Вместе с тем наступление на раскольников как врагов веры и государства вело к идейному застою и усилению фанатизма старообрядцев.
Особо зловещую роль в преследовании старообрядцев сыграли три церковных иерарха петровского царствования: архиепископ Нижегородский Питирим, вице-президент Святейшего Синода Феофан Прокопович и архимандрит Александро-Невского монастыря Феодосии Яновский. Они особенно тесно сотрудничали с политическим сыском. Питирим был настоящим фанатиком борьбы с расколом. Он пытался одолеть старцев в религиозной дискуссии, которую сочетал с шантажом и угрозами, умело вносил смуту в их среду, вылавливал самых авторитетных старцев и отправлял их в Петербург на допросы в Тайную канцелярию и Синод. Да и сам Священный Синод почти с первого дня работы в 1721 году стал фактически филиалом Тайной канцелярии. В Синоде была оборудована тюрьма, где людей держали столь же сурово, как в Петропавловской крепости: в оковах, в голоде, темноте и холоде.
Архимандрит Феодосии был близким приятелем начальника Тайной канцелярии П. А. Толстого и его заместителя генерала А. И. Ушакова. Они втроем и бражничали, и пытали узников в застенках Петропавловской крепости. Впрочем, у Феодосия в Александро-Невском монастыре была и своя тюрьма. Здесь архимандрит и его подчиненные допрашивали церковников, обвиненных в государственных преступлениях, а потом отсылали их к Толстому. Одновременно из Тайной канцелярии в Александро-Невский монастырь присылали раскольников, которые раскаялись после пыток в застенке. Феодосии должен был установить, насколько искренним было раскаяние этих не выдержавших мучений людей, и затем сообщал об этом Толстому.
Можно с уверенностью сказать, что не было ни одной моральной преграды, через которую не переступил бы Феодосии. Он был одним из тех, кто стоял у истоков синодального периода истории Русской православной церкви, когда она превратилась в идеологическую контору самодержавия, духовную обслугу светской власти. Феодосии был первым человеком в Синоде, он послушно и даже с энтузиазмом исполнял волю Петра I, внося немыслимые для православных перемены в обряды русской церкви, превратив священника в доносчика, обязанного ради интересов госбезопасности раскрывать одно из священных таинств веры – таинство исповеди. Архимандрит отпускал Петру все тяжкие его грехи, в том числе сыноубийство: по некоторым сведениям, он был рядом с царем, когда тот посылал в Петропавловскую крепость надежных людей, чтобы под покровом тьмы убить несчастного царевича Алексея.
После ссылки и заточения самого Феодосия в 1725 году, к чему приложил руку Феофан Прокопович, последний занял место не только главы Синода, но и ближайшего сподвижника А. И. Ушакова в делах веры. Феофан был одним из постоянных консультантов Тайной канцелярии по вопросам литературы и веры. Он давал отзывы на изъятые у врагов церкви сочинения, участвовал в допросах, писал доносы. В 1732 году он сделал заключение по материалам допросов в Тайной канцелярии монаха грека Серафима, в котором так резюмировал свои наблюдения: «Серафим – человек подозрительный к шпионству и к немалому плутовству». В приговоре Серафиму это заключение стало главным обвинением, и он был сослан на вечное житье в Охотск.
Как и Феодосии, Феофан использовал могучую силу политического сыска для расправы со своими конкурентами в управлении церковью. До самой своей смерти в 1736 году Феофан тесно сотрудничал с политическим сыском. Впрочем, без услуг интеллектуалов сыск никогда не обходился.