Второй галеон, «Santa Ana», построенный в порту Реалейя, успел совершить только один рейс на Восток. Будучи очень громоздким, медлительным и маломаневренным, этот 700-тонный галеон в этом фатальном для него рейсе не имел никакого вооружения, кроме нескольких ржавых мушкетов и аркебуз. Кроме того, его палубы были настолько переполнены товаром, что едва хватало места для команды и пассажиров, числом более 300 человек. Командовал галеоном Томас де Альзола, а среди торговцев на борту находился будущий генерал и исследователь Себастьян Визкэйно.
Вечером 14 ноября 1587 года, спустя более чем четыре месяца после выхода из Манилы, «Santa Ana» медленно следовала мимо мыса Сан-Лукас. [4] Ее дозорный заметил на горизонте два парусных судна, но Альзола принял их за испанские шхуны, занимающиеся жемчужным промыслом. Однако на следующее утро, когда испанцам представилась возможность отчетливо увидеть два корабля и пинас Кавендиша, они сразу признали в них врагов. Видя, что англичане на всех парусах несутся на его галеон, Альзола собрал всю команду, пассажиров, раздал им оружие и все, что могло таковым послужить (мушкеты, аркебузы, мечи, копья и камни), и закрепил за каждым импровизированный пост. После нескольких часов преследования «Desire» смог подойти к галеону на близкое расстояние и открыло по нему огонь из всех орудий. Затем, зацепившись за середину правого борта абордажными крюками, около сорока пиратов, несмотря на град камней, сыпавшихся на них с более высокой палубы «Santa Ana», сумели пробиться на ее борт. На судне завязалась рукопашная схватка, во время которой Альзола застрелил одного из офицеров Кавендиша, вскарабкавшегося на основную мачту и пытавшегося перерубить оснастку и такелаж. Потеряв двоих людей убитыми и нескольких ранеными в ходе ожесточенного сражения, англичане были вынуждены временно отступить.
«Desire» отплыл, чтобы перезарядить свои орудия, и, развернувшись, флагман снова пошел в атаку. На этот раз пираты не предпринимали попыток взять жертву на абордаж. Они просто подошли к галеону и произвели одновременный залп из всех орудий борта, а так как расстояние до жертвы было небольшим, повреждения оказались весьма значительными. Много испанцев было убито и покалечено. В третий раз «Desire» подошел к «Santa Ana» уже со стороны носа галеона. Англичане снова штурмовали манильского исполина, и опять, после тяжелой борьбы, были отброшены назад. Теперь уже Кавендишу стало окончательно ясно, что справиться с «Santa Ana», на борту которой не было орудий, намного легче при помощи артиллерии, нежели в рукопашном бою. И четвертый заход стал решающим. Включена была вся мощь бортовой артиллерии, и после часа бойни беззащитная «Santa Ana» была вынуждена капитулировать. Расколотые мачты и разодранное оснащение были разбросаны на ее палубе, а вода через зияющие дыры на уровне ватерлинии поступала внутрь галеона. Многие из испанцев были убиты, почти вся команда имела ранения, а запасы пороха иссякли. С галеона была спущена шлюпка, и с белым флагом на борту она пошла на веслах к «Desire». Кавендиш в послании к Альзоле потребовал, чтобы тот убрал уцелевшие паруса и прибыл на борт его корабля со своими офицерами. Капитан был вынужден подчиниться требованиям.
Кроме традиционных китайских товаров шелк, ткани, духи, специи, фарфор, вина и провиант, «Santa Ana» перевозила огромное количество серебряных и золотых монет. На борту было 122 тысячи песо золотом и огромное количество отборного жемчуга. 17 ноября галеон отбуксировали в залив Сан-Лукас, где был произведен тщательный подсчет несметных сокровищ. 19 ноября всех оставшихся в живых испанцев (приблизительно 190 человек, включая женщин) пираты лишили всего личного имущества, «не оставив ни единой булавки», и высадили на берег. В качестве одеяния им достались лишь их разодранные паруса. Также Кавендиш снабдил их небольшим количеством продуктов. Позднее был освобожден и сам Альзола. Его высадили на берег, снабдив оружием и порохом, чтобы он мог защитить себя от индейцев, которые издали наблюдали за странным поведением белых людей. Также ему оставили грузовой регистр «Santa Ana» и вручили приходный ордер на товар и деньги, аккуратно подписанный Кавендишем! В плену оставалось восемь узников: лоцман с галеона, португальский торговец, два японских мальчика, три молодых филиппинца и священник по имени Хуан де Альмендарис. Все они были взяты на борт «Desire», кроме священника, нанесшего оскорбление Кавендишу. Он был повешен на грот-мачте, а затем его тело было выброшено за борт.
В тот же день (19 ноября) английские моряки подняли бунт. Команда «Content», практически не принимавшая участия в схватке, шумно выражала свое недовольство относительно дележа награбленного. Но вскоре волнения улеглись согласно данным, дошедшим до нас из испанских источников тех времен, добыча была разделена на три равные части, две трети из которых достались Кавендишу, а треть была распределена между членами команды. Больше недели пираты тщательно обыскивали «Santa Ana» в поисках наиболее ценных вещей, и все же многое (по некоторым данным, около 500 тонн) им пришлось оставить на ее борту.