Дрейк покинул Англию 13 декабря 1577 года на четырех маленьких судах и пинасе. Было несколько противоречивых версий относительно цели его экспедиции и степени, до которой эту экспедицию финансировала королева Елизавета и ее двор. Вагнер в своем произведении «Вояж сэра Фрэнсиса Дрейка» предполагает, что ее главной целью было открытие торгового пути между Англией и Востоком.
Вторичной целью, возможно, было открытие пролива Аниан, который, как полагали в то время, соединял Тихий океан с Атлантикой где-то на севере Калифорнии. Наименее вероятными следует признать предположения, выдвинутые некоторыми писателями о планах или инструкциях, данных Дрейку о колонизации земель для английской короны. Очевидно, что основной целью, побудившей Дрейка предпринять свой вояж, была его неутолимая жажда к обогащению и стремление нанести как можно больший урон абсолютно незащищенному тихоокеанскому побережью испанской Америки. Дрейк, безусловно, имел некоторые полномочия от своей королевы, но, вероятнее всего, они никоим образом не выходили за рамки ординарной поддержки и не давали ему полномочий предпринимать или провоцировать открытые военные действия против Испании. Он был финансово поддержан компанией авантюристов, в которых королева Елизавета, по всей видимости, не была открыто заинтересована, так как Англия официально не находилась в состоянии войны с Испанией, но получала как политическую, так и финансовую выгоду от экспедиции Дрейка. Со слов Корбетта, королева инвестировала в вояж Дрейка 1000 фунтов стерлингов.
Первоначальная численность команды Дрейка составляла 164 человека вместе с юнгами, включая нескольких выходцев из аристократических семей. Команды в основном состояли из англичан, но также было много французов, шотландцев, басков, фламандцев, несколько негров и других моряков. Некоторые из них ранее проходили морскую службу на Тихом океане на испанских судах. Флагманский корабль Дрейка «Pelican» («Пеликан»), позже переименованный в «Golden Hind» («Золотую лань»), был приблизительно 70 футов длиной и грузоподъемностью 100120 тонн. Судно имело один ряд орудийного порта, по семь с обеих сторон, и было вооружено двенадцатью чугунными и двумя медными пушками. В носовой его части также было несколько медных орудий. Команда была вооружена главным образом аркебузами. На борту также имелись большие луки и арбалеты, к этому добавим огромное количество боеприпасов и запас продовольствия, рассчитанный на очень длительный поход. Все это вкупе с командой, насчитывающей более девяноста человек, создавало благоприятные предпосылки для длительного плавания. Для поддержания и увеличения престижа Англии «Золотая лань» была богато меблирована и декорирована, особенно та ее часть, где находились покои Дрейка, а корабельные музыканты должны были услаждать слух команды в часы досуга, во время трапез и в особо торжественных случаях. Дисциплина на борту была достаточно жесткой, и даже незначительные провинности карались с особой строгостью, но при этом Фрэнсис Дрейк, бесспорно, оставался очень уважаемым и чрезвычайно популярным капитаном.
Дрейк не любил больших флотилий, и еще в водах Атлантики два корабля по его приказу были сожжены, а их экипажи распределены между остальными. Оставшиеся три судна относительно легко прошли почти неисследованный Магелланов пролив и вошли в тихоокеанские просторы ранним сентябрем 1578 года. Впервые после Оксенхама английские суда появились в акватории Южного моря. Однако вскоре они были застигнуты несколькими штормами, которые разрушили одно судно, дав капитану другого корабля уважительную причину для возвращения назад в Англию, оставив «Золотую лань» в гордом одиночестве продолжать свой путь на север вдоль побережья Чили.
Не встретив сопротивления, Дрейк захватил и разграбил порт Вальпараисо, а затем, 5 декабря, напал на небольшое испанское поселение. Далее он поспешил на север, по пути заходя в большинство портов от Кокимбо до Кальяо, и почти всюду, используя эффект неожиданности, захватывал испанцев врасплох. Самой богатой добычей в открытом море для Дрейка стало судно «Nuestra Senora de la Conception» («Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон», прозванное «Cacafuego» («Какафуэго»), груженное большим количеством серебра, золота, жемчуга и различного рода драгоценными камнями, которое он захватил у Эквадора 1 марта 1579 года.
Вице-король Перу послал вдогонку за Дрейком эскадру, но ее командующий Луис де Толедо, находясь на пути домой в Испанию, очевидно, не испытывал большого желания догонять пиратов. Во всяком случае, он приказал своим судам следовать прямо к Панаме, где «преследование» и завершилось.
16 марта 1579 года «Золотая лань» и маленький полубаркас достигли острова Кано, представляющего собой необитаемую скалу у южных берегов Коста-Рики. Со стороны небольшого залива напротив острова (по всей вероятности, бухта Сиэрпэ) у входа в залив Никоя есть еще один остров Кано, но приведенные описания больше подходят к острову, находящемуся у пункта Сан-Педро.
Дрейк приказал вытащить «Золотую лань» на пустынный берег и заделать швы на ее корпусе. Тем временем пинас с тридцатью людьми стоял на страже позади острова Кано, и 20 марта в поле его зрения попало небольшое парусное судно, идущее с севера. Как выяснилось позже, это судно покинуло Сан-Педро-де-Пальмар, что в заливе Никоя, за три дня до этого и направлялось в Панаму с командой из тринадцати матросов и грузом кукурузы, меда, сарсапарели и древесины. Пинас Дрейка, пустив в ход весла и паруса, погнался за испанским судном для перехвата. Команда, размахивающая аркебузами и стреляющая при этом в воздух, изумила врага требованиями о сдаче. Сначала испанцы не знали, как реагировать на это требование, но, когда пираты поразили двух членов их команды из аркебузов, они быстро сдались и были взяты на абордаж. Это единственный зарегистрированный случаи, когда испанцы были ранены людьми Дрейка во время североамериканского маршрута его набега, если, конечно, не считать того, что они заставили лоцмана манильского галеона нырять в воду с борта своего судна. Люди из команды Дрейка клялись, что ни один испанец не был убит на протяжении всего похода.