Тогда-то и возникла идея возродить в Перми команду, блиставшую в далеких 50-х на футбольных полях Урала. Заручившись поддержкой тогдашнего начальника областного УВД генерал-лейтенанта Валерия Ивановича Федорова и начальника ФСБ Вячеслава Ивановича Волоха, был скомплектован новый, по сути, состав, который и был заявлен во вторую лигу.
В дебютном сезоне 1993 г. на всероссийской арене пермяки были включены во вторую лигу (6-я зона, где выступали команды Урала и Поволжья), второй турнир под эгидой Профессиональной футбольной лиги. Турнир, в котором выступало 22 коллектива, получился не простой. Динамовцы провели 42 игры, среди которых были, как провальные, так и весьма успешные игры.
Так, в матче с чебоксарским «Азаматом» последовало крупное поражение на выезде со счетом 0:6. Интересно, что после этого сезона «Азамат», занявший в турнирной таблице 13-е место (на 6 ступенек выше пермской команды), расформировался. Зато динамовцы оторвались в домашнем матче с чайковской «Энергией», крупно победив 4:0. Руководил тогда командой Александр Рогов, а его помощником был Владимир Сметанников.
По итогам сезона лишь первые три команды этой зоны остались во второй лиге, остальные участники перебрались в образовавшуюся третью лигу. Там пермское «Динамо» провело последующие 4 сезона. Оказавшись с уральскими соперниками в новом турнире, пермяки выглядели робко. За борьбу во второй дивизион вели лучшие две команды, динамовцы же в их число не входили, и в ходе сезона находились в низу турнирной таблицы. Самое крупное поражение на выезде было в Каменск-Уральском от «Трубника» 0:3, зато дома динамовцы разгромили «Химик» (Мелеуз) 6:0. Эта победа стала самой крупной в новейшей истории пермяков. Кстати, после этого сезона клуб из Мелеуза был расформирован.
Шаг назад в турнирной таблице «Динамо» сделало в следующем сезоне. В итоге предпоследнее 13-е место. Разве что запомнился домашний разгром над дублерами свердловского «Уралмаша» (5:1). В этом же году «Динамо» в рамках турнира впервые встретилось с земляками амкаровцами, и крупно уступило 0:3. Стоит отметить, что для «Динамо» «Амкар» был крайне неудобный соперник в официальных матчах.
Так, в розыгрыше Кубка России на стадии 1/256 финала в сезоне 19961997 гг. динамовцы были разгромлены «Амкаром» со счетом 0:6 (четырежды динамовцев огорчил форвард «Амкара» Константин Парамонов), а в сезоне 19981999 гг. на этой же стадии со счетом 0:4. Во втором дивизионе в 1998 г. последовали еще два поражения 2:5 и 0:2.
Зато сезоны 1996 и 1997 гг. можно занести в актив «Динамо» в выступлениях третьей лиги. В 1996 г. подготовка к сезону у динамовской команды началась еще 1 декабря, как обычно, по местной программе. Затем был двухнедельный выезд в Турцию, где пермякам очень повезло и с погодой, и с сильными спаррингами. Ну, а в заключении динамовцы съездили на три недели в Анапу.
В том сезоне пермяки заняли 4-е место из 13 команд (стоит отметить крупные победы со счетом 5:0 в гостях у дублеров тюменского «Динамо-Газовик», и дома у дублеров свердловского «Уралмаша»). Лучшим бомбардиром третьей лиги 6-й зоны стал пермский динамовец Константин Ильиных, в 21 игре забив 13 голов. В матче с «Горняком» из Кушвы (4:2) он отличился хет-триком, а еще в четырех матчах чемпионата сделал «дубль» (два забитых гола в поединках с дублерами свердловского «Уралмаша» и «КамАЗа» из Набережных Челнов, а также качканарского «Горняка» и магнитогорского «Метизника»).
В 1996 г. динамовские болельщики имели еще один повод для радости, ведь после долгих скитаний их любимая команда наконец-то вновь вернулась на свой уютный стадион в центр города. Во многом благодаря заместителю руководителя пермского спортобщества «Динамо» Петру Кельману, и коллективу общества «Динамо», которые провели реконструкцию футбольного поля, отремонтировали раздевалки.
А в 1997 г. «Динамо» заняло 2-е место из 18 команд, тем самым завоевав путевку во второй дивизион. Это был лучший результат пермской команды за годы проведения в третьей лиге. Вот в каком составе выступало тогда «Динамо» в том сезоне: вратари Алексей Майоров, Григорий Скузоватов, Алексей Пашин; защитники Геннадий Богачев, Олег Головин, Александр Казымов, Александр Кощеев, Алексей Машков, Евгений Новиков, Эдуард Нургалеев, Александр Петухов, Вячеслав Смольников, Андрей Ступин; полузащитники Алексей Вяткин, Максим Гуненков, Николай Ермаков, Вадим Кучин, Александр Лесников, Всеволод Нагаев, Дмитрий Новиков, Юрий Петров; нападающие Константин Ильиных, Алексей Колотов, Дмитрий Умпелев, Павел Степин, Антон Торшин. Главным тренером команды был Виктор Архапчев, помогал ему Андрей Боглаевский.
1998 и 1999 гг. вышли для «Динамо» самыми удачными в его истории выступления в большом футболе, пермская команда каждый раз занимала 9-е место. Увы, 2002 г. стал последним для динамовского клуба в первенстве страны. Команда заняла последнее 15-е место, а поражение в гостях от челябинского «ЛУКОЙЛа» 0:7 стало самым крупным в его новейшей истории.
Президентом пермского «Динамо» во все годы его новейшей истории был Андрей Тарасов. До поступления в высшее военное заведение он играл нападающим в детских и юношеских командах пермской «Звезды», ведомых тренером Михаилом Кабановым.