После конфирмации, как и было обещано, Эуген Мюнх стал давать Альберту органные уроки в церкви св. Стефана, а в шестнадцать лет ученик впервые стал заменять своего учителя за органом. Тогда-то на органном концерте учитель и доверил ему однажды аккомпанемент к «Реквиему» Брамса, который исполнял церковный хор, и Альберт познал эту радость — сплетать удивительное пенье органных труб с голосами хора и оркестра.
К этому периоду относятся и некоторые перемены в семье пастора Швейцера. Из старинного дома семейству удалось переехать в новый, более теплый и сухой, окруженный веселым садиком. Мать получила в это время небольшое наследство от какого-то бездетного дальнего родственника. Стало поправляться здоровье отца.
Семейный небосклон был безоблачным.
У Альберта дела в гимназии шли теперь совсем неплохо. Он не выказал каких-либо исключительных способностей к языкам или точным наукам, но зато он научился упорному труду. Легко ему давалась, пожалуй, только история. Он много читал и впоследствии при выборе книг стал отдавать преимущество исторической литературе. В старших классах его учитель истории профессор Кауфман стал относиться к нему скорее как к другу, чем ученику.
Наряду с историей наибольший интерес у Альберта вызывали физика и химия. У него было впечатление, что в гимназии им дают слишком мало сведений из области естественных и точных наук. Кроме того, он часто замечал, что учебник их отстает от новейших достижений науки. Надо сказать, что оба наблюдения его были правильными.
Уроки физики и химии вызывали у него в душе противоречивые ощущения. Альберту казалось, что школа умалчивает, как, в сущности, мало понятны еще людям процессы, происходящие в природе. Учебники не только не удовлетворяли его, они его попросту раздражали своими гладенькими, округлыми формулировками, рассчитанными на зубрежку. Он скептически улыбался, следя, как тщится его учебник дать исчерпывающее объяснение и дождю, и снегу, и образованию облаков, и ветрам, и течениям. Он всегда испытывал склонность к тайне. Его волновало рождение снежных хлопьев, дождевых капель или градин. Ему даже причиняла боль мысль о том, «что мы не признаем абсолютно таинственного характера Природы, но всегда с такой уверенностью беремся ее объяснять, и при этом всего-навсего даем более полные и сложные описания явлений, которые делают загадочное и таинственное еще более загадочным и таинственным, чем раньше». Это напоминало ему попытки препарировать грубыми средствами чудо поэзии, делая его при этом и менее поэтическим и более сложным, лишенным и поэзии и чудес.
«Даже в этом возрасте мне было уже ясно, что то, что мы именуем „Сила“ или „Жизнь“, остается для нас в сущности своей навеки необъяснимым».
История, которую оп так любил, была для него тоже полна необъяснимых загадок, и мало-помалу он пришел к мысли, что единственное, что могут сделать историки, — это дать более или менее полное описание каких-то событий. При этом все равно остается многое, причем, вероятно, самое существенное, чего нельзя, по мнению Швейцера, ни постигнуть, ни объяснить: дух другой эпохи, дух человека другой эпохи. Не признавая этого, говорил Швейцер, историки по-прежнему будут мерять своими мерками жизнь прошлого. Впоследствии Швейцер подробно развивал эти мысли, но зародились они у него уже в гимназические годы.
Одной из вечно волновавших его тайн было загадочное рождение в человеческой душе идеи, иногда вдруг меняющей его жизнь, а иногда и проходящей для него бесследно. Вот кончается твое детство и прорастают в душе ростки благородных идей. Ты охвачен юношеским взволнованным стремлением к добру и правде. Набухают почки, и расцветает цветок, завязывается завязь плода.