточной структуры и формирования тел на многоклеточном уровне с их самовоспроизведением (репродукцией). Нужно отметить, что вплоть до кембрия, биологам ничего не известно о каких либо организмах с твердым покрытием или скелетом. Все формы живых организмов имели мягкие ткани, хотя и заключённые в клеточные мембраны. Это может быть причиной не обнаружения, каких либо свидетельств о многоклеточных организмах второй половины протерозоя. Однако на границе протерозойского и Фанерозойского эонов, 550 000 000лет назад, есть свидетельства существования многочисленных колоний мягкотелых животных, то есть беспозвоночных. Именно в это время появляются плоские черви или прото рыбы, ползающие по дну моря, у которых была прямая кишка ото рта до ануса, и голова, на которой размещались глаза, способные видеть свет.
Фанерозойский эон
Фанерозойский эон ведёт своё летоисчисление с 550 000 000 лет от нашего времени. Определение границы между Протерозойским и Фанерозойским эонами было подтверждено на основании вулканического осадочного пепла в китайской провинции Юннань. Урано-свинцовая датировка кристаллов циркона показала возраст извергнутого пепла в 540 000 000 лет. Осадочные останки ископаемых организмов, обнаруженных ниже и выше слоя вулканического пепла, принадлежали к периоду до кембрия и начального кембрия, то есть к периоду перехода от протерозоя к фанерозою. Исследователям пока не совсем ясно, чем был вызван радикальный перелом на границе протерозоя и фанерозоя, вызвавший на рубеже в 540 000 000 лет назад взрывоподобный рост численности многих форм жизни на земле. Фанерозойский эон охватывает собою три эры: 1. Палеозойскую; 2.Мезозойскую; 3. Кайнозойскую. Если первые два эона, Архейский и Протерозойский, внутри себя никак не подразделяются, по причине малоизученности первоначальной эволюционной истории, то Фанерозойский эон, наоборот, очень богато насыщен всевозможными событиями эволюционной истории, оставившими свой след на земле.