Проходку осуществляли практически при полном отсутствии механизации, в наличии имелись лишь лопата, ломик, кирка, кувалда, бадья да тачка для вывоза отработанной породы. Главным инструментом метростроителей с самого начала стал отбойный молоток. С помощью таких средств предстояло соорудить три десятка стволов глубиной около 30 м.
О том, что встретят на своем пути проходчики, имелись самые смутные представления, и оказалось, что с такими сложными горно-геологическими условиями в практике отечественного метростроения встречаться еще не доводилось. Поначалу пошли обильно насыщенные водой пески и суглинки, которые быстро ломали временное крепление. Приходилось по всему контуру ствола делать специальную обшивку из шпунтовых досок, которые вгоняли в грунт кувалдами.
После преодоления водоносного слоя наткнулись на так называемые ленточные глины, настолько липкие, что стоит постоять минуту на одном месте, как сапоги не оторвать. В конце концов прошли и этот слой, но тут же уткнулись в русло древнего ледника с огромными 6-тонными валунами. Чтобы подготовить их к подъему, требовалось каждый окопать, а потом умудриться с помощью лебедки поднять на поверхность. И уже на подходе к проектной отметке встретились с метровым слоем песчаника, от которого отбойные молотки отскакивали, как от гранита. Пришлось производить взрывные работы.
В канун Первомая 1941 г. удалось пройти ствол первой шахты у Кировского завода, а к июню метростроевцы прошли одиннадцать шахтных стволов, проложили 645 м штолен к будущим путевым тоннелям и успели вырыть котлован под оголовок наклонного хода станции «Кировский завод».
22 июня 1941 г. началась Великая Отечественная война. 27 июня на заседании Военного совета фронта принимается постановление о прекращении строительства Ленинградского метро с передачей всей высвобождающейся рабочей силы, технического персонала, механизмов и автотранспорта на оборонительные работы. Забои стволов закладывались мешками с песком, в штольнях выполнялось бетонирование, производилось дополнительное крепление. Но полностью завершить работы по консервации не удалось, поэтому принимается решение о затоплении шахт. Вода могла защитить подземные выработки от обрушения.
29 июня метростроевцы направляются на возведение оборонительных сооружений вокруг Ленинграда. До 5 июля строятся укрепления на линии Парголово Сестрорецк, затем, с 6 по 12 июля, под Выборгом на участке Перкярви Мусла, а уже в середине июля строители участвуют в сооружении Лужского оборонительного рубежа.
29 июня метростроевцы направляются на возведение оборонительных сооружений вокруг Ленинграда. До 5 июля строятся укрепления на линии Парголово Сестрорецк, затем, с 6 по 12 июля, под Выборгом на участке Перкярви Мусла, а уже в середине июля строители участвуют в сооружении Лужского оборонительного рубежа.
8 сентября 1941 г. враг сомкнул кольцо блокады на суше, заняв город Шлиссельбург. Бывшие проходчики подземных сооружений наводили мосты и переправы, бетонировали доты и рыли траншеи, настилали рельсы в болотных низинах и строили на Ладоге пристани для приема грузов.
Батальон 4 на правом берегу Невы под непрерывным обстрелом противника устанавливает бронированные пулеметные точки, доставленные из Ленинграда. В ноябре отряд метростроителей в количестве 1200 человек направляется на строительство Осиновецкого порта, где проходила «Дорога жизни», спасшая множество жизней от голодной смерти во время блокады.
Между тем положение на Ленинградском фронте все усложнялось. В декабре 1941 г. командование принимает решение отбить у врага участок левого берега в районе 8-й ГРЭС. Коллективу строительства 5 НКПС поручается создание надежной переправы через Неву, чтобы обеспечить доставку техники. На строительстве погибла пятая часть всего подразделения, но наши танки смогли прорваться к «Невскому пятачку». При сооружении танковой переправы в районе Невской Дубровки был ранен и контужен начальник строительства 5 НКПС И. Г. Зубков, который наотрез отказался от госпитализации и продолжал руководить выполнением заданий Военного совета Ленинградского фронта.
В трудные дни первой блокадной зимы в январе 1942 г. принимается решение об организации управления военно-восстановительных работ 2, в которое вместе с военными железнодорожниками вошел коллектив строительства 5 НКПС. И сразу же метростроевцы получают новое боевое задание построить железную дорогу Жихарево Кобона Коса протяженностью 34 км с выходом к восточному берегу Ладожского озера.
Истощенным до предела людям приходилось работать в невероятно трудных условиях. Коллектив строителей справился с поставленной задачей на неделю раньше установленного срока. Теперь продовольствие, топливо и боеприпасы везли по железной дороге, а затем грузили на машины, которые отправлялись в осажденный город по льду Ладожского озера.
Блокада серьезно осложнила топливное положение города. Основные силы метростроителей направляются на строительство угольных шахт Комаровского бассейна в Боровичском районе. За год в тяжелых условиях, при почти полном отсутствии механизации, метростроители сдали в эксплуатацию 12 шахт с годовой производительностью 360 тыс. т топлива.