Когда буканьеры зашли в бухту Кулебра в 1685–1686 годах, недалеко от побережья обнаружили несколько скотоводческих ранчо.
Город-порт в Никарагуа, носящий в наши дни название Коринто, до конца XIX столетия был известен как Пуэрто-де-ла-Позесьон, обычно называемый Реалейя. Стратегически это было самое важное место на побережье Центральной Америки. В годы ранней колонизации окрестность самой гавани была не заселена, не считая небольшого старого города Реалейя, стоящего на берегу небольшой речки на расстоянии двух лиг в глубь страны. Этот город был связан дорогой с городом Леоном, колониальной столицей Никарагуа, окончательным местонахождением которого после 1610 года стала территория восемью лигами восточнее первоначального положения. Реалейя начала использоваться в качестве торгового морского порта и судовой верфи приблизительно с 1530 года. Гавань полностью защищена длинным островом. Доки для спуска судов находились у берега реки на окраине города, хотя обычно суда не заходили столь далеко в глубь материка, предпочитая оставаться в гавани. К середине XVI столетия в городе обосновалось довольно значительное поселение европейцев и метисов, среди которых в основном были ремесленники, занятые в кораблестроении: плотники, конопатчики, изготовители парусов и др. До 1585 года манильские галеоны строились именно в Реалейе, о чем есть сведения в Центральном архиве индейской культуры. После того как в этих краях побывал Фрэнсис Дрейк, у подхода к городу на берегу реки были воздвигнуты брустверы, позднее эти же укрепления использовали и при последующих пиратских рейдах. Так же иногда на реке, прямо напротив брустверов, устраивались заграждения из бревен, чтобы помешать врагу подобраться близко к городу.
На расстоянии 30 лиг юго-восточнее Реалейи, за Леоном, находился стратегически важный колониальный город Гранада. Расположенный недалеко от Тихого океана, он имел прямую морскую связь с городами Порто-Бело и Картахена через озеро Никарагуа и по реке Десагвадеро (ныне река Сан-Хуан). Из-за своего относительного благосостояния и благодаря тому, что к городу было легко подойти с обоих «морей», Гранада несколько раз подвергалась пиратским набегам. Крупный рогатый скот и (сельскохозяйственные продукты, доставляемые из Никарагуа в Перу и в Картахену, соответственно транспортировались либо через Реалейю, либо по реке Сан-Хуан. Кроме скота и сельхозпродуктов, важными товарами колониальной торговли были хлопчатобумажная ткань, смола и всевозможная корабельная оснастка.
В горах к северо-востоку от Реалейи в верховьях реки Сеговия (или Кокосовой реки) находился город Нуэва-Сеговия (ныне Окотал), промышлявший добычей золота. Это был самый северный город колониального Никарагуа, который являлся источником поставки хвойной смолы для судовой верфи Реалейи, а также для ее последующего экспорта в Перу.
Еще одной гаванью в пределах колониальной провинции Гватемалы был залив Амапала, или залив Фонсека. Внутри залива главным якорным местом для испанских судов был порт Мартин-Лопез, расположенный недалеко от современного портового города Ла-Юнион, находящегося вблизи старого поселения Сан-Мигель. Другим единственным испанским городом недалеко к востоку от берегов залива был Жерес-де-Хулутека. Острова Мингера и Амапала были заселены обращенными в христианство индейскими племенами. Испанские суда довольно часто заходили в залив, чтобы загрузиться смолой, какао и другими товарами для транспортировки в Перу и Мексику. Между портом Мартин-Лопез и городом, который теперь носит название Пуэрто-Моразан в Никарагуа, во избежание длинного сухопутного перехода по болотистым берегам на мулах было хорошо налажено водное сообщение.