Посадские люди, участвовавшие в начавшихся в повстанческом лагере у села Коломенского переговорах, также говорили с мятежниками твердо и убедительно. На все утверждения Болотникова о том, что он видел в Польше «царя Димитрия» москвичи отвечали: «Это несомненно другой, мы того Димитрия убили»[64]. Подобная уверенность не могла не произвести определенного впечатления на соратников Болотникова, особенно из числа рязанских и тульских служилых людей. Выяснилось, что те, кто отказался о присяги царю Василию, веря в спасение «царя Димитрия», были жестоко обмануты. Не все, но многие в воровском стане заколебались. И до того совсем не монолитное антиправительственное движение стало раскалываться. Обманутые Шаховским и Болотниковым служилые люди начали переходить на службу законной власти.
Воспользовавшись установившейся на период переговоров мирной передышкой, русское правительство стало спешно собирать войска. Чтобы расчистить дорогу к уездам, откуда могли прибыть подкрепления, на запад, к Можайску, выступило войско князя Данилы Ивановича Мезецкого и Ивана Никитича Ржевского. На север повел государевы полки окольничий Иван Федорович Крюк-Колычев. Очистив западные и северные пригороды Москвы, они обеспечили снабжение города, а главное своевременное прибытие верных войск. В столицу прошли спешно вызванные дворянские ополчения из Смоленска, Дорогобужа, Серпейска, Белой, Вязьмы, Твери, Новгорода и даже из Двинской земли и Холмогор. Сосредоточив в городе значительное войско, воеводы Василия Шуйского стали готовиться к решающей схватке с врагом, в лагере которого уже не было даже иллюзии единства. Армия Шуйского росла, армия Болотникова слабела 15 ноября 1606 года на сторону московского царя перешли окончательно потерявшие веру в миф о спасении «царя Димитрия» дворянские отряды Прокопия Ляпунова и Григория Сумбулова.
Решающее сражение под Москвой началось 30 ноября. Длившаяся с перерывами в течение трех дней упорная битва завершилась лишь 2 декабря. Ее итогом стал разгром главных сил повстанческой армии. Решающую роль в поражении мятежников сыграли два фактора: во-первых, недюжинное полководческое дарование молодого московского воеводы Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, во-вторых, переход на сторону правительственных войск отряда одного из видных вождей продолжающегося мятежа Истомы Пашкова.
Царские полки были разделены на две армии. Одной командовал Иван Иванович Шуйский, второй Михаил Васильевич Скопин-Шуйский[65]. Именно он нанес главный удар по восставшим. Расположив свои полки у стен Данилова монастыря, Скопин атаковал позиции болотниковцев у деревни Котлы и разгромил разбойное войско, после чего загнал уцелевших «воров» в их укрепленный лагерь у села Коломенского. Из Москвы была доставлена артиллерия. Началась бомбардировка позиций мятежников. Она продолжалась 3 дня. На четвертый день ратникам Скопина удалось взять Коломенское. Не в силах более держаться, болотниковцы бросили свой стан и бежали к Серпухову, а затем к Калуге.
В это время второе царское войско осаждало казаков, засевших в Заборье. В конце концов они сложили оружие, и царь приказал учинить «разбор», отделив тех, кому можно служить ратную службу, от пашенных людей, возвращенных их хозяевам.
После тяжелого поражения остатки разбитого воровского воинства отступили к Серпухову, а затем в Калугу. Посчитав имеющиеся там укрепления недостаточными, «Болотников приказал вокруг города и острога вдоль тына или частокола, который уже стоял там, вырыть с обеих сторон, снаружи и изнутри, большие рвы, а землю с обеих сторон перекидать на частокол, чтобы можно было использовать его как бруствер»[66]. Бунтовщики старались не зря. Вскоре к Калуге подошло войско князя Ивана Ивановича Шуйского, осадившее укрепившегося в городе Болотникова. К другим присоединившимся к мятежу городам также были направлены войска. Однако восставшие были еще сильны, и сдаваться не собирались, при случае нанося чувствительные удары по царским полкам. Под Тулой была разбита направленная туда рать князя Ивана Михайловича Воротынского. Одолел его один из самых опытных в военном деле предводителей мятежников князь Андрей Андреевич Хрипун Телятевский.
Однако в другом сражении победа оказалась на стороне царских воевод. Прежде чем рассмотреть обстоятельства произошедшей битвы, следует рассказать о перемещении центра мятежа из Путивля в Тулу. Инициатором этого стал Лжепетр, самозванец, присвоивший себе имя якобы подмененного на вскоре умершую девочку сына царя Федора Ивановича. Как показало проведенное властями расследование, за «царевича Петра» выдал себя бежавший к казакам муромский посадский человек Илейка Коровин. Объявить его государевым сыном придумали два атамана с Терека Федор Бодырин и Гаврила Пан[67]. В Путивль самозваный царский сын пришел в ноябре 1606 года, призванный туда Григорием Шаховским. Первым делом Лжепетр казнил содержащихся в городе знатных пленных, в том числе боярина Василия Кардануковича Черкасского, ясельничего Андрея Воейкова, воевод, привезенных из захваченных городов. Игумен Дионисий обличавший Лжепетра, был сброшен с башни.