И. А. Ковылиным и его помощниками был выработан «Устав Богаделенного дома на Преображенском кладбище», утвержденный властями 15 мая 1809 г. По этому Уставу преображенцы освобождались от опеки Духовной консистории, сами выбирали попечителей, были полностью автономны в своей внутренней жизни. В течение 37 лет Преображенское кладбище числилось как частная собственность И. А. Ковылина. Он оберегал его, постоянно раздавая «подарки» различным мелким чинам, покупая их лояльность. Законодательство Екатерины II и Павла I не знало юридического понятия старообрядческой общины. Старообрядцам как отдельным лицам, так и целым обществам вменялось в обязанность лишь соблюдение общих законов и правил общего для всех благочиния. Это отдавало их в полную власть низших чиновников, которые внимательно следили за старообрядцами, истолковывая всякую мелочь как нарушение общего благочиния. Любая мелочь могла привести к разрушению кладбища. Однажды И. А. Ковылин не дал обычного подношения какому-то мелкому чину. Последовал донос о незаконных действиях на Преображенском кладбище. Дело попало на решение к императору Павлу, который распорядился закрыть кладбище и снести все постройки. Кладбище удалось спасти ценою пирога с начинкой из 10 000 золотых полуимпериалов, поднесенного московскому обер-полицмейстеру генералу Воейкову. Пирог замедлил выполнение задуманного, а последовавшая смерть императора Павла предала указ забвению.
В 1816 г. из-за выборов новых попечителей Преображенского кладбища возник сильный внутренний раздор. Образовались две партии. Дело тянулось четыре года, наконец, в него были вовлечены власти. Дошло до императора Александра I, который выразил «гневное» неудовольствие относительно раздора и некоторых сторон вероучения федосеевцев (безбрачие, немоление за царя и пр.). Это послужило умалению гражданских прав кладбища и стало началом последующих репрессий правительства по отношению уже ко всему старообрядчеству.
В 1847 г. Николай I насильственно подчинил Преображенский богаделенный дом гражданским властям (с 1853 г. Императорскому человеколюбивому обществу). Деревянные жилые постройки и больничные палаты были частично сломаны, а оставшиеся закрыты. В марте 1854 г. у федосеевцев отобрали Успенскую соборную часовню на мужской половине и передали единоверцам, а в 1866 г. вся мужская половина была передана Никольскому единоверческому монастырю. С тех пор центром московских федосеевцев неизменно остается Крестовоздвиженская часовня на бывшей женской половине (остальные шесть моленных на женской половине отобраны в 1920-х гг.). Главных руководителей кладбища репрессировали одного за другим: настоятеля Семена Кузьмина сослали в Полтавский монастырь, наставников Георгия Гавриловича в Вятку, Андрея Ефимовича в Харьков, попечителей Ф. А. Гучкова в Петрозаводск, К. Е. Егорова в Пензу.
3 октября 1883 г. был издан закон, предоставлявший некоторые права старообрядцам в их религиозной жизни. С 15 по 18 августа 1883 г. на Преображенском кладбище состоялся съезд 180 наставников. К концу XIX в. в Москве действовало около 17 федосеевских (в основном домовых) моленных, из них на кладбище семь (в них состояло более 200 певцов и певиц). В главной соборной моленной кладбища служба совершалась повседневно.
После дарования свободы совести в 1905 г. жизнь федосеевской общины вновь оживилась. 1 августа 1905 г. на Преображенском кладбище был слышен первый разрешенный колокольный звон. В 1912 г. состоялась закладка больничного корпуса (архитектор Л. Р. Кекушев), который вскоре был выстроен крупным подрядчиком, членом общины М. М. Малышевым за полцены (по смете цена строительства определялась в 70 000 руб.).
После 1917 г. единоверческий монастырь распался, и в 1922 г. его храмы попали в руки обновленцев. Не найдя средств на их содержание, они оставили за собой западный Никольский придел Успенского храма, а центральную его часть продали староверам поморского согласия, изгнанным из своего храма в Токмаковом переулке.
В 1934 г. НКВД арестовал наставника федосеевской общины, но перед самым своим арестом тот успел тайно благословить своего преемника. Девять лет (до 1943 г.) духовный отец федосеевской Преображенской общины действовал подпольно.
С момента основания Преображенской федосеевской общины в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. О всенощных бдениях здесь всегда держались понятия в самом строгом, буквальном смысле слова это богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. Сообразно с этим и всенощная служба начиналась не ранее 11 вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Однако в 1910-х гг. стал допускаться для заказных всенощных иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. Ныне же всенощные совершаются полностью вечером.